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Als Paris, Kim und Torres die Entwicklung eines Warp-10-Antriebs gelingt, beglückwünscht er die drei. Beim Testflug von Paris arbeitet er auf der Brücke. Nachdem Tom Paris in eine andere Spezies transformiert wird und Janeway entführt, hat Chakotay das Kommando auf der Brücke und dirigiert Tuvoks Sicherheitsteam zur Shuttlerampe. Anschließend lässt er das Shuttle verfolgen. Nachdem dieses aufgespürt wurde, informiert ihn der Doktor über die medizinischen Hintergründe von Paris' Transformation. Wenig später leitet er das Außenteam, dass die beiden aufs Schiff zurückbringt. Dort entdecken sie auch, dass es drei Nachkommen der transformierten Janeway und Paris gibt. Daraufhin fragt er Tuvok rhetorisch, dass er nicht weiß, wie er das in das Logbuch eintragen soll. ({{VOY|Die Schwelle}})
Nachdem [[Frank Darwin]] ermordet wird, bespricht er mit Tuvok und Janeway das weitere Vorgehen. Als Torres sie informiert, dass [[Lon Suder]] zum Tatzeitpunkt der einzige im Maschinenraum war, kommt ihm der Verdacht, dass dieser der Täter sein könnte. Suder war seiner Meinung nach, beim Maquis zu gründlich beim Töten von Cardassianern. Als der an den Folgen einer Gedankenverschmelzung mit Lon Suder leidende Tuvok, diesen angreift und zu einer Gedankenverschmelzung zwingt, wird der Vulkanier bewusstlos. Suder ruft daraufhin Chakotay zu Hilfe. ({{VOY|Gewalt}})
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