Bei einer späteren Gelegenheit wird B'Elannas von einem [[Vidiianer|vidiianischen]] [[Wissenschaftler]] namens [[Sulan]] [[Entführung|entführt]], der hofft, im klingonischen Anteil ihres [[Gen]]oms ein [[Heilmittel]] gegen die [[Fresszelle]] zu finden. Dazu trennt Sulan ihre klingonische von ihrer menschlichen [[DNA]]. Es entsteht eine rein menschliche und eine rein klingonische B'Elanna. Die Klingonin kann fliehen und trifft auf den Menschen B'Elanna. Sie geraten in Streit darüber, wie man nun vorgehen soll. Sie erkennen aber, dass sie nur entkommen können, wenn sie zusammenarbeiten. Als sie einen [[Alarm]] auslösen, stellt sich die Klingonen vor ihre menschliche Seite und wird [[Tod|getötet]]. [[Der Doktor]] fügt nach B'Elannas Befreiung die klingonische DNA wieder in die [[Zelle (Biologie)|Zellen]] des Menschen B'Elanna ein, da sie ohne diese nicht überleben würde. Torres meint im Rückblick, sie habe sich nie so mit sich im reinen Reinen gefühlt, wie in der Zeit als Mensch, aber auch bemerkt, dass sie so unvollkommen ist. ({{VOY|Von Angesicht zu Angesicht}})

Captain Janeway ist nicht begeistert, als Chakotay B'Elanna Torres als Chefingineurin vorschlägt. Sie ist sehr skeptisch, dass diese Frau, die sich nicht unter Kontrolle hat, eine gute Chefingineurin werden würde. In einem persönlichen Gespräch will sie dies herausfinden. B'Elanna Torres jedoch wird reagiert abweisend, als sie auf ihr Ausscheiden aus der Sternenflotte angesprochen wird, und verschwindet einfach aus dem Raum des Captains. Als die ''Voyager'' allerdings in einer Parallaxe gefangen ist, liefert B'Elanna Torres wertvolle Beiträge zur Rettung des Schiffes. Auf einer [[Außenmission]] mit dem Captain [[Entschuldigung|entschuldigt]] sie sich bei ihr. Sie habe mit ihrer Frage einen wunden Punkt erwischt. Sie erklärt dann, der Grund für das Verlassen der Akademie war, weil dass sie erkannt habe, dass ihr Ziel ihre Ziele zu hoch gesteckt gewesen seiseien. Der Captain jedoch weiß, dass viele Professoren ihren Weggang bedauert haben. Torres kann dies nicht glauben. Nach dem erfolgreichen Abschluss der Mission ernennt Captain Janeway B'Elanna Torres zum Chefingenieurzur Chefingenieurin, trotz einiger Proteste seitens der Sternenflottencrew. Sie sagt gegenüber Chakotay, dass B'Elanna Torres eine Bereicherung für die Crew sein würde. ({{VOY|Die Parallaxe}})

B'Elanna kennt [[Chakotay]] aus ihrer Zeit beim Maquis, wo er ihr [[Vorgesetzter]] gewesen ist. Schon damals hegt hegte sie starke [[Gefühl]]e für ihn. Als ein [[Bothaner]] 2372 bei Torres eine [[Halluzination]] erzeugt, ist dies eine Verführung durch Chakotay. ({{VOY|Rätselhafte Visionen}}) Ihrer aufkeimenden [[Liebe]] zu Tom Paris löst ihre Empfindungen für Chakotay jedoch ab. Dennoch hat sie innigstes Vertrauen in Chakotay und empfindet ihn als guten und ihr sehr wichtigen Freund. ({{VOY|Rätselhafte Visionen}})