Nach der Strandung des Schiffes und der Zerstörung der Phalanx des [[Fürsorger]]s, schließen sich beide Crews, Maquis und Sternenflotte zusammen, um nach Hause zurückzukehren. In einem Gespräch mit Tuvok zeigt sich ihr enormer Wille, die Crew nach Hause zu bringen, egal was es kostet. Ihr neuer Erster Offizier wird Commander [[Chakotay]].

Kurz darauf wird , findet die erste Begegnung der Crew mit den [[NeelixVidiianer]] bei n statt. Diese leiden unter einer Außenmission auf einem Krankheit, die [[AsteroidFresszelle]]en von einem unbekannten [[Humanoid]]en angegriffengenannt wird und ihre Körper langsam aufzufressen droht. Es stellt sich herausSie benötigen Organe gesunder Lebewesen, dass Neelix‘ um zu [[Lungeüberleben]] entfernt worden ist. [[Der Doktor]] kann mit Bei einer holografischen Lunge den Tod von Außenmission werden Neelix verhinderndeshalb beide Lungenflügel entfernt. Neelix stirbtDieser droht daraufhin, falls er seine eigene Lunge nicht wiederbekommtzu sterben. Währenddessen wird der Asteroid von der Crew untersuchtJaneway lässt das vidiianische Schiff verfolgen, welche dort zahlreiche [[Organ]]teile findetum ihn zu retten. Janeway lernt die [[Vidiianer]] kennen, eine [[Spezies]]Nachdem das Schiff, die an in einer [[Krankheit]]risikoreichen Aktion aufgebracht wurde, der [[Fresszelle]] leidetkann Neelix gerettet werden. Die Vidiianer benötigen gesunde OrganeHier zeigt sich erneut das unorthodoxe Vorgehen Janeway's, welche die ''Voyager'' in einen Asteroiden steuern lässt, um zu [[überleben]]die Vidiianer aufzuspüren. Allerdings besitzen Ebenso wird ihr ihr Verantwortungsbewusstsein gegenüber ihrer Crew deutlich, da sie gute medizinische Kentnisse und machen den VorschlagVidiianern unmissverständlich mitteilt, die Lunge eines anderen Besatzungsmitgliedes zu transplantieren. Janewaywelchen Mitteln sie greifen würde, [[Tuvok]] und [[Kes]] sind dazu kompatibel. Kes meldet sich daraufhin freiwilligum diese zu beschützen. ({{VOY|Transplantationen}})

Bei [[Sternzeit]] 48579,4 entdecken die [[Sensor]]en der ''Voyager'' ein winziges [[Wurmloch]]. Janeway beschließt, sich das näher anzusehen. Es stellt sich heraus, welches mit 25%er Wahrscheinlichkeit dass es in den [[Alpha-Quadrant]]en Quadranten führt. Janeway entscheidet, hinzufliegenjedoch, mit 3cm Durchmesser, das Wurmloch zu klein für eine Passage ist allerdings nur drei Zentimeter groß. Durch das Wurmloch können sie jedoch [[Telek R'Mor]], einen [[Romulaner]] aus , kontaktieren. Nach einigen Anfangsschwierigkeiten gelingt es Janeway, ihn von einem Besuch auf der Vergangenheit''Voyager'' zu überzeugen. Dort stellt sich allerdings heraus, dass das Wurmloch nicht nur ein Spalt im Raum, kontaktierensondern auch in der Zeit ist. Die Enttäuscht bietet sich der Crew schreibt nur die Möglichkeit, Briefe an ihre [[Familie]]nzu schreiben, die Telek R’Mor weiterleiten sollwelche R'Mor verspricht, zur geeigneten Zeit zu übermitteln. Jedoch findet Nachdem der Romulaner mit den Nachrichten zurück auf sein Schiff gebeamt wurde, teilt [[Tuvok]] herausdem Captain mit, dass Telek R’Mor sterben wird, bevor er die Botschaften weiterleiten kann. Enttäuscht von dieser Nachricht, bleibt nur die Hoffnung darauf, dass er jemanden bestimmt hat, die Botschaften zu übermitteln. (Hier zeigt sich, dass Janeway ein großes diplomatisches Feingefühl hat, da der Romulaner lange Zeit gegen eine visuelle Kommunikation, bzw. einen Besuch ist und schlussendlich von ihr überzeugt werden kann). ({{VOY|Das Nadelöhr}})

Später wird [[Harry Kim]] durch eine [[Subraumvakuole]] in eine andere Welt transportiert, in der man fest an ein Leben nach dem [[Tod]] glaubt. Kathryn Janeway versucht mit allen Mitteln, Harry zurück zu bekommen. ({{VOY|Das Unvorstellbare}}) Kurz darauf trifft die ''Voyager'' Crew auf eine sehr gastfreundliche [[Spezies]], die [[Sikarianer]]. Sie Diese verfügen über eine [[Technologie]], die welche die Reise der ''Voyager'' um 40.000 [[Lichtjahr]]e verkürzen würdekann. Allerdings ist es den Sikarianern nicht erlaubt, ihre Technologie zu teilen, aus Angst, sie diese könnte in falsche Hände geraten. Hier werden deutliche Pallelen zur Obersten Direktive deutlich, da diese der ''Sternenflotte'' verbietet, Technologien an Präwarp-Zivilisationen weiterzugeben. Janeway kann die Sorge der Sikarianer verstehen, versucht aber dennoch, einen Tausch zu arrangieren. Hierfür bietet sie [[Gathorel Labin]] als Tausch die komplette [[Bibliothek|Schiffsbibliothek]] an, da die Sikarianer eine Spezies sind, welche Literatur vergöttertvergöttern.Labin Dieser verspricht, dies mit dem Magistrat nochmals zu erörternvorzutragen. Schnell wird klar, dass dieser nur auf Zeit spielen will und kein aufrichtiges Interesse daran hat, dieses Anliegen vorzutragen. Währenddessen Unterdessen bekommt Harry Kim ein Angebot von [[Jaret Otel]], der behauptet, Gath Labin würde nie die Absicht haben, die ''Voyager'' weiterreisen zu lassen. Otel bietet welcher ihm die Technologie im Tausch gegen die Bibliothek ananbietet. Bei einem Gespräch mit Gath Labin erfährt Janeway, dass Otel die Wahrheit gesagt hat. Sie steht nun vor einer komplizierten schwierigen Entscheidung: Verletzt sie die Gebräuche der Sikarianer, indem sie mit Jaret Otel handelt , oder verzichtet sie auf eine Möglichkeit , die Heimreise enorm zu verkürzen? Sie entscheidet sich schweren Herzens für letzteres, allerdings haben [[Tuvok]], [[B'Elanna Torres]] und [[Seska]] beschlossen, eigenmächtig mit Otel zu handeln. Sie merken anschließendEs kommt zu einem Unfall, der beinahe das Schiff zerstört. Nachdem Torres ihr gesteht, den Handel durchgeführt zu haben, ist sie bestürzt. Tuvok jedoch stellt dies klar und sagt ihr, dass die Technologie nicht kompatibel mit er derjenige war, der ''Voyager'' istden Tausch durchgeführt hat. Als Janeway davon erfährt teilt Torres ihre Enttäuschung mit und entlässt sie. Im Gespräch mit Tuvok stellt sich heraus, dass sie von seinem Verhalten bitter enttäuscht ist, da er einer ihrer engsten Vertrauten ist uns sie sehr niedergeschlagen und übt Drohungen aussich auf ihn verlassen muss. Er versichert ihr, dass sich so etwas nicht wiederholen wird. Hier wird die tiefe Freundschaft der beiden zum ersten Mal deutlich. ({{ VOY|Das oberste Gesetz}})