Aufgrund seiner Erfahrung unterrichtet Phlox einige Zeit an der Universität. ({{ENT|Freund oder Feind}})

[[2150]] ist er im [[Interstellares Austauschprogramm für Ärzte|interstellaren Austauschprogramm für Ärzte]] und kommt so zu einer Anstellung im [[Medizinisches Corps der Sternenflotte|medizinischen Corps der Sternenflotte]]. Für einige Monate arbeitet Phlox auf [[Cold Station 12]]. Darauf arbeitet Phlox im Flottenhospital auf der [[Erde]]. Doktor [[Jeremy Lucas]] hilft ihm sich dort einzugewöhnen. Die beiden verbindet seitdem eine enge [[Freund]]schaft. ({{ENT|Lieber Doktor|Die Schockwelle, Teil I|Cold Station 12}})

T'Pol findet heraus, dass das Drohnenschiff durch [[Telepathie]] gesteuert wird. Außerdem entschlüsselt sie das telepathische Signal und entdeckt, dass dieser Telepath ein Andorianer ist. Shran geht dem sofort nach und sendet die Daten nach Andoria und anhand der Daten findet dieser heraus, dass die Person in Wirklichkeit ein [[Aenar]], eine Unterart der Andorianer ist. Die ''Enterprise'' begibt sich darauf nach Andoria, um nach den geheimnisvollen Aenar zu suchen. Archer und Shran begeben sich gemeinsam auf die Planetenoberfläche. Phlox, Tucker und T'Pol bereiten daraufhin ein [[Telepräsenzeinheit|Interface]] vor, mit dem sie das Drohnenschiff stören wollen. Phlox warnt dabei, dass ein falsch angeschlossenes Gerät zu neurologischen Schäden führen kann. Sie führen einen Test durch, müssen ihn aber abbrechen. Anschließend bereitet er mit T'Pol einen weiteren Versuch vor. Inzwischen treffen Archer und Shran auf die Aenar. Archer berichtet den Aenar von der aktuellen Situation. Dort lernt Shran [[Jhamel]] kennen, welche die Schwester von [[Gareb]], einem vermissten Aenar, welcher auch das Drohnenschiff steuern soll. Jhamel erklärt sich sofort bereit zu helfen. Jhamel versucht die Einheit zu bedienen und sie beginnen mit einfachen Simulationen. Als es ein synaptisches Problem gibt, schalten sie es ab und Phlox gibt ihr ein Hypospray. Später will sie es nochmal mit dem Gerät versuchen, weil sie ihren Bruder spürt. Er lässt es zu. So kann Jhamel Kontakt zu ihrem Bruder aufnehmen und ihn dazu bewegen, die Drohnenschiffe sich gegenseitig angreifen zu lassen, sodass sie zerstört werden. Allerdings wird er dafür von [[Valdore]] erschossen, was Jhamel telepathisch mit ansehen muss. ({{ENT|Die Aenar}})

Antaak hilft Phlox mit einem Getränk. Dieser will keine klingonischen Augments erschaffen. Antaak zeigt ihm einige Daten. Er denkt, dass sie die Transkriptionssequenz durchtrennen können. So könnten die Klingonen bei Stufe 1 überleben. Er unterhält sich mit Antaak über die Familien der Denobulaner. Dabei meint Antaak, dass er schuld an der Seuche sei, weil er die Testpersonen nicht genug überprüfte. Als K'Vagh sich nach dem Stand der Forschung erkundigt, berichtet Phlox, dass er die RNA-Sequenz isoliert habe. K'Vagh will jedoch Details, die er seinen Vorgesetzten melden könne und Phlox sagt, dass er in einer Stunde fertig sein werde. Da man schnell Ergebnisse braucht, werden vier Variationen des Gegenmittels schließlich vier Klingonen injiziert. Jedoch weist Phlox darauf hin, dass nur einer der Stämme das Gegenmittel enthält und die anderen Infizierten sterben werden. Schließlich schafft er es, das Gegenmittel aus K'Vaghs Blut zu synthetisieren und auch Antaak zu retten. Wenig später erreichen klingonische Schiffe die Kolonie und greifen sie an. Die ''Enterprise'' und die ''Columbia'' können sie zwar einige Zeit beschäftigen, aber nicht aufhalten. Phlox beamt daher eine Probe des Virus auf das Flaggschiff von Flottenadmiral [[Krell (22. Jahrhundert)|Krell]], der daraufhin einwilligt, die Kolonie nicht zu zerstören und dann das Gegenmittel erhält. ({{ENT|Die Abweichung}})

== Alternative Leben ==

=== Alternative Zeitlinie ===

Nach einem Kinoabend begleitet Archer T'Pol zu ihrem Quartier. Plötzlich wird die ''Enterprise'' von einer Anomalie getroffen. Der Captain bringt sie in Sicherheit, aber er wird von der Anomalie erfasst. Er wacht darauf in der Krankenstation auf, wo Phlox ihm mitteilt, dass er von einem unbekannten Erreger infiziert worden ist. Dieser Erreger existiert außerhalb der Zeit und der Doktor findet kein Heilmittel dagegen. Durch den Virus wird Archers Kurzzeitgedächtnis gelöscht. Da Archer nicht mehr in der Lage ist die ''Enterprise'' zu kommandieren, ernennt die Sternenflotte T'Pol zum neuen Captain des Schiffes. Bei einem Angriff der Xindi wird die ''Enterprise'' durch eine Fehlentscheidung T'Pols schwer beschädigt. Die Crew ist nun nicht mehr in der Lage, die Xindi aufzuhalten. Diese vernichten mit ihrer Superwaffe die Erde und die Menschheit wird fast vollständig ausgelöscht. Archer und die letzten überlebenden Menschen fliegen nach [[Ceti Alpha V]], um sich dort eine neue Heimat fernab der Xindi zu erschaffen. Phlox kehrt in dieser Zeit nach Denobula zurück und setzt dort seine Forschung fort, um Archer zu helfen.