Als Mutation bezeichnet man die bleibende Veränderung der DNS von Lebensformen durch äußere Einflüsse.
Mutation gilt als ein wichtiges Element der Evolution, da erst die Mutation die genetische Vielfalt erzeugt, welche dann anschließend einem Selektionsprozess unterliegt.
2151 glaubt Jonathan Archer zunächst, dass der Suliban, der die Enterprise (NX-01) enterte, ein Mutant war. Doch Dr. Phlox korrigiert ihn und meint, dass der Mann gentechnisch verändert wurde. (ENT: Aufbruch ins Unbekannte, Teil I)
2268 vermutet Spock, dass es sich bei Beles Hautfarbe um eine seltene Mutation handelt. (TOS: Bele jagt Lokai)
Im Rahmen des Protomorphosyndrom gibt es eine Mutation der Gene eines Individuums, die dafür sorgt, dass es sich in eine frühere Evolutionsstufe zurück entwickelt. Auslöser des ersten nachgewiesenen Auftretens im Jahre 2370 ist ein Retrovirus gegen die Urodelanische Grippe. (TNG: Genesis)
Genau den gegenteiligen Effekt konnte die Crew der USS Voyager im Jahre 2372 beobachten, als sich Tom Paris und Kathryn Janeway durch eine Mutation der DNS während des Fluges jenseits der Warp-10-Schwelle in eine zukünftige Evolutionsstufe entwickeln. (VOY: Die Schwelle)
2373 durchlebt Kathryn Janeway eine Halluzination, in der sie von der Fresszelle infiziert wird. Als sie nachfragt, wie das geschehen konnte, meint der Doktor, dass die Fresszelle wohl mutiert ist. (VOY: Der Wille)
2374 führen Experimente der Srivani an einigen Crewmitgliedern der USS Voyager bei dieser zu Mutationen. (VOY: Verwerfliche Experimente)