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Auf dem Weg zurück zur Erde wird die ''Enterprise '' von einem riesigen Schiff der [[Sternenflotte ]] überrascht. Dieses Schiff ist der ''Enterprise '' in jeder Hinsicht überlegen und es wurde nur zu einem Zweck gebaut: [[Krieg]]. Das Kommando hat Admiral Marcus der die sofortige Freigabe von Kahn Khan fordert, da er sonst die ''Enterprise '' vernichten wird. Kirk offenbart Marcus , dass seine Tochter an Board Bord ist , mit der Hoffnung , dass dieser wegen ihr das Feuer nicht eröffnet. Als sich Kirk bereit erklärt Kahn , Khan zu übergeben um seine Mannschaft zu retten, beamt Marcus seine Tochter zu sich an Board Bord und befiehlt auf die [[Brücke ]] der ''Enterprise '' zu feuern. Kirk , der erkennt , dass sie keine Chance haben, wendet sich an seine Crew und entschuldigt sich dafür , dass er sie nicht beschützen kann. Doch Scotty ist es gelungen beim Jupiter sich an Board Bord von Marcus Schiff zu schmuggeln und dessen Waffen zu sabotieren. Jetzt sieht Kirk doch noch eine Chance zu überleben. Er verbündet sich mit Kahn Khan, der sich selbst als Opfer von Marcus sieht. Beide versuchen im [[Raumanzug ]] von der ''Enterprise '' durch den leeren Raum unbemerkt auf das andere Schiff zu gelangen. Spock der Kahn Khan zutieft misstraut, nimmt Kontakt nach [[Neu-Vulkan ]] auf , um sein [[Spock|zukünftiges Ich ]] zu befragen. Dieser eröffnet ihn ihm, dass Kahn Khan über die Maßen gefährlich ist und dass er selbst seiner Zeit nur durch ein großes Opfer gestoppt werden konnte.

Als Kahn Khan und Kirk Admiral Marcus auf dessen Brücke erreichen, [[Verrat|verrät Kahn ]] Khan Kirk, attakiert attackiert ihn und tötet Marcus. Dann fordert er von Spock seine die Herausgabe seiner 72 Männer und Frauen herrauszugeben. Spock geht zum Schein auf diese Forderung ein , indem er die 72 Torpedos zu Kahn Khan beamen lässt und diese später sprengt. Kirk und Carol Marcus gelingt die [[Flucht ]] auf die ''Enterprise''. Doch das Schiff gerät unter schweren schwerem Beschuss und beginnt auf die Erde abzustürzen. Spock ordnet die [[Evakuierung ]] an , doch [[Hikaru Sulu (Neue Zeitlinie)|Sulu ]] und andere Offiziere [[Offizier]]e weigern sich , das Schiff zu verlassen. Scotty gelingt es nicht die Hauptenergie wieder herzustellenwiederherzustellen, damit ist das Schiff praktisch tot. Doch Kirk sieht noch einen Weg: er begibt sich in den stark verstrahlten Maschienenkern Maschinenkern des Schiffes um ihn wieder zum Laufen zu bringen. Er hat Erfolg: der Antrieb kann wieder gestartet werden und die ''Enterprise '' kann sich aus dem Orbit befreien. Doch der Preis ist hoch: Kirk wurde zu stark verstrahlt und stirbt kurz darauf. Spock ist traurig und fassungslos - er will sich dafür an Kahn Khan rächen.

Als dessen Schiff durch die Explosion der 72 Torpedos so stark beschädigt wird , dass es abstürtzt, versucht Kahn Khan das Schiff mit den letzten Energiereserven in das Hauptquatier Hauptquartier der Sternenflotte zu lenken. Kahn Khan selbst überlebt den Absturz und versucht unter zu tauchenunterzutauchen. Doch Spock ist ihm dicht auf den Fersen, fest entschlossen Kahn Khan zur Strecke zu bringen. Auf der ''Enterprise '' beobachtet McCoy wie ein toter [[Tribble ]] durch eine [[Bluttransfusion ]] von Kahns Khans Blut wieder zu leben beginnt. Da erkennt er die Chance auch Kirk wieder zum Leben zu erwecken. Desswegen Deswegen folgt Uhura Spock nach , um ihm ihn davon zu überzeugen , dass man um Kirk zu retten, Kahn Khan lebend braucht. Schlussendlich gelingt es beiden Kahn Khan zu fassen und mit dessen Blut Kirk wieder zu belebenwiederzubeleben.

Kahn wird wieder eingefroren und zusammen mit seiner Mannschaft die Spock vor der Übergabe aus den Torpedos entfernt hatte, weggesperrt. Auf der [[Trauerfeier ]] [[Zitat|zitiert ]] Kirk seinen Mentor Pike und meint dass er seine Worte nun verstanden hätte. Dr. Carol Marcus wird offiziel ein Teil der Besatzung und die ''Enterprise'' bricht zu ihrer großen und lang erwarteten 5[[Fünf-Jahres-Mission ]] auf.