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Diese Option kann vom [[Captain]] und den [[Führungsoffizier]]en gewählt werden, wenn er das Schiff vor einer [[Kaperung]] unbedingt schützen will, eine gegnerische Übermacht an Bord des Schiffes ist, oder das Schiff im Gefecht kampfunfähig wurde und durch die gewaltige Menge von freiwerdender [[Energie]] bei der Selbstzerstörung ein feindliches Schiff beschädigt werden soll. In der Regel geht die Selbstzerstörung vom [[Maschinenraum]] aus.
In der [[Sternenflotte]] der [[Föderation]] gibt es genaue [[Protokoll]]e für die Selbstzerstörung, . Es müssen der Kommandat des Schiffes sowie der erste Offizier und der Chefingenieur nacheinander einen Kommandocode eingeben bei dem die Identität über die Sprache geprüft wird.({{TOS|Bele jagt Lokai}}) Später wird die unter [[Sternenflottenorder 2005]] firmieren ausgegeben ({{Film|1}}). Um die Selbstzerstörungssequenz einzuleiten, ist die Genehmigung des [[Kommandant]]en und des [[Erster Offizier|Ersten Offiziers]] oder ein [[Kommandocode]] nötig. Statt des Ersten Offiziers kann auch die Genehmigung von zwei anderen Führungsoffizieren ausreichen. Diese müssen aber mindestens den [[Rang]] eines [[Lieutenant Commander]] bekleiden ({{Quelle fehlt}}). Auf der ''Voyager'' jedoch kann Captain Kathryn Janeway alleinen die Selbstzerstörung aktivieren. ({{VOY|Die Verdopplung|Der Flugkörper}})
Um die Selbstzerstörungsequenz zu initiieren sind funktionierende Sekundäre [[Kommandoprozessor]]en von nöten ({{VOY|Der Kampf ums Dasein, Teil I}}).
[[2285]] nutzt Captain [[James T. Kirk]] die Selbstzerstörung für die [[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'']] im [[Orbit]] um den [[Genesis-Planet]]en, um ein [[Klingone|klingonisches]] [[Enterkommando]] zu schlagen ({{Film|3}}).