Ein Klon ist die exakte genetische Kopie eines biologischen Organismus.
Verschiedene Spezies, wie z.B. das Dominion, scheinen in der Lage zu sein ihre Klone mit einer Art genetischem Gedächtnis zu versehen und auch ausgewachsene Klone zu erzeugen. Während z.B. die Romulaner lediglich in der Lage sind, ihren Klon Shinzon beschleunigt Altern zu lassen. (Star Trek: Nemesis)
Neben der biotechnologischen Herstellung von Klonen höherer Lebewesen können auch mit Hilfe eines Transporters perfekte, identische Kopien hergestellt werden. So entstand 2361 aufgrund einer Fehlfunktion der Transporterklon Thomas Riker. (TNG: Riker : 2 = ?)
Im Jahr 2153 klont Dr. Phlox mithilfe einer biomimetischen Lebensform Trip, da er an einer lebensgefährlichen Verletzung leidet und eine Transplantation braucht. (ENT: Ebenbild)
Im Jahr 2155 wird durch John Frederick Paxton aus den Zellen der Commander Tucker und T'Pol ein Kind geklont. Dieses Baby wird von T'Pol nach dem Namen von Tuckers verstorbenen Schwester benannt: Elizabeth. Sie stirbt jedoch wenige Tage später an einem tödlichen Gendefekt, welcher durch eine fehlerhafte Gensequenzierung hervorgerufen wird.
Das Klonen höherer Lebewesen ist aus ethischen Gründen in der Föderation und vielen anderen Allianzen und Völkern verboten.