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Chakotay
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Als ein Shuttle mit Paris und Torres von einer unbekannte Spezies angegriffen wird, nimmt er an einer anschließenden Lagebesprechung teil. Er meint, dass ein Umfliegen des Territoriums der Spezies etwa 15 Monate dauern würde. Als Janeway den Entschluss fasst das Territorium der Fremden zu durchfliegen, äußert er die Vermutung, dass diese nicht genügend Schiffe besitzt um die gesamte Grenze zu sichern. Nachdem Janeway entscheidet, das Territorium der Fremden zu durchfliegen entwickelt er gemeinsam mit Kim ein Verfahren um das Gitter zu überschreiten. Ihrer Analyse zufolge könnten sie innerhalb von vier Tagen das Territorium durchqueren. Dabei wird die ''Voyager'' jedoch angegriffen. Kurz darauf entern mehrere Mitglieder des Schwarms die Brücke. Jedoch können diese überwältigt werden. Chakotay erschießt dabei einen Eindringling persönlich. Unterdessen gelingt es Kim die fremden Schiffe an der Hülle mit einer bestimmten Phasermodulation zu zerstören. Daraufhin ziehen sich die übrigen zurück und die ''Voyager'' kann das Territorium des Schwarms wieder verlassen. ({{VOY|Der Schwarm}})
[[Datei:Chakotay und Paris beobachten Neelix' Auftritt als Großer Proxy.jpg|thumb|Chakotay und Paris entdecken, dass Ferengi
Als die Voyager auf einen Planeten mit einer Prä-Warp-Zivilisation trifft und dort die Energiesignatur eines Replikators aus dem Alpha-Quadranten registriert, geht er mit Tom Paris auf eine Außenmission um dies aufzuklären. Auf dem Planeten entdecken sie, dass zwei [[Ferengi]], [[Arridor]] und [[Kol (Ferengi)|Kol]], sich als Götter ausgeben und die Bewohner ihrem Willen unterwerfen. Da die Föderation Gastgeber der Konferenz war, versucht man die beiden Ferengi von dem Planeten zu entfernen. Er tauscht seine Stiefel bei einem Barden gegen die Rezitation der letzten Strophe des Liedes ein und erfährt so, dass die Weisen den Planeten verlassen werden. Dies versuchen sie zu nutzen, um die Ferengi vom Planeten entfernen zu können. Neelix und die Ferengi werden dabei jedoch auf einen Scheiterhaufen gestellt und sollen geopfert werden. In dieser Not verraten die Ferengi den Standort des Dämpfungsfeldgenerators, sodass Chakotay und Paris diesen deaktivieren können. Nachdem die Ferengi entkommen sind und ihr Shuttle entwenden, versucht er den Traktorstrahl einsatzbereit zu machen. Jedoch kann er nicht verhindern, dass die Ferengi in das Wurmloch fliegen und es dabei destabilisieren, sodass die ''Voyager'' ihnen nicht folgen kann. ({{VOY|Das Wurmloch}})
[[Datei:Torres berichtet Chakotay von ihrem aufregenden Traum.jpg|thumb|left|Torres berichtet Chakotay von ihrem aufregenden Traum.]]
Nachdem B'Elanna den Dienstbeginn verschläft und nicht über das Komsystem erreicht werden kann, weckt er sie persönlich. Auf dem Weg zum Maschinenraum weist er sie darauf hin, dass es schon das zweite Mal ist. B'Elanna gelobt Besserung und berichtet ihm von seltsam intensiven Träumen. Beim Empfang für die [[Enaraner]] unterhält er sich mit Neelix. Am nächsten Tag berichtet Torres ihm von ihrem Traum. Da es ihr so vorkommt, als würden die Träume eine zusammenhängende Geschichte entwickeln, will er mit Janeway sprechen. ({{VOY|Das Erinnern}})
[[Datei:Der Doktor erklärt Chakotay und Tuvok, dass für Janeway wohl keine Gefahr besteht.jpg|thumb|Der Doktor erklärt Chakotay, dass für Janeway wohl keine Gefahr besteht.]]
Als Kes durch ein Kraftfeld in einem [[Schrein]] der [[Nechani]] verletzt wird, will Janeway ihr helfen, indem sie ein Ritual durchläuft. Chakotay fragt sie daraufhin, was sie sich davon erwartet, da sie nie ein [[Religion|religiöser]] Mensch war. Sie berichtet, dass alle Rituale einen mentalen oder Ausdauertest beinhalten. Während Janeway das Ritual durchläuft ist Chakotay auf der Krankenstation und wird vom Doktor fortlaufend über Janeways physischen Zustand informiert. Er erwägt zeitweise Janeway hochzubeamen, jedoch meinen Tuvok und der Doktor, dass keine Gefahr besteht. Nachdem Janeway zurückgekehrt ist, kehrt er auf die Brücke zurück. Nachdem Janeway ihn kontaktiert, lässt er den Doktor Kes zum beamen vorbereiten. Anschließend beamt er mit ihr und Neelix herunter. Er und Neelix äußern ihre Bedenken, jedoch bringt Janeway Kes in das Kraftfeld, woraufhin sie geheilt wird. ({{VOY|Das Ritual}})
[[Datei:Starling erwischt Janeway.jpg|thumb|left|Starling erwischt Chakotay und Janeway.]]Als das Föderationszeitschiff ''[[Aeon|''Aeon]]'']] die ''Voyager'' zerstören will, lässt Chakotay Gegenmaßnahmen einleiten. Durch den Angriff strandet die ''Voyager ''bei der Erde des [[20. Jahrhundert]]s. Er begibt sich mit einem Außenteam auf den Planeten, um das Zeitschiff zu finden. Mit Janeway entdeckt er Captain Braxton von der ''Aeon''. Dieser beschimpft sie daraufhin, weil die Menschheit durch eine temporale Explosion vernichtet werden wird. Er informiert sie darüber, dass [[Henry Starling]] sein Zeitschiff gestohlen hat und beim Versuch ins [[29. Jahrhundert]] zu reisen die temporale Explosion auslösen wird, die zu Braxton Auftrag führt, die ''Voyager'' zu zerstören. Um diese Katastrophe zu verhindern, dringt er mit Janeway bei [[Chronowerx]] ein. Er entdeckt ein Kraftfeld, dass das Zeitschiff schützt. Allerdings werden sie von Starling und [[H. Dunbar]] gestellt. Eine Rettungsmission gelingt, Kim lässt sie an Bord der ''Voyager'' beamen. Dabei verhindert Chakotay durch das Werfen eines Stuhles, dass Dunbar auf Janeway schießt. Anschließend versucht man das Zeitschiff an Bord zu beamen. Jedoch nutzt Starling den Transporterstrahl als Zugangsweg um Daten aus dem Hauptcomputer der ''Voyager'' zu stehlen. Nachdem Torres die Verbindung getrennt hat, meldet Chakotay die Schäden. ({{VOY|Vor dem Ende der Zukunft, Teil I}})
[[Datei:Chakotay in der Gefangenschaft von Anarchisten.jpg|thumb|Chakotay in der Gefangenschaft von Anarchisten.]]
Bei einer anschließenden Besprechung der Führungsoffiziere, meldet er, dass Starling 20 % der Daten aus dem Hauptcomputer gestohlen hat. Er bemerkt, dass Starling, wenn er ins 29. Jahrhundert springt, das [[Raum-Zeit-Kontinuum]] sprengen wird. Da die Transporter ausgefallen sind, fliegt er mit Torres in einem Shuttle zur Erde um das Zeitschiff herauszubeamen. Während des Fluges unterhält er sich mit Torres. Falls sie hier stranden würden, würde er [[Archäologie]] lehren oder [[Ausgrabung]]en in Mittelamerika durchführen. Kurz darauf wird er von Paris informiert, dass Starling mit dem Doktor eingetroffen ist. Nachdem Starling in sein Auto einsteigt, versuchen er und Torres diesen herauszubeamen. Jedoch wird das Shuttle durch einen Störsender Starlings beschädigt und muss notlanden. Am Boden werden er und Torres von Anarchisten gefangen genommen. Diese halten sie für Regierungsagenten und die beiden können sie nicht vom Gegenteil überzeugen. Jedoch können Tuvok und der Doktor die Beiden befreien und neben den Entführern auch die FBI-Agenten betäuben, sodass alle auf die ''Voyager ''zurückkehren können. Chakotay fliegt daraufhin mit Tuvok in einem Shuttle los, um Paris und Robinson zu helfen, die Dunbars LKW verfolgen und von diesem beschossen werden. Mit den Bordphasern wird der LKW zerstört und Chakotay erkundigt sich nach dem Zustand der Beiden. Anschließend meldet er Janeway, dass sich das Zeitschiff nicht im LKW befand. Bald darauf registrieren die Sensoren der ''Voyager'' das Starten des Zeitschiffs. Chakotay kehrt daraufhin mit dem Außenteam an Bord zurück. Da Starling ein instabiles temporales Feld erzeugt, befiehlt er Paris auf einen [[Kollisionskurs]] zu gehen. Janeway kann die Torpedos gerade rechtzeitig scharf machen und Starlings Schiff zerstören. Die kurz darauf eintreffende ''Aeon'' bringt die ''Voyager'' anschließend ins 24. Jahrhundert zurück. ({{VOY|Vor dem Ende der Zukunft, Teil II}})
[[Datei:Janeway verhandelt und will Kes retten.jpg|thumb|left|Chakotay bei der Planung einer Rettungsaktion]]
Als die von [[Tieran]]s Geist besetzte Kes [[~/Person/VOY/3x10/10|einen Botschafter]] der [[Ilari]] erschießt, schickt er Tuvok in den Transporterraum. Kurz darauf wird er von Kim informiert, dass ein Shuttle gestohlen wird. Er lässt dieses mit einem Traktorstrahl erfassen, jedoch kann es trotzdem entkommen. Er lässt einen Verfolgungskurs setzen, jedoch kann Paris das Shuttle nicht lokalisieren. Daraufhin wird eine Konferenz der Führungsoffiziere mit [[Demmas]], dem ältesten Sohn des [[Autarch]]en abgehalten. Als Tieran sie ruft und ihnen offenbart, dass er ihren Plan vorhergesehen hat, fragt Chakotay, weshalb er sie warnt. Bei einer Befreiungsaktion kann er mit Demmas, Janeway und Neelix in die Regierungshalle eindringen. Kes kann von Tierans Geist befreit und seine Anhänger können überwältigt werden. ({{VOY|Der Kriegsherr}})
[[Datei: Chakotay und Paris kämpfen Q-Bürgerkrieg.jpg|thumb|Chakotay und Paris kämpfen im Bürgerkrieg]] Kurz darauf beobachtet man eine [[Supernova]]. Als der [[Stern]] explodiert applaudieren alle Offiziere auf der Brücke. Er wird bald darauf von Janeway informiert, dass Q in ihrem Quartier erschienen war und vermutlich wiederkommt. Er spricht nochmals mit Janeway und erfährt, dass er anfragte, ob er sich mit ihr paaren darf. Wenig später gerät das Schiff jedoch in die Schockwellen mehrerer Supernovä. Chakotay ruft den Captain daher auf die Brücke. Das Schiff gerät in die Schockwelle von drei Supernovä. Dabei wird Chakotay, wie auch andere Besatzungsmitglieder, leicht verletzt. Er befragt Q, weshalb es zu diesen Supernovas kommt. Sie berichtet, dass der Bürgerkrieg diese auslöst und auch ihre Kräfte beeinträchtigt. Chakotay schlägt vor, dass sie sich gegenseitig helfen. Sie fliegen in eine Supernova um ins Kontinuum zu gelangen. Dort befreien Chakotay, Tuvok und Paris mit den Nordstaaten-Q Q und Janeway. Nachdem ein Waffenstillstand ausgehandelt wurde, vereinigen sich Q und [[Q (weiblich)|Q]] und der Bürgerkrieg endet. Die Offiziere werden wieder auf die ''Voyager'' versetzt.({{VOY|Die "Q"-Krise}})
Als er vorübergehend das Kommando über das Schiff hat, empfängt man den Notruf einer Minenkolonie der [[Garaner]]. Man reagiert darauf und der Doktor entwickelt eine Behandlungsmethode. Nach der Rückkehr des Doktors, lobt er die Vorgehensweise des Doktors als beispielhaft. Jedoch befallen die Makroviren das Schiff und können auch durch eine Quarantäne nicht eingedämmt werden. Auch Chakotay wird von den Makroviren im Kasino gestochen und betäubt. Er kann jedoch mit dem Rest der Mannschaft von Captain Janeway gerettet werden. Anschließend meldet er Janeway die Schäden am Schiff, ehe er sich zum [[Ski]]fahren auf das Holodeck begibt. ({{VOY|Makrokosmos}})
Bei einer Außenmission mit Janeway, muss ihr Shuttle auf einem Planeten notlanden. Dabei wird Janeway schwer verletzt. Gemeinsam mit Tuvok und dem Doktor kann er sie jedoch retten. Nach der Rückkehr auf die ''Voyager'' feiern sie Ihre Rettung mit einer Flasche [[Champagner]] auf dem Holodeck. ({{VOY|Der Wille}})
[[Datei:Janeway und Chakotay entdecken einen toten Borg.jpg|thumb|left|Chakotay und Janeway entdecken einen toten Borg.]]
Während ein [[Außenteam]] auf einem Planeten [[Gallizit]] sucht, überwacht er die Mission von der Brücke aus. Nachdem Torres ein [[Pon Farr]] durchlebt und in die Höhlen des Planeten flieht, beamt er selbst hinunter und sucht sie mit Paris und Tuvok. Kurz nachdem sie Torres gefunden haben, werden sie von den [[Sakari]] gefangen genommen. Chakotay verhandelt mit den Sakari und gibt einem Sakari seine Waffe und einen Tricorder. Bei einem [[Erdbeben]], greift Torres einen Sikari an, der sie leicht berührt hatte. Daraufhin werden er und Tuvok von den Sakari verschleppt. Die Sakari befragen sie. Chakotay beteuert, dass sie in friedlicher Absicht gekommen sind, und erfährt, dass die Sakari versteckt unter der Erde leben, seit unbekannte Invasoren ihre Kolonie zerstörten. Schließlich entdecken er und Tuvok Paris und Torres und führen sie aus der Höhle. Dort erwartet sie Vorik, der mit Torres kämpft, um das Pon Farr aufzulösen. Anschließend kehren sie auf die ''Voyager ''zurück. Beim Entfernen der Ruinen, entdecken sie einen [[Skelett|skeletierten]] [[Borg]]. Darüber informiert Chakotay Janeway und die beiden schauen sich entgeistert an. ({{VOY|Pon Farr}})
[[Datei:Chakotay und Riley Frazier kommen sich näher.jpg|thumb|Chakotay kommt der Ex-Borg Riley Frazier näher.]]
Wenig später fliegt er mit [[Fähnrich]] [[Marie Kaplan]] zu einer [[Außenmission]]. Dabei empfangen sie ein Föderationssignal und gelangen zu einem Planeten. Das Signal stellt sich als Notruf heraus, welcher von einem Planeten stammt. Nachdem das Shuttle dort gelandet ist, treffen sie auf eine Gruppe von Männern, die sie angreifen. Kaplan wird getötet und Chakotay verletzt. Er wird jedoch von den Mitgliedern der Kooperative in ihr Versteck gebracht. Als er dort aufwacht, erwartet ihn [[Riley Frazier]]. Sie berichtet ihm, dass sie den Notruf aussandte und sein Shuttle von dem Angreifer bereits demontiert wurde. Er erfährt, dass auf dem Planeten viele verschiedene Spezies leben, die von Unbekannten hierher entführt wurden. Außerdem herrscht auf dem Planeten [[Anarchie]] und [[Chaos]]. Als er anbietet bei der Reparatur der Kommunikationsphalanx mitzuarbeiten, lehnt sie dies ab, da er dafür zu schwach sei. Einige Zeit später kommt er zu sich und es gelingt ihm die Tür zu öffnen. Draußen begegnet er einigen Außerirdischen, die an technischen Geräten arbeiten. Er erkennt, dass sie alle ehemalige Borg-Drohnen sind. Frazier offenbart ihm, dass sie Wissenschaftsoffizier an Bord der [[USS Roosevelt|USS'' Roosevelt'']] war, und bei[[ Wolf 359]] assimiliert wurde. Vor fünf Jahren wurde ihre Verbindung zum Kollektiv unterbrochen. Sie begaben sich hierher, um eine neue Gesellschaft aufzubauen. Jedoch entdeckten sie ihre alten Feinde und Kämpfe begannen. Sie betont, dass alles was sie über die Kooperative sagte, wahr ist. Er wird von [[Orum]] behandelt, jedoch meint er, dass nur eine Verbindung mit dem Kollektiv ihn heilen kann. Zunächst lehnt er es rundweg ab, jedoch überzeugt ihn Riley. In der Verbindung sieht er u.a. die Erinnerungen der Mitglieder an Angriffe der Borg und Rileys Großvater. Nach dem Ende der Verbindung nähert er sich Frazier an. Sie informieren Janeway über ihr Vorhaben. Janeway lehnt das Ansinnen letztlich ab. Als er mit Torres zur ''Voyager'' zurückfliegt, bringt ihn die Kooperative dazu, Torres zu betäuben und Kurs auf den Kubus zu setzen. Er beamt sich an Bord des Kubus und reaktiviert den [[Neuroelektrischer Generator|neuroelektrischen Generator]]. Anschließend trennt die Kooperative die Verbindung und schickt ihn auf die ''Voyager'' zurück. Dort wird er vom Doktor untersucht und spricht mit Janeway. Er fühlt sich nicht wohl, weil er meinte die Kooperative sei aufrichtig und nun haben sie ihre Macht genutzt, um ihren Willen durchzusetzen. ({{VOY|Die Kooperative}})
Daher sucht er mit Chakotay auf dem Planeten nach dem Doktor und Kes. Es gelingt ihnen sie aufzuspüren und zu stellen. ({{VOY|Charakterelemente}})
[[Datei:Chakotay bedient die taktische Konsole im Kampf gegen die Etanianer.jpg|thumb|left|Chakotay bedient die taktische Konsole im Kampf gegen die Etanianer.]]
Bei der Zerstörung eines [[Asteroid]]en, welcher die Heimatwelt der [[Nezu]] bedroht, durch die ''Voyager ''arbeitet er auf der Brücke. Als der Asteroid zerbricht, anstatt vaporisiert zu werden, erkundigt er sich nach dem Grund. Kim meldet, dass er keine Erklärung dafür hat und die Sensoren lediglich eine einfache [[Eisen]]-[[Nickel]]-Verbindung angezeigt hatten. Daraufhin lässt Chakotay Torres Proben der Bruchstücke des Asteroiden an Bord beamen und diese analysieren. Als Kim den Kontakt zum Shuttle von Tuvok und Neelix verliert, lässt er Kim die anderen Teams informieren. Er hilft Torres bei der Analyse des Asteroiden. Sie finden heraus, dass die Asteroiden künstlich gesteuert werden. Wenig später nähert sich ein [[Etanianer|etanianisches]] Raumschiff. Chakotay stellt fest, dass sie ihre Schilde so moduliert haben, dass sie als Asteroid erscheinen. Beim erfolgreichen Kampf mit dem Schiff, bedient er mit Tuvok die Taktische Station. ({{VOY|Die Asteroiden}})
[[Datei:Janeway befragt Kim, weil er eigenmächtig das Feuer eröffnet hat.jpg|thumb|Chakotay bei der Befragung von Kim.]]Wenig später lässt Chakotay Harry Kim die Position eines binären Sterns im Computer vermerken, da er ein guter Bezugspunkt für die Navigation in diesem Sektor ist. Man trifft auf die [[Nerada|''Nerada'']], ein Raumschiff der [[Nasari]]. Nachdem Kim dieses Raumschiff beschießt, übernimmt er die [[Operationsstation|Ops]]. Wenig später meldet er, dass der Antrieb ausgefallen ist. Nachdem der Angriff abgewehrt wird, fliegt das Schiff nach Taresia. Chakotay meldet, dass sich die Nasari-Schiffe immer weiter nähern. Jedoch werden die Nasari von einem [[Taresianisches Raumschiff|taresianischen Schiff]] vertrieben. Nachdem Kim auf dem Planeten zurückbleibt, verhandelt die ''Voyager'' mit den Nasari. Diese sind bereit sie ziehen zu lassen, wenn kein Taresianer an Bord ist. Anschließend kehrt man nach [[Taresia]] zurück. Jedoch werden sämtliche Kommunikationsversuche blockiert. Chakotay und Janeway werden vom Doktor informiert, dass die taresianische DNA nicht bei Kim angeboren ist. Sie erkennen, dass Kim bei einer Außenmission mit der DNA infiziert wurde und die Taresianer versuchen, ihn dazu zu veranlassen, auf dem Planeten zu bleiben. Nachdem die ''Voyager'' das taresianische Gitter durchdrungen hat, versucht er Kim zu orten. Es gelingt ihm Kim an Bord zu beamen. Da es zu einem Kampf zwischen Taresianern und Nasari kommt, kann die ''Voyager ''entkommen. ({{VOY|Die neue Identität}}) {{Alternative Zeitlinie|In einer [[Alternative Zeitlinie|alternativen Zeitlinie]] übernimmt Chakotay [[2373]] das Kommando über die ''Voyager'' und wird zu ihrem [[Captain]]. Als Kes das [[Morilogium]] durchläuft, sucht er sie auf der Krankenstation auf. Er ist erstaunt über das schnelle Fortschreiten des [[Morilogium]]s. Da der Doktor die Zustimmung der Familie hat, gestattet Chakotay Doktor van Gogh die Behandlung von Kes mit der [[Biotemporale Kammer|biotemporalen Kammer]] fortzusetzen. ({{VOY|Temporale Sprünge}})}} Als man Kontakt mit einer [[Raumstation]] der [[Vostigye]] aufnehmen will, muss man feststellen, dass diese zerstört wurde. Mit Kim analysiert er die Sensordaten. Darauf aufbauend, folgt man einer Subraumspur, die das Schiff zu einem [[Astralwirbel]] führt. Als dieser erscheint, lässt er Paris einen Blitzstart vorbereiten, um den Auswirkungen entkommen zu können. Nachdem sie einen Weg gefunden haben, um Paris an Bord zu holen, übernimmt er die [[Conn]] und der Plan kann erfolgreich realisiert werden. ({{VOY|Das wirkliche Leben}})
[[Datei:Abschied von Chakotay.jpg|thumb|left|Chakotay verabschiedet sich von Gegen.]]
Nachdem zwei getarnte Voth auf dem Schiff entdeckt werden, geht er mit einem Sicherheitsteam zu deren Standort, um sie festzunehmen. Er enttarnt die beiden Voth und wird von [[Tova Veer]] mit einer Kralle beschossen, die ihn betäubt. Daraufhin beamt sich [[Forra Gegen]] mit Chakotay weg. Gegen befragt Chakotay zu seiner Herkunft. Sie tauschen sich aus und erfahren mehr über die jeweils andere Spezies. Sie fliegen zum Stadtschiff, um sich gegen die Vorwürfe zu verteidigen. Chakotays und Gegens Argumente werden von der Vorsitzenden der Sitzung, [[Odala]], nicht anerkannt. Stattdessen lässt sie Tova Veer hereinkommen, der den Irrtum bestätigt. Daraufhin greift Gegen Odala direkt an und lässt sich auch von einem Zwischenruf Chakotays beeinflussen. Chakotay ergreift das Wort und meint, dass Odala auch starrsinnig ist. Er betont, dass ihr Volk unglaubliche Leistungen vollbracht hat. Odala lässt sich davon jedoch nicht beeindrucken. Sie verurteilt Gegen zum [[Exil]] und ordnet die Zerstörung der ''Voyager'' und die Internierung der Mannschaft an. Daraufhin widerruft Gegen seine Lehre und wird zur metallurgischen Analyse versetzt. Chakotay darf auf sein Schiff zurückkehren und ihr [[Territorium]] verlassen. Zum Abschied schenkt er Gegen noch eine Nachbildung der Erde, die dieser freudig annimmt. ({{VOY|Herkunft aus der Ferne}})
[[Datei:Tuvok baut eine Waffe.jpg|thumb|Tuvok und Chakotay bauen eine Waffe, um fliehen zu können.]]
Als immer mehr Besatzungsmitglieder verschwinden und stattdessen [[Nyrianer]] an Bord erscheinen, bespricht er die Situation mit Janeway und Torres. Sie internieren die Nyrianer in den Frachträumen und Shuttlerampen. Anschließend teilt er weitere Crewmitglieder der Sicherheit zu. Nachdem Janeway ebenfalls verschwindet, übernimmt er das Kommando und lässt Neelix den nyrianischen Astrophysiker [[Rislan]] in den Maschinenraum bringen, damit dieser hilft eine Erklärung zu finden. Er selbst übernimmt das Steuer und lässt die Sicherheitschefin [[Fähnrich]] [[Lang (Fähnrich)|Lang]] Kraftfelder um alle kritischen Systeme errichten. Als Gennaro bewusstlos gefunden wird, geht er in den Frachtraum und gibt Sicherheitsalarm. Er lässt die restliche Besatzung die Brücke und den Hauptmaschinenraum verteidigen. Chakotay selbst erkennt, dass die Nyrianer ihren Hauptcomputer angezapft haben. Er befiehlt allen Verbliebenen alle Systeme zu sabotieren. Er liefert sich dabei ein Feuergefecht mit drei Nyrianern. Es gelingt ihm den Warpkern abzuschalten, jedoch muss er feststellen, dass er allein auf dem Schiff ist. Er transferiert das Programm des Doktors in den mobilen Emitter und ergibt sich daraufhin zwei Nyrianern. In dem Habitat, wo er gefangen gesetzt wird, arbeitet er mit den anderen Besatzungsmitgliedern an einem Fluchtplan. Gemeinsam mit Neelix und Tuvok baut er improvisierte Waffen. So gelingt es letztlich die ''Voyager'' zurückzuerobern. ({{VOY|Translokalisation}})
[[Datei:Chakotay bei der Besprechung über Rebellion Alpha.jpg|thumb|left|Chakotay bei der Besprechung über ''Rebellion Alpha''.]]
Eine holografische Projektion von Chakotay ist Teil des Holoprogramms [[Rebellion Alpha]]. Darin [[Meuterei|meutert]] er und bringt die Voyager unter seine Kontrolle. Anschließend hält er eine Ansprache, um weitere Besatzungsmitglieder zum Überlaufen zu bewegen. Als Chakotay diesen Holoroman entdeckt, berichtet er darüber Janeway. Bei der nächsten Besprechung der Führungsoffiziere meldet er, dass er Roman [[47]] mal gespielt wurde. Als der Autor, Tuvok, mit Paris das Programm zu Ende schreiben möchte, aktiviert sich ein Programm von Seska, in dem diese die beiden jagt. Das Hologramm von Chakotay unterstützt sie dabei. Janeway versucht das Chakotay-Hologramm umzuprogrammieren, weshalb das Seska-Hologramm ihn erschießt. Nachdem Tuvok und Paris von Janeway gerettet werden können, stößt der reale Chakotay mit den Führungsoffizieren im Kasino an. ({{VOY|Rebellion Alpha}})
[[Datei:Offiziere der Voyager erfahren von der Niederlage der Borg.jpg|thumb|Chakotay stimmt trotz Bedenken einer Kontaktaufnahme mit den Borg zu.]]Als eine Langstreckensonde der ''Voyager '' von den Borg assimiliert wird, meldet er es Janeway. Bei der anschließenden Besprechung der FÜhrungsoffizierieFührungsoffizierie, informiert Janeway die Offiziere, dass sie eine Zone entdeckt haben, die frei von Borgaktivität ist, die [[Nordwest-Passage]]. Chakotay zeigt die dazugehörigen Sternenkarte auf einem Monitor. Anschließend arbeitet er mit Kim an einer Verbesserung der Notkraftfelder für den Fall einer Enterung. Nachdem eine Borg-Aramada die Voyager ignoriert, überlässt sie Chakotay das Kommando auf der Brücke. Als die Borg-Schiffe von den Sensoren verschwinden, entdeckt man ein Trümmerfeld und ein fremdes Schiff. Chakotay soll mit einem Außenteam dieses Schiff untersuchen. Sie entdecken, dass das Schiff aus organischer Materie besteht. Wenig später wird Kim durch ein Mitglied von [[Spezies 8472]] verletzt. Sie können jedoch zurückgebeamt werden. Die Führungsoffiziere stimmen einer Kontaktaufnahme mit den Borg weitestgehend zu schließen und machen sich an die Vorbereitungen. Nachdem die anderen gegangen sind, spricht Chakotay mit ihr. Er hält dieses Vorhaben für einen Fehler. Während Janeway auf einem Borg-Kubus verhandelt, greift plötzlich ein Schiff von Spezies 8472 an. Es zerstört mit weiteren Schiffen den Planeten. Daraufhin flieht der Kubus, der die ''Voyager'' mit dem Traktorstrahl ins Schlepp nimmt. ({{VOY|Skorpion, Teil I}})
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[[Datei:Kampf zwischen Janeway und Chakotay.jpg|thumb|Chakotay und Janeway erkennen, dass sie den Kampf gegeneinander beenden müssen.]]
Chakotay befiehlt daraufhin Janeway zurückzubeamen. Jedoch wird dies von den Borg unterbunden und Janeway berichtet über Subraumkommunikation, dass sie eine Übereinkunft mit den Borg getroffen hat. Chakotay akzeptiert diese Übereinkunft, obwohl er gewisse Zweifel hat. Der Doktor informiert ihn bald darauf, dass er die Nanosonden der Borg so modifiziert hat, dass sie das fremde Gewebe zerstören. Auf diese Weise kann Harry Kim gerettet werden. Als Spezies 8472 wenig später versucht in Kes' Gehirn einzudringen, informiert er Janeway darüber. Der Borg-Kubus opfert sich, um das fremde Schiff zu zerstören. Einige Borg, Janeway und Tuvok werden in den Frachtraum 2 gebeamt. Chakotay befiehlt daraufhin ein Sicherheitsteam dorthin. Er veranlasst Janeways Behandlung und verhandelt mit den Borg. Anschließend spricht er mit den Führungsoffizieren. Er lehnt die von Seven of Nine geforderte Kursänderung auf einen Kubus ab. Daraufhin unterbricht er die Verbindung. Als die Borg versuchen in die Navigationskontrolle eizudringen, lässt er die Athmosphöre aus der Frachtraum ablassen. Jedoch wird die ''Voyager'' in den fluiden Raum entführt. Chakotay erkennt, dass die Borg schon einmal hier waren und scheiterten. Man kommt überein, dass sie Spezies 8472 besiegen müssen. Wenig später informiert er Janeway über die neuesten Vorkommnisse. Als Seven of Nine versucht die Kontrolle über das Schiff zu übernehmen, stellt Chakotay mihilfe eines Transeivers eine Verbindung zu ihr her. Er versucht sie zu überzeugen, dass sie sich für ihre menschliche Seite entscheiden soll. Als Torres einen Energiestoß auslöst, um die Verbindung zum Kollektiv zu trennen, wird auch Chakotay leicht verletzt. Anschließend meldet er Janeway die Schäden und die beiden sprechen sich aus. ({{VOY|Skorpion, Teil II}})
Wenig später spricht er mit Seven of Nine, die ihn um eine Dienstzuweisung bittet. Daraufhin spricht er mit Torres darüber und befiehlt ihr letztlich Seven im Maschinenraum einzusetzen. Er ist auch auf der Brücke anwesend, als die [[Caatati]] um Hilfe bitten. Bei einer Besprechung mit deren Anführer [[Rahmin]], meint er, dass ihre Vorräte begrenzt sind, und sie nicht ihr gesamtes Volk versorgen können. Nachdem Paris und Torres bei einer Bergungsaktion vermisst werden, informiert er den Captain, dass sie eine Subraumträgerwelle empfangen haben. ({{VOY|Tag der Ehre}})
[[Datei:Chakotay wird im Kampf geschult.JPG|thumb|left|Die Vori bringen Chakotay dazu für sie zu kämpfen.]]
Bei einer Außenmission wird sein Shuttle über dem Planeten von den [[Vori]] abgeschossen und Chakotay gefangen genommen. Die Vori unterziehen ihn einer Gehirnwäsche in einer Simulation. In dieser wird er in ein Lager gebracht und dort vom Teamführer [[Brone]] freigelassen. Er schließt sich den Vori an, um die ''Voyager'' kontaktieren zu können. Dort erhält er auch Nahrung und erfährt von [[Rafin]] und [[Namon]], dass die Kradin ein Gegner sind, der keine Gnade kennt. Am nächsten Tag geht er mit Namon in den Wald, wobei dieser in einem Gefecht getötet wird. Dies bringt Chakotay dazu, mit den Vori zu kämpfen. Rafin lehrt ihn eine Vori-Waffe abzufeuern und Chakotay marschiert mit den Vori durch die Wälder. Als Rafin in seinem ersten Gefecht fällt, bestärkt dies Chakotay darin, in den Reihen der Vori zu kämpfen. Leicht verletzt gelangt er in ein Dorf der Vori. Dort werden seine Wunden versorgt und er freundlich umsorgt. Kurz nachdem er wieder aufbricht, wird er Zeuge, wie das Dorf von den Kradin angegriffen wird. Er selbst wird gefangen genommen und weggebracht. Nach einem Verhör, bringen sie ihn zu den anderen Vori. Er wird von Rafin befreit und kämpft in Reihen der Vori gegen die [[Kradin]]. Als er einem kradin gegenübersteht, stellt sich dieser als Tuvok vor. Er fordert ihn auf genau hinzusehen und Chakotay erkennt Tuvok wieder. Er berichtet ihm, dass nichts von dem Erlebten real war. Chakotay glaubt Tuvok und senkt seine Waffe. Tuvok zeigt ihm den Beginn der Simulation, was ihn endgültig überzeugt. Auf der ''Voyager'' wird er vom Doktor untersucht, der ihm erklärt, dass er alles geglaubt hätte, sogar, dass seine Mutter ein Kohlrabi war. Janeway berichtet ihm, dass die Kradin den Vori dieselben Grausamkeiten vorwerfen. Als Neelix Botschafter [[Treen]] zu Chakotay bringt, bedauert dieser, dass es ihnen nicht gelang ihn früher aus den Händen ihrer Nemesis zu befreien. Daraufhin verlässt Chakotay die Krankenstation. ({{VOY|Nemesis}})