Ein Magnetonscanner ist ein spezieller Scanner, der auf Magneton basiert.
2371 können Harry Kim und B'Elanna Torres mit einem Magnetonscanner einen Subraumspalt auf einem Planeten im Delta-Quadranten scannen. (VOY: Subraumspalten)
Im gleichen Jahr ist ein Magnetonscanner das präziseste Instrument, das sich an Bord der USS Voyager befindet. B'Elanna Torres versucht mithilfe eines Magnetonscanners das fremde Wesen aufzuspüren, das nacheinander verschiedene Crewmitglieder besetzt hat. (VOY: Bewußtseinsverlust)