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Wenig später kehrt Captain Janeway scheinbar von einer Außenmission zurück und bittet Chakotay zu einem Gespräch in ihren Raum. Sie berichtet ihm, dass sie von einer Spezies namens [[R'Kaal]] angegriffen wurden, die ein riesiges Gebiet kontrolliert und von ihnen verlangt, ihr Schiff zu übergeben und sich auf einem Planeten anzusiedeln. Die Crew will sie aber vorerst nicht darüber informieren. Wenig später wird er von Torres kontaktiert, die ihm berichtet, dass Janeway ihr befohlen habe, den ''Delta Flye''r so zu modifizieren, dass er einen Warpkern mit dem Traktorstrahl zu erfassen. Als er den Captain darauf anspricht, reagiert sie geistesabwesend und führt scheinbar Selbstgespräche. Chakotays Nachfragen weicht sie aus, behauptet, sie habe Kopfschmerzen und begibt sich in ihr Quartier. Chakotay begibt sich auf die Krankenstation und kontaktiert den Doktor, als er ihn dort nicht antrifft, über den Kommunikator. Das MHN beamt sich daraufhin auf die Krankenstation und rechtfertigt diese Methode, da er sich ja sofort melden sollte. Chakotay befiehlt dem Doktor den Captain nochmals zu untersuchen, was dieser auch vorgibt, tun zu wollen. Inzwischen lässt er Seven of Nine nach einer Flotte getarnter Schiffe scannen, welche diese nicht entdeckt. Jedoch meint sie, dass diese Flotte starke Subraumverzerrungen erzeugen müsste, was Chakotays Misstrauen erweckt. Wenig später stellt Kim eine Subraumnachricht durch, in der der Oberste Archon der R'Kaal die Übergabe des Warpkerns innerhalb von zehn Stunden verlangt. Chakotay weist Seven und Kim an, ihre Untersuchungen fortzusetzen. Er selbst sucht inzwischen den Doktor auf, der ihm berichtet, mit dem Captain sei alles in Ordnung. Anschließend geht er zu Janeways Quartier, wo der Captain just in dem Moment um die Ecke kommt und ihn in ihr Quartier bittet. Als er ihr von einer Außenmission auf [[Lessek Prime]] vor 15 Jahren berichtet, kann er sie enttarnen, weil er diese erfunden hat. Er will Tuvok zu Hilfe rufen, doch Janeway betäubt ihn mit einem Hypospray. Nachdem der Doktor den Warpkern des Schiffs entwendet und mit dem ''Delta Flyer'' flieht, wird Chakotay von Paris und einem Crewman entdeckt und aufgeweckt. Tuvok informiert ihn über ihre Situation. Letztlich gelingt es der Crew Janeway und den Doktor, die auf einem Raumschiff der Hierarchie festgehalten werden, zu befreien und den Warpkern zurückzuholen. ({{VOY|Renaissancemensch}})
2378 kommen sich [[Seven of Nine]] und Chakotay näher und veranstalten ein [[Picknick]] im Frachtraum. Im selben Jahr Wenig später trifft man auf eine Subraumanomalie, aus der ein Föderationsshuttle mit einem Admiral Kathryn Janeway aus der Zukunft austritt und ihnen die Möglichkeit zur Rückkehr in den Alpha-Quadranten offeriert. ({{VOY|Endspiel, Teil I}}) Chakotay empfängt mit dem Captain und Tuvok den Admiral im Transporterraum. Anschließend wird er mit Tuvok vom Admiral in die Bedienung der Technologie der Transphasentorpedos sowie der ablativen Panzerung informiert. Während der Vorbereitungen, sucht er auch Seven of Nine in der Astrometrie auf und bietet ihr an, sie vom Dienst zu befreien. Dies lehnt Seven jedoch ab. Außerdem besprechen sie Zukunftspläne. Genaues wissen sie nicht, aber Chakotay will immer in Transporterreichweite zu Seven sein. Nachdem der Admiral Seven berichtet, dass ihre Liebe Chakotay nach ihrem Tod Schmerzen bereiten wird, will Seven die Beziehung beenden. Doch Chakotay macht ihr klar, dass die Zukunft ungewiss ist, ihre Gefühle füreinander aber nicht. Daraufhin legen sie die Stirn aneinander und versöhnen sich. Wenig später kehren Chakotay und die ''Voyager'' mithilfe eines [[Transwarpzentrum]]s der [[Borg]] zurück in den Alpha-Quadranten. Zeitgleich gebiehrt B'Elanna Torres ihre Tochter Miral. Daher begibt sich Tom Paris auf die Krankenstation und Chakotay übernimmt das Steuer und fliegt die ''Voyager'' zur Erde. ({{VOY|Endspiel, Teil III|Endspiel, Teil II}})
{{alt|In einer alternativen Zeitlinie [[Ehe|heiraten]] Chakotay und Seven of Nine auf der ''Voyager''. Nach ihrem Tod bei einer [[Außenmission]] ist er jedoch nicht mehr derselbe. In derselben Zeitlinie stirbt Chakotay [[2390er|2394]]. ({{VOY|Endspiel, Teil I|Endspiel, Teil II}})}}
