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Nach dem Stress der letzten Wochen will sich die Crew einen ausgedehnten Landurlaub gönnen, als die ''Enterprise'' plötzlich den Auftrag erhält nach der verschollenen [[USS Intrepid (NCC-1631)|USS ''Intrepid'']] zu suchen. Plötzlich spürt Spock den Tod der vulkanischen Besatzung der ''Intrepid''. Die ''Enterprise'' folgt dem Kurs der ''Intrepid'' und findet das System, in dem sich die ''Intrepid'' befunden hat, vernichtet vor. In dem System befindet sich eine Art Loch im Raum und die ''Enterprise'' fliegt in diese Anomalie. Durch diese Anomalie wird die Energie der ''Enterprise'' abgezogen und auch die Crew wird langsam schwächer. Tief im Innern der Anomalie befindet sich eine riesige [[Weltraumamöbe|Amöbe]], welche für die Vernichtung der ''Intrepid'' und des Sternensystems verantwortlich ist. Spock und McCoy melden sich freiwillig, um mit einem Shuttle das Innere der Amöbe zu erforschen und Kirk muss sich zwischen den beiden entscheiden. Allerdings weiß Kirk auch, dass derjenige, den Kirk wählt, diese Mission wahrscheinlich nicht überleben wird. Kirk entscheidet sich schweren Herzens für Spock, da sein logischer Verstand für diese Mission nützlicher ist als das medizinische Wissen von McCoy. Mit einem Shuttle untersucht Spock das Innere der Amöbe und stellt dabei fest, dass diese kurz vor der Teilung steht. Da diese Amöbe für die Galaxie zur Bedrohung wird, will Kirk diese vernichten. Durch eine Antimaterieexplosion wird die riesige Amöbe schließlich vernichtet und die ''Enterprise'' kann entkommen. Nach dieser Mission kann sich die Crew einen ausgedehnten Landurlaub gönnen. ({{TOS|Das Loch im Weltraum}})

Im Orbit von [[Sigma Iotia II]] erhält Scott das Kommando über die ''Enterprise'', während sich der Captain auf der Oberfläche befindet. Dieser wird dort von einem Gangsterboss mit Namen [[Bela Okmyx]] gefangen genommen. Kirk stellt auf der Oberfläche fest, die Entwicklung des [[Spezies und Kulturen|Volkes]] durch einen damaligen Besuch der [[Horizon (Raumschiff)|''Horizon'']] kontaminiert worden ist. Dadurch hat sich auf dem Planeten eine verbrecherische Gesellschaft entwickelt, die sich stark an den [[1920er|20er]] Jahre von [[Chicago]] orientiert. Okmyx verlangt von Scott für die Freiheit der Geiseln Waffen, damit er allein über den Planeten herrschen kann. Scott geht aber auf die Forderung nicht ein. Später kann der Captain sich und die anderen befreien. Scott bekommt von Kirk darauf erst den Auftrag, den Gangsterboss [[Jojo Krako]] an Bord der ''Enterprise'' zu beamen und danach alle Gangsterbosse in das Büro von Okmyx zu beamen. Doch wenig später kommt es vor dem Büro von Okmyx zu einem Bandenkrieg zwischen den Gangstern, um ihre Bosse zu befreien. Kirk nimmt in dieser Zeit Verbindung zu Scott auf und befiehlt ihn mit den Phaserkanonen der ''Enterprise'' die außer Gefecht zu setzen. Nachdem sich die Lage entspannt hat wird Frieden auf den Planeten geschlossen. ({{TOS|Epigonen}})

Kurz darauf erhält die ''Enterprise'' einen Notruf von einem unbekannten Planeten. Kirk beamt mit einen Außenteam auf die Oberfläche, um dort nach Überlebenden zu suchen. Doch auf der Oberfläche wird das Außenteam von einer Gruppe [[Kelvaner]] gefangen genommen und mit einer Art Kraftfeld gelähmt. [[Rojan]], der Führer der Gruppe, will die ''Enterprise'' übernehmen, um mit dieser in die [[Andromeda-Galaxie]] zurückzukehren. Kirk will dies nicht zulassen, doch mit ihrer fortschrittlichen Technik gelingt es den Kelvanern schnell die Kontrolle über die ''Enterprise'' zu übernehmen. Kirk warnt Rojan, dass die ''Enterprise'' dafür nicht geeignet ist und dass außerdem die galaktische Barriere Durchflüge verhindert. Doch Rojan ist dies bekannt, da die Barriere sein Schiff vernichtet hat und er dadurch mit seiner Gruppe auf diesem Planeten notgelandet ist. Kirk wird darauf mit seinem Außenteam gefangen gehalten, während die Kelvaner beginnen die ''Enterprise'' zu modifizieren, damit diese durch die galaktische Barriere fliegen kann. Das Außenteam kehrt als Gefangene zurück auf die ''Enterprise'' und dort versucht Scott die ''Enterprise'' zu sabotieren, dass diese innerhalb der Barriere explodiert, um so zu verhindern, dass Rojan seine Pläne umsetzt. Die ''Enterprise'' fliegt durch die Barriere, doch die Explosion bleibt aus, da Rojan die Sabotage entdeckt hat. Nachdem die ''Enterprise'' die Barriere durchflogen hat, lässt Rojan fast die gesamte Crew mit Ausnahme von Kirk, Spock, McCoy und Scott in Klötze umwandeln. Während des Fluges erkennen die Offiziere, dass die Kelvaner keine Gefühle und Emotionen kennen und diese nicht richtig verstehen. Schließlich sind die Kelvaner aufgrund der neuen Emotionen so verwirrt, dass Kirk wieder die Kontrolle über die ''Enterprise'' übernehmen kann. Die Kelvaner geben darauf die Crew wieder frei und die ''Enterprise'' kehrt in die [[Milchstraße]] zurück. Die Kelvaner beschließen wieder auf den Planeten zurückzukehren und wollen dort ein neues Leben beginnen. ({{TOS|Stein und Staub}})

Einige Zeit später erreicht die ''Enterprise'' eine Nachricht von einem Wesen namens [[Sargon]]. Sargon bittet Kirk, dass sich dieser und ein Außenteam auf die Oberfläche beamen und dort findet das Außenteam den Geist von Sargon in einer Kugel vor. Auf der Oberfläche übernimmt Sargon kurz den Körper von Kirk, um wieder eine kurzzeitige körperliche Existenz zu spüren. Darauf gibt Sargon Kirk wieder frei und äußert die Bitte, dass er, [[Thalassa]] und [[Henoch]] die Körper von Kirk, Spock und [[Ann Mulhall]] übernehmen dürfen, damit sie so Androidenkörper für ihre Geister bauen können. Die drei Offiziere stimmen dem zu und Sargon, Thalassa und Henoch übernehmen deren Körper. Doch Henoch will keinen Androidenkörper, da ihm der Körper von Spock gefällt. Henoch manipuliert im Körper von Spock Chapel und diese gibt Kirk ein Gift, damit Sargon im Körper von Kirk stirbt. Chapel spritzt unbewusst Kirk das Gift und Kirks Körper stirbt scheinbar mit Sargon. Doch Sargons Geist kann sich retten und auch Kirk kann gerettet werden. Da Henoch zu einer großen Gefahr wird, ist Kirk gezwungen die Kugeln zu vernichten, damit Henoch nicht darin zurückkehren kann. Auch die Kugel, in der sich Spocks Geist befindet, wird vernichtet und Spock kommt dabei scheinbar ums Leben, doch dieser rettet sich in den Körper von Chapel. Kirk tötet scheinbar den Körper von Spock und Henoch verlässt den Körper und löst sich dabei auf. Spocks Bewusstsein kehrt darauf aus Chapels Körper in seinen eigenen Körper zurück. Sargon sieht am Ende ein, dass er und seine Gefährtin Thalassa keinen Körper brauchen und die beiden verlassen die ''Enterprise'', um in der Vergesenheit zu verschwinden. ({{TOS|Geist sucht Körper}})

Als der Historiker [[John Gill]] keine Berichte mehr an die Sternenflotte übermittelt, wird die ''Enterprise'' ausgesandt, um auf dem Planeten [[Ekos]] nach dem Rechten zu sehen. Als die ''Enterprise'' den Planeten erreicht, wird diese von einer thermonuklearen Rakete angegriffen, obwohl die [[Ekosianer]] diese Waffe, von ihren Entwicklungsstand her, noch nicht haben dürften. Dies bereitet Kirk Sorgen und er beamt mit Spock auf die Oberfläche. Zur Sicherheit lassen die beiden sich [[Subdermaler Transceiver|subdermale Transceiver]] injizieren. Als Kirk und Spock auf den Planeten beamen, stellen sie fest, dass Nazis auf diesem Planeten herrschen und Gill ihr Führer ist. Gill hat sein Wissen genutzt hat, um ein neues [[Nazi|Drittes Reich]] zu schaffen, in dem Glauben, eine gute und produktive Gesellschaft dadurch entstehen zu lassen. Jedoch lief dieser Versuch schief und der Ekosianer [[Melakon]] nutzt dies aus, um heimlich die Macht zu errgreifen und die [[Zeoner|Zeonisten]] vom Nachbarplanet [[Zeon]] auszulöschen. Erst durch Gills und Melakons Tod und dem Eingreifen von Spock und Kirk kann den Angriff auf Zeon beenden. ({{TOS|Schablonen der Gewalt}})

Kirk bekommt einige Zeit später den Auftrag, nach der [[USS Exeter (NCC-1672)|USS ''Exeter'']] zu suchen. Die ''Enterprise'' findet das Schiff im Orbit von [[Omega IV]]. Auf dem Schiff sind alle gestorben. Nur der Captain [[Ronald Tracey]] befindet sich auf den Planeten. Er weiß, dass seine Mannschaft durch Bakterien eines biologischen Krieges gestorben ist. Tracey meint, dass man durch diese Bakterien auf diesem Planet auch fast unsterblich wird. Er bricht die Oberste Direktive und mischt sich in die kulturelle Entwicklung der Bevölkerung ein und schreckt auch vor Mord nicht zurück. Kirk ist gezwungen ihn zu verhaften. ({{TOS|Das Jahr des roten Vogels}})