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Sisko verabschiedet Kira, die wegen einer Unklarheit über ihre Vergangenheit nach Bajor reist. Er bittenbittet sie, sie auf sich aufzupassen, da er sie hier brauche. Wenig später bekommt er eine Nachricht von Bajor, da dass Kira zu nicht an einem vereinbarten Treffpunkt erschienen war. Sisko macht sich auf die Suche und sie finden einige Zeugen, die Kira auf Bajor gesehen haben. Sisko erhält kurz darauf über Garak die Nachricht, dass Kira auf Cardassia ist. Sisko zwingt Garak mit nach Cardassia zu fliegen und sie befreien Kira aus den Händen des Obsidianischen Ordens. ({{DS9|Die zweite Haut}})

Eines Tages wird ein Säugling in einem Schiffswrack gefunden, das Quark gekauft hat. Mit erstaunlicher Geschwindigkeit wächst der Säugling heran und es stellt sich schnelle schnell heraus, dass er ein Jem'Hadar ist. Sisko will ihn der Sternenflotte übergeben. Doch Odo bittet ihn inständig, dass er sich um den jungen Mann kümmern darf. Sisko gesteht es ihm zu. Doch nach kurzer Zeit will ihn die Sternenflotte doch untersuchen. Der Jem'Hadar stellt klar, dass er das nicht mit sich machen lässt. Er zwingt Sisko, ihm und Odo ein Shuttle zu geben um damit in den Gamma-Quadranten fliegen zu können. Sisko macht sich zwar Sorgen um Odo, gibt ihnen aber schließlich ein Shuttle, da Odo überzeugt ist, dass ihm nichts passieren wird. ({{DS9|Der Ausgesetzte}})

Einige Zeit später besucht Sisko seinen Sohn Jake bei der Arbeit mit Miles O'Brien. Er kommmt gerade dazu, als Jake ein Problem mit der letzen letzten Datei hat. als Als der Chief die Datei sichern will, um sie am nächsten Tag zu bearbeiten, lösen sie das [[Antirebellionsprogramm]] von Gul Dukat aus. Die Türen in der [[Erzverarbeitung]] schließen sich. Mittel Mittels einer aufgezeichneten Botschaft fordert Dukat die Rebellen auf sich zu ergeben. Sisko spielt mit um [[Zeit]] zu gewinnen. Da jedoch der Bestätigungscode unbekannt ist , läuft das Programm weiter. Im letzen letzten Moment gelingt es den Dreien dreien aus dem Raum zu entkommen , der mit [[Neurozingas]] gefüllt wird. Doch nun sitzen sie weiter oben fest. Erst nach einiger Zeit gelingt es ihnen die Tür zu sprengen. Doch auf den Weg zur OPS werden sie von Kraftfeldern aufgehalten. Als es der OPS gelingt , die Kommunikation wieder herzustellen wiederherzustellen, erfährt Sisko, dass die Station kurz vor der [[Selbstzerstörung]] steht. Im letzen Moment gelingt es ihm die Energie der Selbstzerstörung in die [[Deflektorschild]]e umzuleiten. ({{DS9|In der Falle}})

Unvermittelt bittet Nog eines Tages , Commander Sisko sprechen zu dürfen. Er legt ihm einige Streifen Latinum auf den Tisch und erzählt ihm, dass er gestern die [[Ferengi-Errungenschaftszeremonie]] vollendet hat. Und nun muss er eine passende [[Lehrstelle]] suchen. Er erzählt, dass er Commander Sisko ausgewählt habe und zur Sternenflotte gehen will. Dann möchte er wissen, woher er die Uniform bekommen könne. Sisko erklärt ihm, dass er zuerst zur Akademie gehen muss und das nicht so einfach ist, da er die Empfehlung eines hochrangigen Offiziers brauche. Nog will wissen, ob er diese von Sisko erhalten könnenkönnte. Sisko will es sich überlegen. Er spricht mit Jake darüber, diese dieser geht anschließend zu Nog in die Bar und gratuliert Nog zu diesem großartigen [[Scherz]]. Nog ist wütend und befiehlt, dass Jake sofort zu seinem Vater geht und erklärt, dass er sich getäuscht hat, er, Nog, wolle unbedingt zur Sternenflotte. Sisko ist immer noch unsicher. Er lässt Nog die [[Inventur]] von [[Frachtrampe 12]] machen. Jadzia betätigt ihm, dass Nog gut , schnell und gründlich gearbeitet hat. Sie ist aber selber erstaunt über den Wunsch von Nog.[[Datei:Sisko_greift_Nog.jpg|thumb|Sisko will den Grund wissen]] Sisko ist aber immer noch nicht überzeugt, er will von Nog unbedingt wissen, warum er zur Sternenflotte will. Zuerst will er es nicht sagen, doch als Sisko ihn unter Druck setzt, da bricht es auch ihm heraus. Er sei ein Ferengi, wie sein Vater einer ist, ohne gute Ohren für das Geschäft aber mit geschickten Händen. Diese Hände will er einsetzen, denn ein Ferengi ohne gute Ohren für das Geschäft ist kein guter Ferengi und Profit ist ihm nicht so wichtig. Er ist sich sicher , dass er der Sternenflotte etwas anbieten kann. Sisko verspricht ihm , das Scheiben an die Sternenflotte bereits am nächsten Tag abzuschicken. Nog umarmt ihn, doch Sisko meint , er solle sich nicht zu früh freuen, denn es komme viel Arbeit auf ihn zu. ({{DS9|Herz aus Stein}})

Da der [[Vertrag]] mit den [[Romulaner]]n, bezüglich der [[Tarnvorrichtung]]n eine Informationsweitergabe vorsieht, muss sich Sisko mit einigen Romulanern treffen. Diese wollen alle Informationen und auch mit jedem auf der Station sprechen. Doch nicht nur die Romulaner machen Schwierigkeiten. Chief O'Brien ist reist aufgrund eines Strahlenunfalls immer wieder in die Vergangenheit. Er sieht sowohl seine seinen eigenen Tod, als auch die Zerstörung der Station. Er weiß, aber nicht , warum es dazu kam. Sisko setzt alle Mittel ein, die dies herauszufinden. Als sie den Grund finden - einen getarnten [[Warbird]], der die Station und das Wurmloch zerstören soll - konfrontiert Sisko die Romulaner damit. Diese streiten zuerst alles ab, verlassen aber dann schnell die Station.({{DS9|Der Visionär}})

Während der [[Zhian'tara]] von Dax verkörpert Sisko [[Joran Dax]]. Als sein Geist in Siskos Körper übertragen warist, versucht er den direkt Kontakt mir mit Jadzia zu erzwingen. Er setzt den Körper von Sisko dem Kraftfeld aus, das sie zu zur Sicherheit trennt. Jadzia bittet Sisko wieder die Kontrolle zu übernehmen, dies scheint zu gelingen, doch als Jadzia das Kraftfeld ausschaltet , ist es doch immer noch Joran. Er ist Erst im zweiten Anlauf dringt Sisko durch, aber erst , nachdem ihn Jadzia niedergeschlagen hat. Sisko überzeugt Jadzia auch, die Zhian'tara fortzusetzen, als diese – abgeschreckt von der Situation mit Joran - aufhören will. Als später Curzon Dax in Odo transferiert ist und dort bleiben will, ermuntert Sisko Jadzia ihn zur Rede zu stellen und seine Erinnerungen zurückzufordern. ({{DS9|Facetten}})