Die Selbstzerstörung ist eine Einrichtung an Bord eines Raumschiffs, das zur totalen Zerstörung des Schiffes dient.
Diese Option kann vom Captain und den Führungsoffizieren gewählt werden, wenn er das Schiff vor einer Kaperung unbedingt schützen will, eine gegnerische Übermacht an Bord des Schiffes ist, oder das Schiff im Gefecht kampfunfähig wurde und durch die gewaltige Menge von freiwerdender Energie bei der Selbstzerstörung ein feindliches Schiff beschädigt werden soll. In der Regel geht die Selbstzerstörung vom Maschinenraum aus.
2285 nutzte Captain James T. Kirk die Selbstzerstörung für die USS Enterprise im Orbit um den Genesis-Planeten, um ein klingonisches Enterkommando zu schlagen. Da bei der Selbstzerstörung der Enterprise die Explosion vom Diskussegment und nicht von der Antriebssektion ausging, liegt die Vermutung nahe, dass Sprengsätze im Schiff verteilt sind, um eine vollständige Zerstörung zu garantieren ("Star Trek III: Auf der Suche nach Mr. Spock").
Captain Jean-Luc Picard hatte 2373 vor, die von den Borg größtenteils assimilierte USS Enterprise-E zu zerstören. Dazu kam es jedoch später nicht ("Star Trek: Der erste Kontakt").
Um die Selbstzerstörungssequenz einzuleiten, ist die Genehmigung des Kommandanten und des Ersten Offiziers nötig. Statt des Ersten Offiziers kann auch die Genehmigung von zwei anderen Führungsoffizieren ausreichen. Diese müssen aber mindestens den Rang eines Lieutenant Commander bekleiden.
Um die Selbstzerstörungsequenz zu initiieren sind Sekundäre Kommandoprozessoren von nöten (VOY: "Der Kampf ums Dasein, Teil I").
Möglichkeiten der Selbstzerstörung
Es gibt zwei Varianten von Selbstzerstörungssystemen:
Die primäre Variante ist der gleichzeitige Ausstoß von Materie aus dem Deuteriumtank und die Deaktivierung der Antimaterieeindämmung. Das Schiff wird daraufhin aufgrund der massiven Materie-Antimaterie-Reaktion vollständig zerstört.
Sollte es nicht möglich sein, die Ausfallprozedur, welche erforderlich ist, um die Antimaterieeindämmung aufzuheben, auzuführen, so wird das sekundäre System aktiviert. Dieses besteht aus konventionellen Sprengsätzen, welche an allen Schlüsselstellen im Schiff angebracht sind. Das Raumschiff wird dann, eher aufgrund eines strukturellen Kollaps zerstört, als durch eine massive Explosion. ("Star Trek III: Auf der Suche nach Mr. Spock")
Auf Schiffen, welche die Fähigkeit zur Trennung besitzen, wie beispielsweise die USS Enterprise, wird vor der Selbstzerstörung in der Regel eine solche durchgeführt. Nach der Abtrennung der Untertassensektion wird dann das sekundäre System zum primären System.