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Nachdem die USS Voyager bei einem Angriff der Kazon schwere Schäden erleidet und drei Besatzungsmitglieder getötet werden, schlägt er dem Captain vor, Verhandlungen mit den Kazon aufzunehmen. Er meint, dass sie es sich nicht leisten können, so weiterzumachen wie bisher. Wenig später hält er die Trauerrede für Kurt Bendera. Anschließend spricht er mit Janeway über eine mögliche Allianz mit den Kazon. Bei einer anschließenden Besprechung der Führungsoffiziere, ist er vom Vorschlag mit den Nistrim und Seska zu verhandeln, nicht begeistert. Daher übernimmt Janeway es selbst, Seska zu kontakten. Nachdem diese Verhandlungen vorerst scheitern und Neelix Kontakt zu den [[Trabe]] herstellt. Mit diesen, schließen sie eine Allianz, was die Kazon zu Verhandlungen auf Sobras bewegt. Während dieser Verhandlungen hat er das Kommando auf der ''Voyager'' und überwacht die Kazon-Schiffe sowie die Oberfläche des Planeten. Als ein Anschlag auf die Konferenz verübt wird, lässt er das Außenteam hochbeamen und die ''Voyager'' verlässt den Planeten schnellstmöglich. ({{VOY|Allianzen}})
Als Paris, Kim und Torres die Entwicklung eines Warp-10-Antriebs gelingt, beglückwünscht er die drei. Beim Testflug von Paris arbeitet er auf der Brücke. Nachdem Tom Paris in eine andere Spezies transformiert wird und Janeway entführt, hat Chakotay das Kommando auf der Brücke und dirigiert Tuvoks Sicherheitsteam zur Shuttlerampe. Anschließend lässt er das Shuttle verfolgen. Nachdem dieses aufgespürt wurde, informiert ihn der Doktor über die medizinischen Hintergründe von Paris' Transformation. Wenig später leitet er das Außenteam, dass die beiden aufs Schiff zurückbringt. Dort entdecken sie auch, dass es drei Nachkommen der transformierten Janeway und Paris gibt. Daraufhin fragt er Tuvok rhetorisch, dass er nicht weiß, wie er das in das Logbuch eintragen soll. ({{VOY|Die Schwelle}})
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