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Bei der jährlichen Untersuchung, die der Doktor nun mit der Holokamera durchführt, stellt er fest, dass er an Kim eine Operation durchgeführt hat, an die er sich nicht erinnern kann. Bei Nachforschungen findet der Doktor heraus, dass seine Erinnerungen manipuliert worden sind und das Janeway dafür verantwortlich ist. Janeway befiehlt wieder die Erinnerungen des Doktors zu manipulieren, als sie Erkennt das der Doktor kurz davor steht die Wahrheit zu erfahren. Doch Seven setzt sich bei Janeway für den Doktor ein, damit er nicht umprogrammiert wird. Janeway erklärt darauf dem Doktor, dass er sich vor 18 Monaten bei einer Operation zwischen der Rettung von Harry Kim und Ahni Jetal hat entscheiden müssen. Kim hat die Operation überlebt, aber Jetal ist gestorben. Deshalb hat sich der Doktor schwere vorwürfe gemacht und sein Programm geriet sogar in eine Feedback-Schleife. Nur eine Löschung der Erinnerung konnte ihn damals retten. Doch nachdem der Doktor die Wahrheit erfahren hat, gerät sein Programm wieder in dieselbe Feedback-Schleife. Aber nach einen weiteren Gespräch mit Seven ist Janeway dafür, dass der Doktor seine damalige Entscheidung verarbeiten darf. In den nächsten zwei Wochen ist immer ein Crewmitglied in der Nähe des Doktors, das ihm hilft diese Erinnerung und die Feedback-Schleife zu verarbeiten. So soll der Doktor die Möglichkeit bekommen sich weiter zu entwickeln. ({{VOY|Verborgene Bilder}})
Wenig später spielt er Kim mit Paris wieder das Holoprogramm ''[[Die Abenteuer des Captain Proton|Die Abenteuer von Captain Proton]]'', allerdings sieht es so aus, als gäbe es auf dem Holodeck eine Fehlfunktion. Paris und Kim gehen dieser Fehlfunktion nach, doch Paris kann das Programm nicht beenden. Da sich mittlerweile immer mehr Verzerrungen auf dem Holodeck bilden, beamen sich Paris und Kim aus dem Holodeck. Zur selben Zeit sitzt die ''Voyager'' in einer [[Subraumsandbank]] fest. Als man auf der Brücke registriert, dass photonische Ladungen auf dem Holodeck explodieren, erinnert er Kim Captain Janeway daran, dass das Holodeckprogramm noch läuft. Gemeinsam mit Seven of Nine stellt er Kim eine Verbindung zum Holodeck her und analysiert die Herkunft der Strahlen. Anschließend begibt er Kim sich mit Janeway und Paris auf das Holodeck, um die dortige Simulation von [[Doktor Chaotica ]] zu besiegen, damit er die photonischen Lebensformen [[Photonische Lebensform]]en nicht mehr bekämpfen und töten kann. ({{VOY|Chaoticas Braut}})
Wenig später spielt Paris wieder sein Lieblingsprogramm ''[[Die Abenteuer des Captain Proton]]'', allerdings sieht es so aus, als gäbe es auf dem Holodeck eine Fehlfunktion. Paris und Kim gehen dieser Fehlfunktion nach, doch Paris kann das Programm nicht beenden. Da sich mittlerweile immer mehr Verzerrungen auf dem Holodeck bilden, beamen sich Paris und Kim aus dem Holodeck. Zur selben Zeit sitzt die ''Voyager'' in einer [[Subraumsandbank]] fest. Paris versucht später die ''Voyager'' aus der Subraumsandbank heraus zu steuern, doch die ''Voyager'' sitzt fest. Wenig später stellt Tuvok weitere Energieentladungen auf dem Holodeck fest und Paris beginnt diese zu untersuchen, da ein Zusammenhang zwischen den Entladungen auf dem Holodeck und der Subraumsandbank besteht. Auf dem Holodeck erfährt Paris von einer [[Invasion]] aus den Verzerrungen und bei weiteren Nachforschungen entdeckt Paris, dass [[Photonische Lebensform]]en für diese Invasion verantwortlich sind. Diese fremden Lebensformen kämpfen in Paris Programm gegen [[Doktor Chaotica]]. Durch die Photonischen Lebensformen wird die ''Voyager'' in den Subraum gezogen. Doch schließlich besiegen die Fremden zusammen mit Paris Doktor Chaotica und darauf ziehen sich die Fremden in den Subraum zurück und geben die ''Voyager'' wieder frei. Die ''Voyager'' kann darauf die Subraumsandbank verlassen. ({{VOY|Chaoticas Braut}}) Nachdem ein Shuttle mit Tuvok und Paris verschwindet, scannt er Kim erfolglos nach diesem. Während Janeway, Chakotay und Torres eine Anomalie untersuchen, die für das Verschwinden des Shuttles verantwortlich zu sein scheint, erfasst sie ein fremdes Schiff mit einem Traktorstrahl. Kim fordert dessen Captain auf den Strahl zu lösen. Schließlich Yost erklärt Janeway darauf, dass in dieser Anomalie verschiedene Schiffe verschwunden sind und diese nun verschlossen wird. Bevor die Anomalie verschlossen wird gelingt es Tuvok , der Doktor und Paris sowie die Außerirdische [[Noss]], welche die beiden unterstützt hat, zu retten. ({{VOY|Schwere}})
Bald darauf entdeckt er mit Tuvok ein Wurmloch, dass scheinbar in den Alpha-Quadranten führt. Dieses Wurmloch ist jedoch nur eine Illusion, die von der [[Telepathische Werferpflanze|telepathischen Werferpflanze]] erzeugt wird. Deren Telepathie unterbindet seine anfänglichen Zweifel und lässt ihn an eine Rückkehr in den Alpha-Quadranten glauben. Die Einwände von Seven of Nine ignoriert er daher. Nachdem das Schiff die Lebensform erreicht, fällt er mit dem Rest der Besatzung, mit Ausnahme von Seven of Nine und Naomi Wildman, in eine Bewusstlosigkeit. Nachdem Seven of Nine, der Doktor mithilfe des [[Nokaro]] [[Qatai]] das Schiff aus dem bioplasmischen Organismus befreit haben, kommt er wieder zu sich. Er erkennt, dass die Brückenkontrollen in den Maschinenraum transferiert wurden. ({{VOY|Euphorie}})
