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Auf dem [[Planet]]en [[Niburu]] droht ein [[Vulkan]] jegliches Leben zu vernichten. Um dieses zu verhindern will die [[Liste von Crewmitgliedern der USS Enterprise (Neue Zeitlinie)|Crew ]] der [[USS Enterprise (Neue Zeitlinie)|''Enterprise'']] den Vulkan zum Erlöschen bringen. Während sich das [[Raumschiff|Schiff]] mitten in einem [[Ozean]] verbirgt, taucht [[Spock (Neue Zeitlinie)|Spock]] verborgen durch eine [[Asche]]wolke in den Vulkan ein um die [[Lava]] mittels eines technischen Gerätes zum Erstarren zu bringen. Unterdessen müssen [[James Tiberius Kirk (Neue Zeitlinie)|James Kirk]] und [[Leonard McCoy (Neue Zeitlinie)|Leonard McCoy]] vor den Einwohnern fliehen, da sie von ihnen als Fremde enttarnt wurden. Sie springen über eine Klippe und tauchen direkt in die [[LuftschleußeLuftschleuse]] der ''Enterprise''. Auf der [[Kommandobrücke]] müssen sie aber erfahren, dass sie Spock aufgrund von Störungen, die der Vulkan verursacht, nicht mehr an Bord holen können. Der einzige Weg wäre mit dem Schiff aufzutauchen und direkt in den Vulkan zu steuern um Spock an Board [[beamen]] zu können. Dies würde aber direkt gegen die [[oberste Direktive]] verstoßen, da es einen direkten Einfluss auf die Bevölkerung hätte, wenn sie ein hochentwickeltes Raumschiff sehen würden. Spock beharrt auf der Einhaltung der obersten Direktive und berkräftigt seine Meinung mit den Worten: <q>Die Bedürfnisse der Vielen sind wichtiger als die Bedürfnisse der Wenigen.</q> Kirk entschließt sich dennoch mit dem Schiff aus dem [[Wasser]] aufzutauchen und seinem [[Erster Offizier|ersten Offizier]] das Leben zu retten. Der [[Plan]] gelingt: die von Spock entworfene [[Bombe]] explodiert, der Vulkan erlischt und Spock kann rechtzeitig herausgebeamt werden. Das Ganze hat jedoch eine dramatische Folge: die technisch völlig unterentwickelten Ureinwohner bekommen die Enterprise zu sehen und verehren sie vortan als [[Gott]]heit.

Unter der Leitung von Admiral [[Alexander Marcus|Marcus]] soll über das Vorgehen nach dem [[Terroranschlag]] in London beraten werden. Marcus muss zugeben, dass der [[Attentat|Attentäter]], ein Mann nammes [[John Harrison]], einer der besten [[Agent]]en der Sternenflotte war. Kirk meldet sich als erster Offizier unter Christopher Pike zu Wort, da er nicht versteht, warum ein einfaches Archiv zerstört wurde. Als ihm laut der Gedanke kommt, dass das [[ProtokolProtokoll]] vorsieht, dass sich nach so einem Anschlag alle Offiziere an einem bestimmten Ort treffen sollen, erscheint hinter ihnen ein kleines Schiff und eröffnet das Feuer. Hinter dem Steuer sitz Harrison. Kirk gelingt es, das Schiff zum [[Absturz]] zu bringen, doch Harrison schafft es, sich rechtzeitig wegbeamen zu lassen. Unter den Opfern dieses Anschlages ist auch Admiral Pike. Kurz vor seinem Tod gelingt es Spock noch mittels [[Gedankenverschmelzung]] seine letzten Gedanken zu erfahren. Kirk ist schockiert über den [[Tod]] seines [[Mentor]]s und will [[Rache]] nehmen. Durch [[Montgomery Scott (Neue Zeitlinie)|Scotty]] erfährt er, dass sich Harrison mittels der von ihm aufgestellten [[Transwarpgleichung]] nach [[Kronos (Neue Zeitlinie)|Kronos]] beamen konnte, der [[Klingone|klingonischen]] [[Heimatwelt]]. Kirk bittet Admiral Marcus um die Erlaubnis, Harrison verfolgen und ausschalten zu dürfen. Dazu möchte er umbedingt Spock wieder als seinen ersten Offizier haben. Der Admiral gesteht Kirk, dass Harrson kein Archiv sondern eine geheime Basis einer Organisation der Sternenflotte namens [[Sektion 31]] zerstört habe. Marcus, der glaubt, dass ein Krieg mit den Klingonen überfällig ist, gibt Kirk die Erlaubnis und obendrein noch 72 spezielle [[Torpedo]]s, mit denen Kirk Harrison vom [[Orbit|Planetenorbit]] aus beschießen soll.

Am Auf dem Weg zur ''Enterprise '' bekommt Kirk noch einen neuen [[Wissenschaftsoffizier ]] zur Seite gestellt: [[Doktor|Dr. ]] [[Carol Marcus|Carol Wallace]]. Als Scotty gegen die neuen Torpedos protestieren will, fühlt er sich nicht ernst genommen. Er quitiert quittiert den Dienst und bittet Kirk als [[Freund ]], die Waffen [[Waffe]]n nicht einzusetzen. Danach verlässt er das Schiff und Kirk macht den jungen [[Russland|Russen]] [[Pavel Andreievich Chekov (Neue Zeitlinie)|Pavel Chekov ]] zu seinem Nachfolger am [[Maschienendeck]]. Als die ''Enterprise '' Kronos erreicht, kommt es zu einem Maschienenschaden Maschinenschaden, der das Schiff im feindlichen Gebiet stranden läßt. Kirk besteigt mit Spock und [[Nyota Uhura|Uhura]], die er wegen ihrer klingonischen [[klingonisch]]en [[Linguistik|Sprachkenntnisse ]] mitnimmt, ein [[Shuttle ]] und steuert auf den Planeten zu. Dort kommt es zu einer Verfolgungsjagt [[Verfolgungsjagd]] mit den Klingonen. Uhura versucht auf klingonisch zu erklären, dass sie einen Mann jagen der ohne [[Ehre ]] ist. Als einer der Klingonen sie jedoch stark bedroht, kommt es zu einem Feuergefecht. Plötzlich erscheint ein unbekannter Mann und beginnt selbst gegen die Klingonen zu kämpfen. Es ist Harrison. Als nur noch er, Kirk, Spock und Uhura übrig sind , verlangt Kirk von Harrison , sich zu ergeben , da er sonst seine Position mit Spezialwaffen beschießen lässt. Als Harrison erfährt , dass es 72 solcher Waffen sind, gibt er auf und lässt sich [[Festnahme|festnehmen]]. Doch zuvor lässt Kirk noch seine [[Wut ]] an ihm aus , indem er ihm ihn mehrmals schlägt.

In der [[Arrestzelle ]] der ''Enterprise '' erklärt Harrison dem wütenden Kirk seine Motive[[Motiv]]e: er habe sich ergeben , weil es an Board Bord 72 Gründe dafür gebe. Er sei in Wirklichkeit ein [[Augment|genetisch verbesserter Mensch ]], der vor 300 Jahren [[Jahr]]en [[Kryogenische Stasis|eingefroren ]] wurde und den Admiral Marcus als Waffe gebrauchen will. Außerdem sei sein Name nicht John Harrison sondern Kahn[[Khan Noonien Singh (Neue Zeitlinie)|Khan]]. Und wenn er wissen wolle, warum er die [[Föderation ]] angegriffen habe, solle er die Torpedos genauer untersuchen und zusätzlich . Zusätzlich gibt er ihm [[Koordinaten ]] in der Nähe des Jupiters[[Jupiter]]s. Obwohl er ihm misstraut, will Kirk Antworten haben und schickt Dr. Carol Wallace, die in Wiklichkeit die Tochter von Admiral Marcus ist, mit einem dieser Torpedos von Board Bord um ihn zu untersuchen. Dabei kommt herraus heraus, dass sich in diesem eine alte [[Stasiskapsel ]] befindet. Kahn Khan erklärt Kirk , dass diese insgesamt 72 Personen seine [[Mannschaft ]] sind , die er beschützen wolle. Der Böse sei nicht er , sondern in Wirklichkeit Admiral Marcus. Kirk bittet Scotty über [[Funk ]] als Freund sich anzusehen, was sich bei den Koordinaten , die er von Kahn erhalten hatte hat, befindet. Als Scotty dort ankommt, traut er seinen Augen [[Auge]]n nicht.