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Kurz darauf durchfliegt die ''Voyager'' einen [[J-Klasse-Nebel]], um dort ihre Deuteriumvorräte aufzufüllen. Jedoch gelangt dabei eine [[elektromagnetische Lebensform]] an Bord des Schiffes. Da die Lebensform in den Nebel zurück will übernimmt sie die Kontrolle über die Systeme der ''Voyager''. Chakotay meldet dem Captain die dadurch entstandenen Schäden. Wenig später häufen sich seltsame Vorfälle und Chakotay befiehlt, eine Diagnose der Schiffssysteme zu machen. Weil der Maschinenraum nicht antwortet, begibt sich Chakotay dorthin. Auf dem Weg, stürzt er mit dem Turbolift ab, ehe sich dieser wieder fängt. Sobald er den Maschinenraum erreicht, informiert ihn Torres, dass die Fehlfunktionen von einer Reihe von defekten Gelpacks verursacht werden. Gemeinsam untersuchen sie die Gelpacks und stellen fest, dass sie noch intakt sind. Auf dem Rückweg zum Maschinenraum, treffen sie auf Neelix und einige Verletzte, die sie zur Krankenstation eskortieren. Nachdem man erkennt, dass die Fehlfunktionen von einer Lebensform ausgelöst werden, vermutet Chakotay den Angriff einer feindlichen Spezies. Jedoch versucht Janeway mit der Lebensform zu kommunizieren. Wenig später deaktiviert die Lebensform die Lebenserhaltung und Chakotay verlässt mit der restlichen Besatzung das Schiff, während Captain Janeway an Bord bleibt. Nachdem Janeway eine Übereinkunft mit der fremden Lebensform getroffen hat, bleibt diese in einer Sektion auf Deck 12 und die Crew kann aufs Schiff zurückkehren. ({{VOY|Der Spuk auf Deck Zwölf}})
Während eines Landurlaubs auf Norcadia Prime besucht er mit B'Elanna Torres die Tsunkatsekämpfe und ist von der Kampftechnik begeistert. Als Janeway zu einer Außenmission nach Tendari aufbricht, hat er das Kommando auf dem Schiff, reicht es jedoch an Torres weiter, um die Tsunkatsekämpfe sehen zu können. ({{VOY|Tsunkatse}})
Auf einer weiteren Außenmission mit Paris, Kim und Neelix, verbringt das Außenteam die Zeit des Rückflugs mit einem Pokerspiel. Bevor sie dieses beenden können, entdecken sie jedoch einen Borg-Kubus, der sie angreift. Nach einem kurzen Kampf, werden sie mit einem Traktorstrahl in den Kubus gezogen. Chakotay erwacht mit Paris und Neelix einer Assimilationskammer. Als sie dort einen Mann entdecken, der durch eine misslungene Assimilation starb, ist Chakotay erleichtert, dass es niemand ist, den sie kennen. Als Seven of Nine auf den Kubus kommt, trifft er sich mit ihr und teilt ihr insgeheim mit, dass Harry Kim noch frei ist. Später kann er durch die ''Voyager'' befreit und zurückgebeamt werden. ({{VOY|Das Kollektiv}})