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Als man die ''[[Botany Bay]]'' im All entdeckt, glaubt er zunächst, dass es kein Erdenschiff sei. Seine Messungen menschlicher Lebenszeichen ändern jedoch seine Meinung. Sie wecken daraufhin diese Menschen aus dem [[20. Jahrhundert]]. Anschließend stellt er Nachforschungen zu dem Schiff an. Jedoch stellt er fest, dass die Daten aus dieser Zeit sehr lückenhaft sind. Kirk befiehlt ihm anschließend, einen Kurs auf [[Sternbasis 12]] zu berechnen. Auf der Brücke berichtet er Kirk wenig später von seinen Bedenken, [[Khan Noonien Singh]] Zugriff auf ihre Bibliothek zu geben, und meint, dass sie extrem vorsichtig sein müssen. Am Ende der Eugenischen Kriege seien etwa 90 Übermenschen verschwunden gewesen und möglicherweise haben sie diese gefunden. Wenig später nimmt er an einem Abendessen mit Khan teil und erkundigt sich, wieso es keine Aufzeichnungen über seine Reise gibt. Er befragt Khan dann weiter zu seiner Zeit als Herrscher und dieser gibt zu, dass sie die <q>kranke Welt</q> heilen wollten. Anschließend verlässt Khan den Raum. Wenig später versucht Khan, die ''Enterprise'' zu übernehmen. Kirk befiehlt daraufhin alle Decks mit Neuralgas zu fluten, was Spock jedoch nicht ausführen kann, da Khan das System sabotiert hat. Nachdem Khan das Schiff übernommen hat, wird er mit weiteren Offizieren in den Konferenzraum gebracht. Dort sehen sie, wie Kirk in einer [[Unterdruckkammer]] gequält wird und getötet werden soll. McGivers sabotiert die Verbindung und begibt sich nach unten. Dort betäubt sie die Wache und befreit Kirk. Spock wird inzwischen von einem anderen Augment heruntergebracht und schaltet den anderen Augment mit dem Nackengriff aus. Anschließend machen sich die beiden Männer auf den Weg, das Schiff zurückzuerobern. Spock flutet daraufhin das Schiff mit Neuralgas. Khan gelingt es jedoch, in den Maschinenraum zu fliehen, und Spock informiert Kirk darüber, dass jemand im Maschinenraum sei. Es gelingt ihnen, Khan zu überwältigen. Anschließend wird er von Kirk in einer Gerichtsverhandlung nach [[Ceti Alpha V]] verbannt. Spock meint, dass es interessant wäre, in 100 Jahren zurückzukehren und zu sehen, was aus den hier ausgesetzten Männern geworden sei. Kirk antwortet, dass sie leider nicht so alt werden. ({{TOS|Der schlafende Tiger}})
Als man den Planeten [[Omicron Ceti III]] untersucht, meldet Spock, dass aufgrund der [[Berthold-Strahlung]] menschliches Leben auf diesem Planeten nicht möglich ist und die [[Sandoval-Gruppe]] wohl nicht überlebt hat. Er gehört auch zu dem Außenteam, dass den Planeten untersucht. Dort trifft er wieder auf [[Leila Kalomi]]. Später untersucht er den Planeten, um dieses Phänomen wissenschaftlich zu untersuchen. Dabei wird er von den Sporen getroffen und lässt daraufhin seinen Gefühlen für Kalomi freien Lauf. Er reagiert nicht mehr auf die Kommunikatorrufe der Anderen. Allerdings führt er sie zu den Pflanzen, die ihn in diesen Zustand versetzt haben. Diese werden daraufhin infiziert und nach und nach, wird so die gesamte Besatzung außer Gefecht gesetzt und beamt sich auf den Planeten. Zuletzt ist nur noch Captain Kirk übrig, der es schafft der Wirkung der Sporen zu widerstehen. Kirk lockt Spock unter einem Vorwand wieder aufs Schiff. Dort schafft es Kirk, Spock so zu provozieren, dass er ihn angreift. Dadurch verfliegt die Wirkung der Sporen und Spock kann den Captain dabei unterstützen, die restlichen Crewmitglieder von der Wirkung der Sporen zu befreien. ({{TOS|Falsche Paradiese}})
Man kommt Bergarbeitern auf [[Janus VI]] zu Hilfe, die von der [[Mutterhorta]] angegriffen werden. Bei den Nachforschungen stellt Spock fest, dass es sich um eine Lebensform aus [[Silizium]] handelt, die man nicht orten kann. Captain Kirk gibt Befehl die Kreatur aufzuspüren und zu töten. Spock lehnt jedoch eine Tötung ab. Als Kirk ihn auf die ''Enterprise'' schicken will, gelingt es Spock mit logischen Argumenten Kirk zu überzeugen, ihn auf dem Planeten zu lassen. So macht sich Spock auch auf die Suche nach Horta. Nachdem Kirk von der Mutterhorta vom Rückweg abgeschnitten und angegriffen wird, eilt Spock zu ihm. Dort versuchen sie das Verhalten des Wesens zu verstehen und Spock macht schließlich eine Gedankenverschmelzung mit ihm. So erfährt er, dass Horta das Letzte seiner Art ist und die Siliziumkugeln ihre Nachkommen sind, die von den Bergarbeitern ermordet wurden. Daher hat es sich verteidigt. Es gelingt eine Übereinkunft zu treffen und beide Seiten leben fortan friedlich auf Janus VI. ({{TOS|Horta rettet ihre Kinder}})
Spock wird zum [[Commander]] befördert.
