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Nachdem die Suliban das Schiff geentert und übernommen haben, wird Doktor Phlox wie alle anderen Crewmitglieder in sein Quartier gesperrt. Dort bereitet er zwei Hyposprays vor, die er Ensign Sato mitgibt. Am Ende ist er zusammen mit den anderen Führungsoffizieren auf der Brücke zugegen, als die Enterprise [[Admiral]] [[Maximilian Forrest|Forrest]] und [[Soval]] kontaktiert. ({{ENT|Die Schockwelle, Teil II}})
Als die ''Enterprise'' ein schwarzes Loch passiert, beginnt die gesamte Crew, außer T'Pol sich seltsam zu verhalten. Die Crew kümmert sich nur noch um belanglose Dinge. So will Phlox, als Travis Mayweather ihn mit leichten Kopfschmerzen aufsucht, eine intensive Untersuchung des Ensigns vornehmen. Als es dem Steuermann schließlich zu viel wird, und er in sein Quartier gehen will, um sich zu duschen und umzuziehen, bevor sein Dienst beginnt, hält Phlox ihn zurück und betäubt Mayweather schließlich, um seine Untersuchung fortzusetzen. Als er gerade mit einer Operation beginnen will, um die ersten zwölf Millimeter von Maywathers Scheitellappen zu extrahieren, betritt T'Pol die Krankenstation und betäubt ihn mit dem vulkanischen Nackengriff. Nachdem es T'Pol und Archer gelingt die Enterprise aus dem schwarzen Loch herauszufliegen, kommt die Crew wieder zu sich und Phlox kümmert sich um einige verletzte Crewmitglieder. Gegenüber T'Pol äußert er sich zufrieden, dass sie ihn an dem Eingriff bei Mayweather gehindert hatte. ({{ENT|Eigenarten}})
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