====;Vorahnungen====:Die [[USS Enterprise (NCC-1701-E)|USS ''Enterprise''-E]], begleitet von zwei Schiffen der ''Akira''-Klasse, muss feindliche [[Jem'Hadar Angriffsschiff]]e in diesem Sektor vernichten, um erfolgreich siedeln zu können. Während einer Mission wird eine Raumzeit-Verzerrung entdeckt und ein Föderations-Schiff kommt durch diese Verzerrung. Kurz darauf wird es von zwei [[Borgsphäre]]n attackiert. Das Schiff ist die USS ''Premonition'', kommandiert von Captain Demmings. Der Captain informiert Picard, dass eine Borg-Invasion bevor steht. Noch in dieser Stunde wird eine Borg-Flotte Sternenbasis 612 zerstören. Dieser Angriff wird den ersten Schritt zur Assimilation des [[Alpha-Quadrant]]en setzen.

====;Wiedersehen im Paradies====:Botschafter [[Worf]], Kommandant der USS ''Avenger'', zurzeit dem [[Ba'ku]]-[[Ba'ku (Planet)|Ba'ku]] zugewiesen, muss eine Flotte von [[Son'a]]-Kriegsschiffen zerstören. Er erfährt von der bevorstehenden Borg Invasion, und fliegt zu [[Qo'noS]], um Verstärkung zu holen.

====;Vendetta====:Auf dem Weg zu Qo'noS wird Worf von [[Toral, Sohn von Duras|Toral]] angegriffen. Schutzlos muss er durch den Ikolis Sektor fliegen (eine ziemlich gefährliche Region im Weltraum), um Toral zu entkommen.Um zu verhindern, dass Toral den klingonischen Thron bekommt, muss Worf die ''Avenger'' in den [[Gamma-Quadrant]]en steuern. Dort rettet er das [[Schwert des Kahless]].

====;Dunkle Omen====:Als die ''Enterprise'' bei Starbase 612 ankommt, wurde die Verteidigungsflotte und die meisten Stationen schon zerstört oder schwer beschädigt. Der Spieler muss soviele Schiffe wie möglich wieder kampfbereit machen und die Stationen wieder online bringen, um einen zweiten Angriff der Borg mit assimilierten Sternenflottenschiffen zu widerstehen und ihre Basis zu zerstören.

====;Zu den Toren von Sto'Vo'Kor====:Die ''Borg'' sind auch in klingonischen Raum eingedrungen. Kanzler Martok muss den [[Gamma Eridon]]-Sektor verteidigen, der von den Borg attackiert wird. Nachdem die Borg eliminiert wurden, fliegt Martok zu seiner Kommandobasis um herauszufinden, warum keine Verstärkung gekommen ist.

====;Der innere Feind====:Gerade verfolgte er noch Worf in "Vendetta", schon hat er eine mächtige Flotte von Schiffen aufgebaut, um einen Angriff gegen ''Martoks'' Sternenbasis zu führen. Die Basis muss so lange gehalten werden, bis die ''Avenger'' ankommt, um Martok das ''Schwert des Kahles'' zu übergeben. Mit diesem Schwert ausgestattet, fliegt Martok zum [[Klingonischer Hoher Rat|Hohen Rat der Klingonen]].

====;Ein guter Tag zum Sterben====:Während Qo'noS in einem Kampf verwickelt ist, erreicht Martok die ''Avenger''. Martok muss Torals Hauptbasis attackieren und vernichten. Leider schafft es Toral zu entkommen und liefert sich eine Verfolgungsjagd mit Worf...

====;Graue Eminenz====:Dies ist die Fortsetzung von "Ein guter Tag zum Sterben".:Toral entkommt zu einer romulanischen Basis in der Nähe. Martoks Flotte verfolgt ihn und startet eine Mission um alle romulanischen Schiffe und Stationen in diesem Sektor zu vernichten. Nachdem Toral und die Romulaner besiegt wurden, haben die Klingonen genügend Mittel, um der Föderation bei der Verteidigung gegen die Borg zu helfen.

====;Mantel und Degen====:Admiral Sela ist in klingonischen Raum eingedrungen, um einen renomierten romulanischen Wissenschaftler zu retten. Dr. Oldan, eingesperrt in einem Gefängnis im [[Krios]]-System muss befreit werden. Nachdem das Gefängnis erfolgreich zerstört wurde und Dr. Oldan gerettet wurde, wird Sela von den [[Tal Shiar]] zur [[Romulanische Neutrale Zone|Neutralen Zone]] beordert.

====;Ruf der Macht====:Ein Tal Shiar namens Jal'par informiert Sela, dass eine Gruppe von [[Ferengi]]-Schiffen das [[Omega-Molekül]] entdeckt haben. Die Ferengi, die nicht wissen was für eine Macht dieses Objekt hat, versuchen es den Carassianern weiterzuverkaufen. Sela muss diesen Verkauf verhindern, um das Partikel für ihre eigenen Zwecke zu verwenden. Die Ferengi sind ein leichtes Ziel und die Cardassianer können ebenso eliminiert werden. Als das speziell konstruierte ''Eindämmungsschiff'' das Omega-Partikel einfängt, werden [[Transwarp]]-Signaturen der Borg entdeckt.:Die Flotte flüchtet nach [[Romulus]].

====;Der Fehdehandschuh====:Mit den Borg im Nacken muss Sela zu einem Wurmloch flüchten. Die Klingonen sind ebenfalls in diesem Sektor und Selas Flotte wäre nicht stark genug um der Übermacht standzuhalten. Das ''Eindämmungsschif'' wird durch das Wurmloch geschleust und Jal'par bleibt zurück um mit den Borg zu verhandeln.

====;Unheilige Allianz====:Sela verhandelt eine ''Allianz'' mit den Borg. Der Deal lautet, dass die Borg eine wichtige klingonische Basis auslöschen, dafür werden die Romulaner das Omega-Partikel dem Kollektiv übergeben. Die Klingonen sind gut ausgerüstet, sie besitzen viele ''Jach'eng''-Klasse Raumschiffe mit speziellen Waffen.

:Als die Klingonen vernichtet wurden, löst Sela die Allianz und vernichtet die Borg-Basis mit einer großen Raumschiff-Flotte. Nach diesen geschickten Schachzügen können nun Verhandlungen mit der Föderation und den Klingonen aufgenommen werden.

====;Aufstand====:Auf der Suche nach dem ''Omega-Partikel'' greifen die Borg eine [[Dominion]]-Basis an und assimilieren eine ''Klon-Fabrik'', um einen Klon von [[Jean-Luc Picard]] anzufertigen. Locutus hat den Befehl das Omega-Partikel um jeden Preis zu assimilieren.

====;Assimilation====:Die Borg haben Jal'par assimiliert und haben die Koordinaten der romulanischen Basis herausgefunden, die zur Zeit das "Zuhause" des Omega-Partikels ist. Mit stark eingeschränkten Ressourcen, müssen die Borg unbedingt so viele Schiffe und Sternenbasen wie möglich assimilieren, um genügend Streitkräfte zu haben um die Basis zu erobern.

:Die Borg entdecken, dass die Föderation eine Konferenz zwischen den Romulanern und den Klingonen arrangiert. So eine Allianz würde es schwer machen, die Ziele des Kollektives zu erfüllen. Deswegen entscheidet sich Locutus den Föderations-Botschafter [[Spock]] aufzuhalten, bevor er die Konferenz erreicht.::''Nur in dieser Mission kommen die [[Breen]] vor.''

====;Extermination====:Ziel dieser Mission: Errichtung einer Basis zur Konstruktion eines Transwarp-Tores im Pleiadus-Cluster um Omega zur [[Unimatrix 01]] zurückzubringen.

:Jedoch gibt es einen Zwischenfall: Die Borg treffen auf eine neuartige Lebensform - Spezies 9341. Diese haben die Macht die Crew der Schiffe und Stationen zu attackieren. Wegen der geringen Aussichten diese Schiffe zu assimilieren, müssen alle anwesenden Objekte eliminiert werden. Da Standard-Waffen nutzlos gegen die "Mutter-Kreaturen" sind, müssen [[Ultritium]]-Waffen entwickelt werden, damit Schiffe der ''Diamond-Klasse'' diese Kreaturen vernichten können.

:Nachdem das Tor erbaut wurde und das Omega-Partikel zurück in den [[Delta-Quadrant]]en gebracht wurde, bekommt Locutus eine neue Mission: ''Assimilierung der [[Erde]] (Sektor 001)''

====;The Twilight Hour====:Die Borg-Flotte erreicht [[Sektor 001]] und zerstört die [[Utopia Planitia Flottenwerft]]. Die Föderationschiffe ziehen sich in den Erden-[[Orbit]] zurück und Locutus konfrontiert Picard mit der "Tatsache": "''Widerstand ist und war schon immer... zwecklos!"''.

:Der Versuch Friede zwischen den Romulanern und den Klingonen ist gescheitert - Spock wurde assimiliert. Die Föderation steht alleine da. Hoffnungslos unterlegen hört die Föderation auf zu existieren. Die ''Avenger'': zerstört, die ''Enterprise'' kann durch eine ''temporale Verzerrung'' entkommen, die von der ''Premonition'' erzeugt wurde und die Erde: assimiliert...

====;Once and Again====:Die ''Enterprise'' reist in der Zeit zurück und kommt nahe der Romulaner/Klingonen-Konferenz an, gerade noch rechtzeitig um den Überfall auf Spocks Schiff zu verhindern. Doch da sind noch die Borg, die ''Enterprise'' muss es schaffen, Spocks Schiff intakt zur Konferenz zu bringen.

====;A Line in the Sand====:"The Twilight Hour" aus der Sicht der Föderation. Dieses mal, wie auch immer, kommt die in der Zeit gereiste ''Enterprise'' mit einer vereinten Flotte aus Raumschiffen der Romulaner und Klingonen. Die "Original-''Enterprise''" reist mit der Zeitverzerrung der ''Premonition'' zurück um das Raum-Zeit-Gefüge nicht zu stören. Mit dieser Unterstützung konnten die Borg zurückgeschlagen werden. Locutus entkommt über ein ''Transwarp-Tor'', während die kombinierte Flotte den Kubus mit Warp verfolgt.

====;The Alpha and the Omega, Part I====:Die Borg Transwarp-Signaturen konnten bis zur primären Basis im Alpha-Quadranten zurückverfolgt werden, dem Pleiadus-Cluster (kommt schon in der Mission "Extermination" vor). Um die Borg auszuschalten, muss das Transwarp-Tor übernommen werden. Mit diesem ist es möglich, den Borg in den Delta-Quadranten zu folgen und somit das Omega-Partikel zu zerstören.

====;The Alpha and the Omega, Part II====:Die vereinigte Flotte kann das Tranwarp-Tor nutzen um ins Herz des Borg-Raums zu kommen. Ein erster Angriff der Flotte kann schnell von den Borg unterdrückt werden, aber Worf in der ''Avenger'' und die Überreste der Klingonen/Romulaner-Flotte kann in die ''Unimatrix'' vordringen.Mit einem gekaperten ''Konstruktionsschiff'' schaffen sie es, ein neues Transwarp-Tor zu bauen, womit sie dann mit diesem weiterreisen.

:Die Borg-Unimatrix und die Omega-Partikel-Basis können zerstört werden, ebenso der geklonte Locutus.Im letzten Augenblick schaffen es die Borg, eine ''Sphäre'' zurück ins Jahr [[2364]] zu bringen. Diese Spere Sphäre zerstört die [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise''-D]]. Das war kurz nach "[[Der Mächtige]]", womit dieser Sieg egalisiert wurde. Die ''Premonition'', welche vor den Änderungen der Zeitlinie beschützt waren, reisen zurück um die Sphere zu vernichten (deshalb sagt Picard auch in der Mission ''Premonition'' - welche ganz am Anfang des Spieles ist -, dass er dieses Schiff schon einmal gesehen hat.).