Kommandooffiziere, also Offiziere der Kommandoebene, bekleiden führende Positionen auf einem Raumschiff, einer Raumstation oder in einem militärischen Fachbereich. In der Sternenflotte der Föderation tragen in der Regel rote Uniformen (im 22. und 23. Jahrhundert gelbe). Ein Teil der Führungs- und Brückenoffiziere sind Kommandooffiziere.
Kommandooffizieren fallen die verschiedensten Aufgaben zu. So schreiben die Vorschriften vor, dass ein Vorfall, wie der Unfall an der Sternenflottenakademie 2368, von mindestens zwei Offizieren der Kommandoebene untersucht werden muss. (TNG: Ein missglücktes Manöver)