Der bajoranische Sektor oder auch bajoranische Raum genannt, ist der komplette Raum um das bajoranische System. Dieser Sektor liegt sowohl am Rande des Föderationsraumes wie auch an der cardassianischen Grenze und wurde nach dem System Bajor benannt, in dem sich auch der Föderationsaußenposten Deep Space 9 und das Bajoranische Wurmloch befinden. In dem Sektor befindet sich auch die Antares-Flottenwerft.
2369 ziehen die Cardassianer Truppen aus dem bajoranischen Sektor ab und verlegen sie an die Grenze zur Föderation. Diese sollen wenig später an einer Operation mitwirken, die zur Besetzung von Minos Korva führen soll. Der Angriff wird jedoch von der USS Enterprise (NCC-1701-D) gestoppt und die Cardassianer zum Rückzug gezwungen. (TNG: Geheime Mission auf Celtris Drei, Teil I)
Nach einer Inspektionstour auf den bajoranischen Kolonien entlang der cardassianischen Grenze kehrt die USS Yukon 2372 nach Deep Space 9 zurück. Kurz vor Erreichen der Station bittet ihr Kommandant bei der Bajoranischen Kontrolle um Anfluggenehmigung. Diese meldet sich kurze Zeit später zurück und gewährt eine Erlaubnis in das System einzufliegen. (DS9: Die Söhne von Mogh)
2373 versammelt sich eine Flotte aus Raumschiffen der Föderation, Klingonen und Romulanern im bajoranischen System, um sich gegen einen Angriff der Cardassianer und des Dominion zu wehren. Dabei gibt die Flotte aus Cardassianern und dem Dominion vor, in den bajoranischen Raum einzudringen. In Wirklichkeit ist dies jedoch ein Ablenkungsmanöver, um es dem Wechselbalg, der sich als Doktor Julian Bashir ausgibt, zu ermöglichen, die bajoranische Sonne zu zerstören. Der USS Defiant unter Major Kira Nerys gelingt es im letzten Moment, dies zu verhindern. (DS9: Im Lichte des Infernos)
Im Dominion-Krieg ist der bajoranische Sektor von entscheidender strategischer Bedeutung. (DS9: Zu den Waffen!)
2374 gibt es im ganzen bajoranischen Sektor keine 200 Liter biomimetisches Gel. (DS9: In fahlem Mondlicht)