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Kurz darauf greift eine Gruppe genetisch verbesserte Menschen, [[Augment]]s genannt, einen klingonischen Bird-of-Prey an und erobern diesen. Die ''Enterprise'' bekommt darauf den Auftrag diese Augments aufzuhalten. Doktor [[Arik Soong]], der die Augments aufgezogen hat, kommt an Bord, um der Crew bei der Suche zu helfen. Auf der Krankenstation unterhält Phlox sich mit Soong und er fragt, welche genetischen Modifikationen Soong an den Augments vornahm. Dieser meint jedoch, dass seine Arbeit für ihn spreche. Soong spricht nun an, dass er nicht wusste, dass Phlox Genmanipulationen ablehne. Phlox argumentiert, dass die [[Eugenische Kriege|eugenischen Kriege]] auf der Erde 30 Millionen Tote forderten. Die ersten Spuren des klingonischen Schiffes führen ins [[Borderland]], einer Region, welche vom [[Orion-Syndikat]] kontrolliert wird. Die ''Enterprise'' wird kurze Zeit später von zwei [[Orion-Abfangjäger]]n angegriffen und einige Crewmitglieder, darunter auch T'Pol, werden von den [[Orioner]]n entführt. Zusammen mit den anderen wird sie nach [[Verex III]] gebracht, einer Sklavenverarbeitungsstätte. Mit Hilfe von Soong gelingt es Archer, sie und die anderen Crewmitglieder aus der Hand der Orioner zu befreien. Die ''Enterprise'' flieht von Verex III, wird aber erneut von Orion-Abfangjägern verfolgt. Diese werden jedoch von dem Bird-of-Prey, welchen die Augments übernommen haben, ausgeschaltet. Kurz darauf kommt der Augment [[Malik]] an Bord der ''Enterprise'' und fordert von Archer Soong frei zu lassen, doch Archer lehnt dies ab. Malik demonstriert seine überlegende Fähigkeiten und warnt sogar Archer und Reed vor das er Archer gleich angreifen wird, doch trotz der Warnung kann Reed nicht verhindern, dass Malik den Captain als Geisel nimmt. Mit Archer als Geisel kann Malik Soong befreien und die Augments können mit Soong entkommen. ({{ENT|Borderland}})

Die Flüchtigen fliegen zur [[Cold Station 12]], um sich weitere Augment-[[Embryo]]nen zu beschaffen. Die ''Enterprise'' begibt sich inzwischen nach [[Trialas IV]], da Soong dort die Augments aufgezogen hat. Archer und sein Außenteam treffen dort auf [[Udar]], einem Augment welcher zurück gelassen worden ist. Udar kommt schließlich mit auf die ''Enterprise'' und diese fliegt darauf nach Cold Station 12. Phlox untersucht Udar und stellt fest, dass er nicht wie die anderen Augments besondere Fähigkeiten hat. Während man die Augments auf ihrem Flug nach Cold Station 12 verfolgt, sorgt sich Phlox um seinen Freund Doktor Lucas, der dort stationiert ist. Daher kann er auch nicht genug essen, wie er es eigentlich in Vorbereitung auf seinen Winterschlaf tun müsste. Stattdessen unterhält er sich mit Archer über die Gentechnik. Auf Cold Station 12 nehmen die Augments Geiseln, darunter auch Lucas. Malik und Soong wollen Embryonen der Augemts von der Station mitnehmen und verhören deswegen Lucas. Phlox gehört zum Außenteam, welches die Geiseln retten soll. Doch schließlich wird das Außenteam von den Augments überwältigt und gefangen genommen. Phlox geht zu Lucas, der sich wundert, ihn hier zu sehen. Als sich die ''Enterprise'' der Station nähert, will Malik Phlox in eine Kammer sperren und ihn mit Erregern infizieren. So will Malik an Informationen von Lucas gelangen. Den Augments gelingt es darauf, von der Station mit den Embryonen zu fliehen. Malik setzt vorher jedoch tödliche Krankheitserreger frei, welche die verbliebenen Leute auf der Station zu töten drohen. ({{ENT|Cold Station 12}})

Es gelingt Captain Archer schließlich, unter Einsatz seines eigenen Lebens, die Überlebenden vor den Erregern zu isolieren und sie somit zu retten. Phlox kümmert sich darauf um den Captain. Malik und die Augemnts können schließlich mit Hilfe von Soong aufgehalten werden. Darauf wird Soong zur Erde gebracht und Archer legt, aufgrund der Hilfe von Soong ein gutes Wort für ihn ein. Im Gefängnis beginnt Soong seine neue Arbeit an der Kybernetik. ({{ENT|Die Augments}})

Als die Führungsoffiziere [[Basketball]] in ihrer Freizeit spielen, spielt Phlox abwechselnd für eines der Teams, da er jeden Ball im Korb versenkt. Nachdem er mit Tucker und Mayweather spielt, freuen diese sich diebisch, dass sie Reed, Sato und Archer geschlagen haben. Bei einem Anschlag auf die irdische [[Botschaft]] auf [[Vulkan]] gibt es 43 Todesopfer, darunter auch Admiral Forrest, zu beklagen. Daraufhin wird die ''Enterprise'' dorthin geschickt und führt eine Untersuchung durch. Phlox untersucht die DNA-Spur, welche sich an den Überresten eines Sprengsatzes befindet und es stellt sich heraus, dass [[T'Pau]] und die [[Syrrannit]]en für den Anschlag verantwortlich sind. Bei weiteren Untersuchungen stellt, Phlox jedoch fest, dass es sich bei der Probe um eine Fälschung handelt. Archer befindet sich zu dieser Zeit mit T'Pol auf der Oberfläche von Vulkan, um nach T'Pau zu suchen. Tucker ist, da sich die beiden im [[Glühofen]], einer Wüste befinden, nicht in der Lage diese zu Kontaktieren und den Captain die neuesten Informationen zu übermitteln. Tucker versucht nun heraus zu finden, wer der wahre Täter ist. Anhand einer Aufzeichung sieht Tucker, dass Corporal [[Askwith]] den Attentäter gesehen haben muss. Da dieser im [[Koma]] bei Phlox liegt, suchen sie einen Weg, mit ihm sprechen zu können. Phlox und Tucker gelingt es Soval zu überzeugen, bei Askwith eine Gedankenverschmelzung durchzuführen. Soval erkennt, dass [[Stel]] die Bombe legte und somit das Oberkommando für den Anschlag verantwortlich ist. ({{ENT|Der Anschlag}})

Schließlich werden die wahren Pläne vom Oberkommando, welches von [[V'Las]] geleitet wird. Mit der Verfolgung der Syrranniten will dieser auf den Angriff auf Andoria ablenken. Tucker und Soval wollen Shran davor warnen. Doch er glaubt den beiden nicht. Stattdessen verhört Shran Soval und foltert diesen. Als Soval auf die Enterprise zurückkehrt, wird dieser von Phlox behandelt. Mit Hilfe des [[Kir'Shara]] kann V'Las entmachtet werden und der Angriff auf Andoria wird beendet. ({{ENT|Kir'Shara}})

Als [[Emory Erickson]] versucht, mit dem [[Transporter]] der ''Enterprise'' seinen vor 15 Jahren bei einem [[Transporter]]test verschollenen Sohn zu rematerialisieren, stellt Phlox bei einem Scan fest, dass dieser unter massivem Zellverfall leidet und wohl nicht überleben wird. Schließlich rematerialisiert Erickson seinen Sohn [[Quinn Erickson]], der kurz darauf in den Armen seines Vaters stirbt. Später untersucht Phlox nochmal T'Pol und bestätigt, dass sie nach der Behandlung durch [[T'Pau]] keine Symptome des Pa'nar-Syndroms mehr hat. ({{ENT|Daedalus}})

Wenig später kommen heimlich zwei [[Organier]] an Bord der ''Enterprise''. Einer von den Organier übernimmt den Körper von Reed und der andere den Körper von Mayweather, um das Verhalten der Menschen zu studieren. Zur selben Zeit infizieren sich Tucker und Sato während einer Außenmission mit einem unbekannten [[Silizium-Virus]]. Die beiden werden in die Dekontaminationskammer gebracht und die Organier beobachten wie sich die Crew bei dieser gefährlichen Situation verhält. Phlox versucht inzwischen ein Heilmittel für die beiden zu finden, doch er scheitert. Während seiner Arbeit wird Phlox zeitweise von einem Organier besetzt, der mit seinem Kollegen die Behandlung verfolgt. Später verfolgen Phlox und T'Pol verfolgen den Plan, sie mit ionisierender Strahlung zu behandeln und Phlox muss beide mit [[Sonambutril]] betäuben. Als Phlox bemerkt, dass Tucker und Sato trotz Sonambutril wach sind, untersucht er ihre Hirnströme und erkennt, dass sie von fremden Wesen kontrolliert wurden. Als Archer und T'Pol auf die Krankenstation kommen, will er sie informieren, erkennt aber, dass diese inzwischen von den Wesen kontrolliert werden und diese löschen seine Erinnerungen an diesen Vorfall. Als Sato kurz darauf einen Herzstillstand erleidet, belebt Phlox sie mit Archer wieder, der dafür sogar seine Handschuhe auszieht und auch infiziert wird. Wenig später werden alle drei von den Organiern gerettet, die Archer davon überzeugen konnte. Phlox kann die Heilung nicht erklären, vermutet aber eine verspätete Reaktion auf seine Strahlentherapie. ({{ENT|Beobachtungseffekt}})

Wenig später wird Phlox der Posten als [[Direktor der Xenobiologie]] angeboten, aber dieser lehnt ab, um auf der ''Enterprise'' zu bleiben. Als Phlox zusammen mit Sato bei Madame Chang's essen sind, werden sie auf dem Heimweg von drei [[Rigelianer]]n angegriffen, die Sato betäuben und Phlox entführen. Diese bringen ihn zu den Klingonen in der [[Qu'Vat-Kolonie]], wo er Doktor [[Antaak]] helfen soll, ein Gegenmittel gegen ein Virus zu finden, dass verschiedene Planeten des klingonischen Reichs infiziert habe. Als Phlox nach einem Probanden fragt, wird ein Infizierter gebracht. Daraufhin sagt er, dass er eine Leiche zum Sezieren wollte, doch Antaak sagt, dass er nicht mehr lange leben würde. [[K'Vagh]] erschießt den Mann schließlich und weist Phlox an, weiterzuarbeiten. Bei seinen Untersuchungen erkennt Phlox, dass die Klingonen versuchten, Augments zu erschaffen. Jedoch war eine der Testpersonen mit der [[Levodianische Grippe|levodianischen Grippe]] infiziert, was zur Mutation des Virus geführt hat und diese nun wie eine Seuche über die Luft verbreitet. Dies soll Phlox stoppen. Als K'Vagh erfährt, dass der Hohe Rat eine Flotte losgeschickt hat, um die infizierten Kolonien zu vernichten, wollen sie Augments erschaffen, um den Rat zu zwingen, ihnen Zeit zu geben. Als Phlox dabei seine Mithilfe verweigert, wird er eingesperrt. ({{ENT|Die Heimsuchung}})

=== 2155-2161 ===

=== Freunde ===

==== Jeremy Lucas ====

Doktor [[Jeremy Lucas]] ist ein Arzt von der Erde.

Als Phlox glaubt eine Mission nicht zu überleben, schickt er sein Testament an Lucas, damit sich dieser um seine Angelegenheit nach seinem Tod kümmert. ({{ENT|Stunde Null}})

==== Hoshi Sato ====

Ensign [[Hoshi Sato]] dient [[Kommunikationsoffizier]] an Bord der ''Enterprise''.