Die NBC wollte die Serie jedoch aus ihrem Programm haben. Um der ihr <q>den Todesstoß</q> zu geben, wurde sie auf Freitag Abend um 22.00 Uhr verlegt, womit ein weiterer Zuschauerschwund unvermeidlich war. Aufgrund der Entscheidung von NBC zog sich Roddenberry als leitender Produzent zurück und übergab die Verantwortung an [[Fred Freiberger]]. Mitten in der dritten Staffel gab es einen Skandal. In der Folge {{e|Platos Stiefkinder}} [[Kuss|küssten]] sich Kirk und Uhura. Dies war der erste Kuss zwischen einem Weißen und einer Farbigen, der im amerikanischen Fernsehen ausgestrahlt wurde. Einige Bundesstaaten strahlten diese Folge aus Protest nicht aus. In manchen Regionalsendern in den Südstaaten der USA wurde die Folge bis heute nicht gezeigt. Nach der Ausstrahlung von {{e|Gefährlicher Tausch}} wurde die Serie trotz vieler Fangproteste Fanproteste aus dem Programm genommen.