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Kurz darauf durchfliegt die ''Voyager'' einen [[J-Klasse-Nebel]], um dort ihre Deuteriumvorräte aufzufüllen. Jedoch gelangt dabei eine [[elektromagnetische Lebensform]] an Bord des Schiffes. Da die Lebensform in den Nebel zurück will übernimmt sie die Kontrolle über die Systeme der ''Voyager''. Chakotay meldet dem Captain die dadurch entstandenen Schäden. Wenig später häufen sich seltsame Vorfälle und Chakotay befiehlt, eine Diagnose der Schiffssysteme zu machen. Weil der Maschinenraum nicht antwortet, begibt sich Chakotay dorthin. Auf dem Weg, stürzt er mit dem Turbolift ab, ehe sich dieser wieder fängt. Sobald er den Maschinenraum erreicht, informiert ihn Torres, dass die Fehlfunktionen von einer Reihe von defekten Gelpacks verursacht werden. Gemeinsam untersuchen sie die Gelpacks und stellen fest, dass sie noch intakt sind. Auf dem Rückweg zum Maschinenraum, treffen sie auf Neelix und einige Verletzte, die sie zur Krankenstation eskortieren. Nachdem man erkennt, dass die Fehlfunktionen von einer Lebensform ausgelöst werden, vermutet Chakotay den Angriff einer feindlichen Spezies. Jedoch versucht Janeway mit der Lebensform zu kommunizieren. Wenig später deaktiviert die Lebensform die Lebenserhaltung und Chakotay verlässt mit der restlichen Besatzung das Schiff, während Captain Janeway an Bord bleibt. Nachdem Janeway eine Übereinkunft mit der fremden Lebensform getroffen hat, bleibt diese in einer Sektion auf Deck 12 und die Crew kann aufs Schiff zurückkehren. ({{VOY|Der Spuk auf Deck Zwölf}})
Während eines Landurlaubs auf [[Norcadia Prime ]] besucht er mit B'Elanna Torres die Tsunkatsekämpfe und ist von der Kampftechnik begeistert. Als Janeway zu einer Außenmission nach Tendari aufbricht, hat er das Kommando auf dem Schiff, reicht es jedoch an Torres weiter, um die Tsunkatsekämpfe sehen zu können. Später unterhält er sich mit Kim, Paris und Torres über diesen Sport. Anschließend teilt er Torres mit, dass er die Dienstpläne umgestellt aht und sie die Brücke hat, während Chakotay anthropologische Studien über das kulturelle Phänomen Tsunkatse durchführt. Mit Neelix, Paris und Kim besucht er einen Kampf und ist entsetzt, als sie feststellen, dass Seven of Nine gezwungen wird, in der Arena zu kämpfen. Er kontaktiert daraufhin Torres und befiehlt Seven aus der Arena zu beamen. Jedoch kann Torres kein Lebenszeichen erfassen, da der Kampf nur übertragen wird. Chakotay lässt das Außenteam daraufhin zurückbeamen und informiert Janeway. Man beginnt eine Suchoperation und Neelix versucht über diplomatische Kanäle an Informationen zu gelangen. Nach seiner Rückkehr muss er jedoch Chakotay berichten, dass von offizieller Seite keine Hilfe zu erwarten ist. Nachdem es Torres gelingt, den Ursprung der Übertragung auf einem Schiff zu lokalisieren, lässt er eine Nachricht an den Captain schicken und einen Abfangkurs setzen. Als Penk sich weigert Tuvok und Seven of Nine zu übergeben, befiehlt Chakotay den Angriff. Nachdem Tuvok, Seven of Nine und auch ein Hirogen befreit werden können, werden sie auf der Krankenstation behandelt. Dort informiert Chakotay den Hirogen, dass sie einen Jagdtrupp seines Volkes lokalisiert haben, der einem Rendezvous zugestimmt hat. Dafür bedankt sich der Hirogen. ({{VOY|Tsunkatse}})
Auf einer weiteren Außenmission mit Paris, Kim und Neelix, verbringt das Außenteam die Zeit des Rückflugs mit einem Pokerspiel. Bevor sie dieses beenden können, entdecken sie jedoch einen Borg-Kubus, der sie angreift. Nach einem kurzen Kampf, werden sie mit einem Traktorstrahl in den Kubus gezogen. Chakotay erwacht mit Paris und Neelix einer Assimilationskammer. Als sie dort einen Mann entdecken, der durch eine misslungene Assimilation starb, ist Chakotay erleichtert, dass es niemand ist, den sie kennen. Als Seven of Nine auf den Kubus kommt, trifft er sich mit ihr und teilt ihr insgeheim mit, dass Harry Kim noch frei ist. Später kann er durch die ''Voyager'' befreit und zurückgebeamt werden. ({{VOY|Das Kollektiv}})
Als die auf dem Holodeck in der [[Paris 042|Fair-Haven-Simulation]] Fehlfunktionen fortbestehen, begeben sich Kim und Paris auf das Holodeck, um dort die notwendigen Änderungen manuell vorzunehmen.
Gleichzeitig spricht Janeway mit Chakotay über ihr Problem, dass sie
Sullivan nicht die Wahrheit sagen kann, dass dieser ein Hologramm ist. Chakotay meint dazu, dass sie dann wohl kreativ werden muss. Beim Versuch das Programm zu deaktivieren, werden Kim und Paris von den Hologrammen gefangen genommen. Durch Gewehrfeuer in die primären Kontrollen, gibt es außerdem Fehlfunktionen, was Chakotay Janeway meldet. ({{VOY|Das Geistervolk}})
