Die Xindi-Krise (oder auch Xindi-Vorfall und Xindi-Zwischenfall genannt) ist eine politische Krise zwischen den Menschen und den fünf verbliebenen Völkern der Xindi, welche aufgrund einer Beeinflussung der Xindi durch die Sphärenbauer glauben, dass die Menschen sie im 26. Jahrhundert angreifen und auslöschen würden.
Der Ursprung der Krise lässt sich auf Seiten der Xindi und somit abseits der Menschheit nur schwer ausmachen. Die durch mehrere Konflikte gebeutelten Xindi-Völker bilden nach der Zerstörung ihres Heimatplaneten unter Führung der Sphärenbauer, welche sie zu einem neuen Heimatplaneten brachten und seitdem als ihre Beschützer gelten, einen fünfköpfigen Rat, in welchem sie für alle verbündeten Xindi Entscheidungen treffen.
Vermutlich einigten sich die Ratsmitglieder in den frühen 2150ern darauf, der für sie vitalen Bedrohung durch die Menschen dadurch zu begegnen, indem man ihnen zuvorkommt, lange bevor sie den Xindi gefährlich werden könnten - mit einer gewaltigen Waffe, welche die Erde mit nur einem Schlag zerstören sollte. Der Plan sieht ebenfalls vor, den Rest der verstreuten Menschheit dann zu jagen, bis diese vollkommen ausgelöscht wären.