Der Q-Bürgerkrieg ist ein von Q und Quinn verursachtes Ereignis. Der Bürgerkrieg der Q führt zu schwerwiegenden Veränderungen im Q-Kontinuum.
Quinn begeht 2373 als erster Q Selbstmord. Dabei wird er von Q unterstützt, der anfänglich für das Kontinuum gegen Quinn vorgeht, sich dann jedoch von Quinns Philosophie überzeugen lässt (VOY: Todessehnsucht).
In Folge seines Selbstmordes entfacht Quinn den Krieg unwissentlich. Grund hierfür sind die unterschiedlichen Auffassungen des "Q-seins".
Q führt nun eine der Fraktionen im Bürgerkrieg an, um gegen die Ordnung zu kämpfen. Um den Konflikt zu lösen, will Q ein Kind mit Captain Janeway zeugen. Sie lehnt jedoch entschieden ab.
Mit Hilfe der Crew der USS Voyager kann der Krieg beendet werden und Q und Q zeugen nun Q, der den Frieden bringt. (VOY: Die "Q"-Krise)