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Wenig später feiert er mit den anderen Führungsoffizieren und der Besatzung die Beförderung von Tuvok zum Lieutenant-Commander im Kasino. Später bespricht er mit Kim den DIenstplan, da dieser nicht mit Seven an einem Projekt weiterarbeiten möchte. Er verdeutlicht ihm, dass er und Seven ein gutes Team sind und an diesem Projekt weiterarbeiten werden. ({{VOY|Der Isomorph}})
[[Datei:Chakotay an der Taktik im Kampf mit den B'omar.jpg|thumb|Chakotay bedient die taktische Station im Kampf gegen die B'omar]]
Bei den Verhandlungen über eine Passage durch den Raum der [[B'omar]], verhandelt er mit Janeway und Paris mit [[Kanzler]] [[Gaumen (B'omar)|Gaumen]]. Während der Verhandlungen greift Seven of Nine Neelix an und versucht zur Shuttlerampe zu gelangen. Chakotay übernimmt die Taktische Station, als sich Tuvok mit einem SIcherheitsteam zu ihr begibt. Wenig später versiegelt er Deck 6, was Seven jedoch nicht aufhält. Auch bei Sevens weiterem Weg verfolgt er sie mit den Sensoren. Er lässt Kim alle Energie in die Kraftfelder auf Deck 10 leiten, was Seven jedoch nicht aufhalten kann. Anschließend entscheiden die B'omar der ''Voyager'' keine Passage zu gestatten und Chakotay bringt die Delegierten in den Transporterraum. Wenig später informiert er Janeway, dass die B'omar ihre Patrouillienschiffe verdoppelt haben. Im Gespräch mit Janeway, meint er, dass sie sich möglicherweise dem Kollektiv wieder anschließen will. Janeway widerspricht dem jedoch. Wenig später informiert sie der Doktor, dass sich ein Teil der Borgtechnologie in Sevens Körper reaktiviert hat. Als Janeway erkennt, dass Sevens Verhalten durch die Nähe zu ihrem ursprünglichen Schiff, der [[USS Raven|USS'' Raven'']], verursacht wird, scannt er nach diesem. Nachdem sie es entdeckt haben und feststellen, dass es von drei B'omarschiffen angegriffen wird. Chakotay übernimmt die taktische Station und schießt die B'omarschiffe kampfunfähig. ({{VOY|Der schwarze Vogel}})
Als die ''Voyager'' von fremden Schiffen angegriffen wird, ruft er Janeway auf die Brücke. Später stellt er fest, dass Geräte von dem Schiff gebeamt wurden. Nachdem sich die Angreifer zurückziehen, fordert er Schadensberichte von allen Decks an. Nachdem Neelix und Paris auf einem Planeten Teile ihrer gestohlenen Ausrüstung entdecken und den Händler an Bord bringen, befragt Chakotay diesen. Als er den Namen von [[Tau]], der ihm die Waren verkaufte, preisgibt, lässt Chakotay ihn mit diesen Waren gehen. Später leitet er die Rettungsaktion für Captain Janeway, die von Tau enttarnt wurde. Janeway gelingt es den Hauptcomputer zu markieren, sodass er hochgebeamt werden kann. Anschließend leitet er eine Rettungsaktion für Janeway ein, die erfolgreich durchgeführt wird. ({{VOY|Apropos fliegen}})
[[Datei:Neelix auf Visionensuche.jpg|thumb|left|Chakotay zeigt Neelix die Visionensuche]]
Chakotay begibt sich mit Neelix und Tom Paris auf eine Außenmission, um Protomaterie zu sammeln. Beim Versuch diese an Bord zu beamen, wird Neelix getötet und Chakotay fliegt das Shuttle zum Schiff zurück. Anschließend ist er auf der Krankenstation anwesend, als der Doktor Neelix' Tod feststellt. Jedoch kann Seven of Nine ihn mithilfe ihres Borg-Wissens reanimieren. Gemeinsam mit Paris und Torres entwickelt er anschließend ein Verfahren um die Protomaterie sicher an Bord beamen zu können. Zur Sicherheit führt er eine Simulation auf dem Holodeck durch. Dabei erkennt er, dass der Transporterstrahl eine Feedbackschleife erzeugte, die das Plasma entzündete. Am Ende der Simulation offenbart ihm Neelix, dass er im Leben nach dem Tod nicht im wundervollen Wald war, an den er glaubte. Später will Neelix meditieren, um Antworten auf seine Fragen zu erhalten. Daher begibt er sich mit Neelix auf Visionensuche. Er möchte diese Visionen mit Neelix weiter auswerten. Dieser lehnt es jedoch ab und versucht sich zu töten, indem er sich in den Nebel beamt. Chakotay begibt sich daraufhin in den Transporterraum und versucht Neelix zu überzeugen, sich nicht umzubringen. ({{VOY|Leben nach dem Tod}})
[[Datei:Chakotay und der Doktor versuchen die Voyager zu retten.jpg|thumb|Chakotay und der Doktor versuchen die ''Voyager'' zu retten.]]
Als sich ein Teil der Führungsoffiziere, aufgrund von Alpträumen zu spät zum Dienst meldet, stellt sich heraus, dass sie alle einen ähnlichen Alptraum hatten. Gemeinsam erstellen sie ein Phantombild des Fremden. Chakotay schlägt vor, mithilfe einer Technik des bewussten Träumens mit dem Fremden Kontakt aufzunehmen. Janeway stimmt dem zu und er begibt sich auf die Reise. Er trifft auf einen Alien, der ihm berichtet, dass seine Spezies schläft und Jahrhunderte lang von den Wachspezies bekämpft wurde. Als Chakotay verspricht ihren Raum zu umfliegen, lassen sie ihn ziehen. Er berichtet Janeway das Erlebte. Wenig später wird die ''Voyager'' von einem fremden Raumschiff angegriffen. Chakotay leitet die Gegenmaßnahmen, die jedoch erfolglos bleiben. Als er mit der restlichen Crew interniert wird, unternimmt er einen Fluchtversuch. Als er den Mond sieht, kann er sich aufwecken und trifft auf den Doktor. Mit den Schiffssensoren kann er den Planeten der Fremden lokalisieren und setzt einen Kurs dorthin. Er beamt sich auf den Planeten und findet dort die schlafenden Fremden. Er entschließt sich einen der Fremden aufzuwecken und lässt den Doktor mit einem Photonentorpedo auf die Höhle, wo sich der Transmitter befindet, zielen. Er schläft ein und teilt dem Anführer mit, dass sie beide sterben werden, wenn er sie nicht freilässt. Nachdem die Fremden einlenken, versucht Chakotay erfolglos zu schlafen und verbringt daher die Nacht im Kasino. ({{VOY|Wache Momente}})
Als man eine Relaisstation untersucht, lässt er nach Lebenszeichen scannen. Wenig später erhält er über das Sensorennetzwerk einen Brief aus dem Alpha-Quadranten, in dem er darüber informiert wird, dass die Cardassianer zusammen mit einer Spezies aus dem [[Gamma-Quadrant]]en den Maquis vernichtet haben. Er informiert darüber Torres. Später informiert er Janeway, dass sie die Nachrichten nun schneller erhalten. Nachdem sie in einen Kampf mit einem Raumschiff der Hirogen beschädigt werden, berichtet er Janeway über die Schäden. ({{VOY|Jäger}})
[[Datei:Chakotay und der Hirogen auf der Suche nach 8472.jpg|thumb|left|Chakotay und der Hirogen auf der Jagd nach 8472]]
Wenig später trifft man auf ein Raumschiff der Hirogen mit einem einzigen Besatzungsmitglied. Chakotay weist darauf hin, dass dies eine Falle sein könnte. Jedoch entschließt sich Janeway Kontakt aufzunehmen. Chakotay geht mit einem Außenteam auf das Raumschiff der Hirogen und sucht nach dem Überlebenden. Sie bringen diesen auf die ''Voyager'' und informieren Janeway. Wenig später meldet er mehrere Hüllenbrüche. Anschließend befragt er mit Janeway den Hirogen. Chakotay begibt sich anschließend mit diesem auf die Jagd nach dem Mitglied von Spezies 8472. Er selbst übernimmt die Führung der Gruppe und zwingt den Hirogen an zweiter Stelle zu gehen. Als sie das Wesen erreichen, wird er vom Hirogen angegriffen, da dieser das Wesen töten will. Zwar kann dieser überwältigt werden, allerdings gelingt es ihm wenig später sich zu befreien. ({{VOY|Die Beute}})
Als die ''Voyager'' von [[Kovin]] Waffentechnologie erwirbt, informiert er Seven of Nine, dass sie ihm, bei der Installation des neuen Waffensystems assistieren soll. Sie wendet ein, dass der Captain ihr nur vertraut, wenn diese ihr Wissen benötigt. Er meint zu ihr, dass sie sich das Vertrauen des Captains Schritt für Schritt wieder erarbeiten muss. Später will er den Traktorstrahl aktivieren, um Kovins Schiff festzuhalten. Jedoch scheitert dieser Versuch. ({{VOY|Im Rückblick}})
Kurze Zeit später wird die ''Voyager''<nowiki> </nowiki>von den Hirogen angegriffen und<nowiki> </nowiki>auch von ihnen erobert. Die Hirogen führen darauf Simulationen mit der Crew auf dem Holodeck durch. Die Crew glaubt Teil der Simulation zu sein, während die Hirogen ihre Opfer auf dem Holodeck jagen. Chakotay verkörpert dabei die Rolle des [[Miller (Captain)|Captain Miller]] und leitet den amerikanischen Angriff auf [[Sainte Claire]]. ({{VOY|Das Tötungsspiel, Teil I}})
Gemeinsam mit Captain Janeway, die die Rolle der [[Katrine]] übernommen hat, begibt er sich auf die Voyager. Nachdem sie Kontakt mit Neelix und seinen Klingonen aufgenommen haben, kehren sie in die Simulation zurück. Nachdem ein Waffenstillstand vereinbart wird, spricht er mit Janeway. Jedoch brechen Turanj und der deutsche Offizier die Waffenruhe und greifen an. Mit Unterstützung der klingonischen Krieger aus einer anderen Simulation, können sie die deutschen Linien überrennen. Wenig später gelingt es Kim die Holofiguren zu deaktivieren und die Besatzung verlässt das Holodeck.'' ''({{VOY|Das Tötungsspiel, Teil II}})
Nachdem man auf ein Raumschiff mit [[Koaxialwarpantrieb]]<nowiki> </nowiki>trifft, lässt Janeway Sicherheitsmaßnahmen ergreifen. Da es auf dem fremden Schiff technische Probleme gibt, will er den Piloten [[Steth]] herausbeamen lassen, was jedoch nicht möglich ist. Nachdem der Pilot gerettet werden kann, bittet er Chakotay,darum Steth bei der Reparatur seines Schiffes helfen zu dürfen, was Chakotay genehmigt. Später unterhält er sich mit Paris über dessen Arbeit. Nachdem Janeway von Steth angegriffen wird, glaubt er Paris, dass er im Körper von Steth steckt. So ermöglicht er die Verhaftung des Identitätsdiebs. ({{VOY|Vis a vis}})
[[Datei:Seven informiert Chakotay, dass sie Omega stabilisieren kann.jpg|thumb|Seven informiert Chakotay, dass sie Omega stabilisieren kann.]]
Bald darauf fällt das Raumschiff plötzlich unter Warp. Auf allen Monitoren erscheint eine codierte Warnung mit dem griechischen Buchstaben [[Omega]], die nur vom Captain gelesen werden kann. Sie beauftragt ihn anschließend, Vorbereitungen für eine Außenmission zu treffen, die sie jedoch allein durchführen will. Nachdem sich herausstellt, dass es sich um viele Omega-Moleküle handelt, wird er von Janeway informiert. Nachdem man die Quelle der Omega-Moleküle erreicht hat, ruft er den Captain auf die Brücke. Später informiert er Seven of Nine, dass sie mit der Harmonikresonanzkammer die Omega-Moleküle zerstören soll. Später meldet er Janeway, dass sich zwei Schiffe nähern. Als er sich weigert die Moleküle auszuliefern, greifen die Schiffe die ''Voyager'' an. Es gelingt ihnen jedoch die abgeworfene Harmonikkammer mit einem Torpedo zu zerstören. ({{VOY|Die Omega-Direktive}})
[[Datei:Kellin verliert ihre Erinnerungen.jpg|thumb|left|Kellin verliert ihre Erinnerung.]]
Wenig später wird man Zeuge eines Kampfes zweier getarnter Raumschiffe. Nachdem eines dieser Schiffe zerstört wird, nimmt Kellin, die Pilotin des anderen Schiffs, Kontakt mit der ''Voyager'' auf und bittet Chakotay um Hilfe. Als er Kontakt abbricht, beamt er mit einem Außenteam auf das Schiff. Er kann die eingeklemmte Pilotin befreien und bringt sie auf die Krankenstation. [[Kellin (Ramuranerin)|Kellin]] eröffnet ihm, dass sie gemeinsam einen Ausreißer aufzuspüren und zu ihrem Volk zurückzubringen. Jedoch könne er sich nicht daran erinnern, da andere Spezies Erinnerungen an ihr Volk nur für Stunden behalten können. Sie gibt an, sie sei zurückgekehrt, da sie sich in ihn verliebt habe. Anschließend berichtet sie ihm, wie sie einen Ausreißer aufspürten und sie das Schiff verließ. Wenig später wird das Schiff von den Aufspürern angegriffen und Janeway ruft beide auf die Brücke. Dort modifiziert Kellin ihre Sensoren, sodass sie die getarnten Schiffe entdecken können. Anschleßend führt er mit Kellin die Reparaturen durch und kommt ihr in der Jeffriesröhre näher. Mit Tuvok bespricht er bereits, eine mögliche Aufgabe für Kellin in der Sicherheitsabteilung. Bald darauf wird Kellin jedoch vom Aufspürer Curneth entdeckt und ihr Kurzzeitgedächtnis ausgelöscht. Er versucht sie erneut kennenzulernen. Jedoch besteht sie darauf, in ihre Welt zurückkehren zu müssen. Daher verabschiedet er sie im Transporterraum und schreibt anschließend seine Erlebnisse auf Papier nieder, damit sie nicht vom Computervirus gelöscht werden. ({{VOY|Unvergessen}})
Als die ''Voyager'' von den [[Kyrianer]]n angegriffen wird, ruft er Janeway auf die Brücke. ({{VOY|Der Zeitzeuge}})
[[Datei:Chakotay und Seven treffen auf Paris ohne Raumanzug.jpg|thumb|Chakotay und Seven treffen auf Paris ohne Raumanzug]]Wenig später geht an Bord der ''Voyager'' das [[Deuterium]] aus und das Schiff hat somit fast keinen Treibstoff mehr. Janeway befiehlt Chakotay und Tuvok weitere Einsparmöglichkeiten zu suchen. Als er wenig später die Astrometrie betritt und Seven bei der Arbeit erblickt, weist er sie zurecht, dass sie die Astrometrie vor einer Stunde hätte schließen soll. Seven entgegnet, dass sie nach neuen Treibstoffquellen gesucht hat und gerade hochkonzentriertes Deuterium auf einem Planeten der [[Dämon-Klasse]] entdeckt hat. Nachdem ein Versuch das Deuterium an Bord zu beamen gescheitert ist, beraten die Führungsoffiziere, wie man das Deuterium abbauen kann. Als sich der Doktor darüber beschwert, dass Neelix und einige Besatzungsmitglieder auf der Krankenstation einquartieren wollen, weist er dies zurück.Nachdem er wieder auf der Brücke ist, befiehlt Janeway ihm die ''Voyager'' auf dem Planeten zu landen. Anschließend sucht er Paris und Kim mit Seven of Nine. Als Chakotay abstürzt, zieht Paris ihn hoch und heißt sie willkommen. Er berichtet, dass er das Bewusstsein verlor und wieder atmen konnte, als er aufwachte. Überrascht über seine Entdeckung, meldet er dies Janeway und empfiehlt eine Untersuchung von Kim und Paris. Es stellt sich heraus, dass sie scheinbar bioformiert wurden. Chakotay begibt sich daraufhin mit Seven auf die Suche nach der Ursache der Bioformierung. Sie entdecken Lebenszeichen und finden die echten Kim und Paris. Er lässt sie an Bord beamen. Später verlangt das Silberblut die gesamte Crew der ''Voyager'' zu duplizieren. Janeway geht darauf ein und der Crew gelingt Deuterium von der Oberfläche zu bekommen. ({{VOY|Dämon}})
Als man auf einen Nebel der [[Mutara-Klasse-Nebel|Mutara-Klasse]] stößt, stellt sich heraus, dass er eine tödliche Wirkung auf Humanoide hat. Die Analyse des Doktors ergibt, dass die Verletzungen durch eine [[subnukleonische Strahlung]] verursacht wurden. Da der Nebel nur sicher passiert werden kann, wenn die Besatzung in Stasiskammern geht, erhält der Doktor das Kommando und wird von Seven of Nine unterstützt. Bei der letzten Dienstbesprechung, meldet Chakotay, dass die Kammern rechtzeitig zur Verfügung stehen werden. Gegenüber Janeway äußert er seine Bedenken, über die beiden, die das Kommando übernehmen sollen. Janeway kann seine Bedenken jedoch ausräumen. ({{VOY|Eine}})
Nachdem der Passagier [[Arturis]] die verstümmelte Nachricht der Sternenflotte entschlüsseln kann, entdeckt die ''Voyager'' die [[USS Dauntless|USS ''Dauntless'']], welche scheinbar zu ihnen geschickt wurde. Mit einem Außenteam, bestehend aus Tuvok und Paris, beamt er auf das Raumschiff und sichert es. Als es zu vibrieren beginnt, begeben sie sich auf die Suche nach dem Antriebskern und stellen fest, dass das Schiff keinen Warpantrieb besitzt. Das Raumschiff führt selbstständig einen Flug durch und kann nicht gestoppt werden. Nachdem es selbstständig anhält, erfahren sie, dass es einen Quantenslipstreamantrieb besitzt. Die Führungsoffiziere hören daraufhin die Nachricht von Admiral [[Hayes (männlicher Admiral)|Hayes]] an, der sie ermutigt auf der ''Dauntless'' nach Hause zu fliegen. Nachdem sich herausstellt, dass Arturis sie getäuscht hat, entführt dieser Janeway und Seven mit der ''Dauntless''. Daraufhin lässt Chakotay einen Verfolgungskurs setzen. Als sie die ''Dauntless'' erreichen, lässt er Janeway und Seven an Bord beamen. ({{VOY|In Furcht und Hoffnung}})
