Zusammen mit Chakotay führt sie wenig später ein Maquis-Manöver mit der ''Voyager'' aus, um den Angriff zweier [[Numiri Patroullienschiff|Numiri-Patroullienschiff]]e abzuwehren. ({{VOY|Die Augen des Toten}})
Bei Als auf einem [[SternzeitPlanet]] 48642en [[Element 247]] entdeckt wird, meint Torres, dass man dieses für ultradünne [[Reaktor|Reaktorhüllen]] und extrem hitzebeständige [[Sonde|Sonden]] verwenden könnte. Sie gehört zu dem Außenteam, welches Proben dieses Elementes sammeln soll. Jedoch entdecken sie stattdessen eine große Anzahl an [[Leiche]]n. Nachdem eine Subraumvakuole auftaucht, wird das Außenteam zurückgebeamt. Dabei wird jedoch anstelle von Harry Kim eine Leiche transportiert. Nachdem Torres mit einem Scann feststellt,5dass bei dieser Leiche noch elektrische Impulse im Gehirn vorhanden sind, empfiehlt sie die Tote wiederzubeleben. Chakotay schließt sich ihrer Meinung, trotz Bedenken an. Wenig später entdeckt sie einen Leichnam im Jahr 2371Maschinenraum, ist Torres gegen der von einer Subraumvakuole dort zurückgelassen wurde. Nachdem das Schiff durch immer mehr Vakuolen gefährdet wird, empfiehlt sie den Willen von Captain Janeway am Austausch Weiterflug. Jedoch wird Sekunden später Harrys Körper von einer Vakuole deponiert. ({{VOY|Das Unvorstellbare}}) Als sich der ''Voyager'' durch die [[Sikaris|sikarianische]]-[[Technologie]]des [[Raumtrajektor]]s die Möglichkeit der Reiseverkürzung bietet, dem bringt Torres bei der Lagebesprechung der Führungsoffiziere ihr Vorhaben zur Sprache, sich diese Technologie genau anzusehen. Captain Janeway untersagt dies jedoch, wegen des sikarianischen Kanons der Gesetze. Torres setzt sich über dieses Verbot jedoch hinweg und analysiert mit Seska und [[RaumtrajektorJoseph Carey]]die Trajektortechnologie. Durch ihre Analyse erkennen sie, dass der Trajektor nur im Orbit von Sikaris funktionieren kann und aktivieren ihn. Aufgrund einer Inkompatibilität des Trajektors mit der ''Voyager'' beteiligtFöderationstechnologie, droht ein [[Warpkernbruch]]. Daraufhin zerstört Torres den Trajektor mit einem Phaser. Als Seska daraufhin den Vorfall vertuschen will, lehnt Torres dies ab und übernimmt die Verantwortung. Als sie Janeway ihr Vorhaben gesteht und sich als ranghöchsten, beteiligten Offizier beschuldigt, widerspricht ihr Tuvok und offenbart Janeway seine Beteiligung. Janeway ist daraufhin von B'Elanna enttäuscht, und erteilt ihr eine [[Verwarnung]] wegen [[Befehlsverweigerung|Nichtbefolgung]] eines [[Befehl]]s. ({{VOY|Das oberste Gesetz}})
Bei einer späteren Gelegenheit wird B'Elannas von einem [[Vidiianer|vidiianischen]] [[Wissenschaftler]] namens [[Sulan]] [[Entführung|entführt]], der hofft, im klingonischen Anteil ihres [[Gen]]oms ein [[Heilmittel]] gegen die [[Fresszelle]] zu finden. Dazu trennt Sulan ihre klingonische von ihrer menschlichen [[DNA]]. Es entsteht eine rein menschliche und eine rein klingonische B'Elanna. Die Klingonin kann fliehen und trifft auf den Menschen B'Elanna. Sie geraten in Streit darüber, wie man nun vorgehen soll. Sie erkennen aber, dass sie nur entkommen können, wenn sie zusammenarbeiten. Als sie einen [[Alarm]] auslösen, stellt sich die Klingonen vor ihre menschliche Seite und wird [[Tod|getötet]]. [[Der Doktor]] fügt nach B'Elannas Befreiung die klingonische DNA wieder in die [[Zelle (Biologie)|Zellen]] des Menschen B'Elanna ein, da sie ohne diese nicht überleben würde. Torres meint im Rückblick, sie habe sich nie so mit sich im Reinen gefühlt, wie in der Zeit als Mensch, aber auch bemerkt, dass sie so unvollkommen ist. ({{VOY|Von Angesicht zu Angesicht}})