Als die Führungsoffiziere gerade gemeiunsam ein von Seven of Nine zubereitetes Menü zu sich nehmen, trifft das Schiff auf eine Raumanomalie, durch dies in die [[Die Leere (Anomalie)|Leere]] gelangt. Da ein Fluchtversuch scheitert und es in dieser Region kein Deuterium gibt, wird bei einer Besprechung klar, dass sie ihr Deuterium zurückbekommen müssen. Nachforschungen ergeben, dass General [[Valen]] diese gestohlen hat und man fordert sie daher von diesem zurück. Chakotay versucht ihrer Forderung Nachdruck zu verleihen. Als Valen nicht reagiert, kommt es zu einem kurzen Kampf und man holt sich die Vorräte wieder zurück. Trotzdem muss Chakotay Janeway bald darauf melden, dass es weniger als die Hälfte der gestohlenen Güter umfasst. Sie wollen auch opportunistischer sein, um hier überleben zu können. Janeway meint jedoch, dass ihre Prinzipien sie am Leben halten werden und will eine Allianz in der Leere bilden. Chakotay akzeptiert diesen Befehl und so bildet man eine Allianz mit mehreren Schiffen. Einige potenzielle Verbündete entpuppen sich jedoch als unzuverlässig. Daher schließt man [[Bosaal]] wieder aus der Allianz aus. Dieser bildet daraufhin mit Valen eine Allianz, worüber er mit Captain Janeway von Tuvok und Loquar informiert wird. Später arbeitet er mit dem Doktor und den Bewohnern der Leere zusammen, um ein Entkommen zu ermöglichen. Schließlich gelingt es der Flotte zu entkommen. Nachdem ihre Verbündeten wieder ihren Kurs eingeschlagen haben, meint Chakotay, dass dies fast so war, als würde man wieder in der Föderation sein. Janeway antwortet ihm, dass die echte nur 30000 30.000 Lichtjahre entfernt ist und so setzt man die Reise fort. ({{VOY|Die Leere}})  Bald darauf fliegt er mit Neelix und Kim im ''Delta Flyer'' II zu einer Handelsmission zu den [[Nar Shaddan]]. Als die USS ''Voyager'' auf dem Rückflug jedoch nicht bei den vereinbarten Koordinaten ist, ruft er Kim trotz einer Lebensmittelvergiftung auf die Brücke und lässt ihn nach der ''Voyager'' scannen. Bald darauf entdecken sie das Schiff in einiger Entfernung im All treiben. Sie stellen auch fest, dass die Crew das Schiff mit den Rettungskapseln verlassen hat. Aufgrund der ausgefallenen Umweltkontrollen begeben sie sich in Raumanzügen an Bord und untersuchen auf der Brücke den Status. Dort werden sie wenig später vom Doktor mit einem Phaser gestellt, der sie zunächst für Eindringlinge hält, dann aber erleichtert ist, sie zu sehen. Dann berichtet er ihnen, dass das Schiff auf eine Subraummine auflief und evakuiert wurde. Er blieb hier und reparierte das Schiff. Jedoch hatte er damit nur begrenzten Erfolg und musste sich außerdem vor verschiedenen Schiffen verstecken, die die ''Voyager'' in Besitz nehmen wollten. Er meldet auch, dass die Waffensignaturen der Schiffe zu der Subraummine gehören. Er bedankt sich für die Arbeit des Doktors. Dann machen sie sich gemeinsam an die weitern Reparaturen und beginnen mit der Suche nach ihren Crewmitgliedern. Dabei hat er auch einen kleinen Disput mit dem Doktor, der statt Plasmaleitungen zu reparieren, lieber auf der Brücke arbeiten möchte. Doch als Kim die Crew aufspürt, sind alle Konflikte vergessen. Als man [[Quarra]] erreicht, sind die Behörden bei der Suche nach der Crew jedoch nicht kooperativ. Daher lässt er das Schiff wegfliegen und entsinnt einen Plan. Neelix beschafft dazu Informationen. Man entschließt sich Nachforschungen auf dem Planeten anzustellen. Um unerkannt zu bleiben, wird Chakotay vom Doktor zum Benkaraner umoperiert und man nimmt Neelix' Raumschiff. Chakotay wird im Kraftwerk tätig und wird eingewisen. Dort entdeckt er bald einige Crewmitglieder und versucht Kontakt mit Janeway aufzunehmen. Diese erkennt ihn jedoch nicht. Er bespricht dies mit Neelix. Auf dem Weg aus der Bar entdecken sie B'Elanna Torres und es gelingt Kim Neelix und Torres hochzubeamen. Chakotay muss allerdings vor zwei Sicherheitsleuten fliehen. Schließlich wird er jedoch von einem Gitter und einem Kraftfeld eingeschlossen. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil I}})