Biogene Waffe
Biogene Waffen stellen eine besondere Form von Waffen dar, da sie hauptsächlich darauf zielen, lebende Organismen, wie beispielsweise Humanoide anzugreifen und zu eliminieren.
Durch diese Tatsache sind sie vollkommen ungeeignet, um gegen Schiffe oder die Infrastruktur eines bewohnten Planeten eingesetzt zu werden, da sie bei leblosen Objekten keinerlei Wirkung erzielen. Die biogenen Waffen, die sich im Besitz des Maquis befinden, müssen unter besonders kalten Umgebungstemperaturen gelagert werden. Zu den biogenen Waffen gehören unter anderem das Trilithiumharz, das absolut tödlich für Menschen ist (DS9: "Für die Uniform"; TNG: "In der Hand von Terroristen").
Eine von mehreren Methoden, die die Xindi entwickelt haben, um die Bevölkerung der Erde auszulöschen war eine besondere Biowaffe. Diese wurde anschließend von mehreren Reptilianern auf die Erde des Jahres 2004 gebracht. Allerdings nimmt Captain Archer die Verfolgung auf und durchkreuzt erfolgreich die Pläne der Xindi (ENT: "Carpenter Street").
Im Krieg zwischen den T'Lani und den Kellerun wurde eine Waffe namens Harvester eingesetzt, die ebenfalls eine biogene Waffe darstellt (DS9: "Das Harvester-Desaster").
2373 findet auf Deep Space 9 ein geheimes Treffen zwischen den beiden Waffenhändlern Hagath und Gaila statt. Dabei arrangiert Quark, dass er eine bestimmte Menge von Varaxian LM-Sieben beschafft. Diese stellt eine wirkungsvolle und zugleich experimentelle biogene Waffe dar, die in der Lage ist, innerhalb nur einer Woche mehrere Millionen Personen eliminieren zu können (DS9: "Kriegsgeschäfte"). Im selben Jahr setzt Captain Benjamin Sisko Trilithiumharz gegen einen Planeten des Maquis ein um den Maquis-Führer Michael Eddington unter Druck zu setzen. Obwohl diese Waffen und ihr einsatz von der Föderation verboten sind, gab es nie einen Hinweis darauf das Captain Sisko für den Einsatz zur Rechenschaft gezogen wurde. (DS9:Für die Uniform)
Auch vom Dominion ist offiziell bekannt, dass sie biogene Waffen gegen ihre Feinde einsetzen. Ein grausames Beispiel stellen die Teplaner dar. Als sie sich weigerten, ein neues Mitglied des Dominion zu werden, kamen die Jem'Hadar und infizierten die gesamte Bevölkerung mit einer biogenen Waffe namens Quickening (DS9: "Hoffnung", "Unter den Waffen schweigen die Gesetze").
Die Thalaronstrahlung besitzt gewisse biogene Eigenschaften, wodurch sie eine sehr effektive Waffe darstellt. Der remanische Warbird Scimitar war so konstruiert worden, dass das Schiff einen massiven Thalaronstrahl erzeugen konnte, der die Fähigkeit besitzt, problemlos z. B. die Bevölkerung eines Planeten vernichten zu können. Die Thalaronwaffe ist jedoch auch gegen Schiffe sehr effektiv. Allerdings benötigte die Scimitar einige Minuten, um die Abscussvorrichtung zu aktivieren. ("Star Trek: Nemesis").
Die Föderation hat bestimmte Gesetze und Bestimmungen erlassen, der die Entwicklung und den Einsatz solcher Waffen verbietet.
