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Nachdem das Schiff auf eine cardassianische Raumsonde trifft, die eine unbekannte Sonde vernichtete, erkundigt sie sich bei Chakotay und B'Elanna, ob Seska etwas damit zu tun haben könnte. Jedoch verneint dies Torres und erklärt, dass sie beim Maquis die Sonde gestartet hat. Sie lässt die Sonde verfolgen und informiert den Premierminister von Rakosa V über die Situation. Nachdem Torres scheinbar die Sonde gestoppt hat, will Janeway diese untersuchen. Jedoch stellt sich heraus, dass Dreadnought Torres getäuscht hat. Der Versuch die Sonde mit Torpedos zu zerstören, scheitert. Da Dreadnought sich nicht überzeugen lässt, im Delta-Quadranten zu sein und die ''Voyager'' bei einem Angriff erheblich beschädigt wird, stimmt sie B'Elannas Plan zu, erneut auf die Sonde zu beamen. Als die rakosanische Flotte angreift, schließt sich die ''Voyager'' dem Angriff an. Da dieser Angriff ergebnislos verläuft, entschließt sich Janeway die ''Voyager ''zu evakuieren und Dreadnought zu rammen und so zu vernichten. Sie lässt die gesamte Besatzung evakuieren. Nur Tuvok verbleibt bei ihr auf der Brücke. B'Elanna gelingt es rechtzeitig Dreadnought zu zerstören, sodass Janeway die Selbstzerstörung abbrechen kann. Anschließend holen sie und Tuvok die Besatzung zurück auf das Schiff. ({{VOY|Der Flugkörper}})
[[Datei:Janeway gibt Quinns Wunsch sterblich zu werden statt.jpg|thumb|left|Janeway gibt Quinns Wunsch, sterblich zu werden statt.]]
Kurz darauf trifft die ''Voyager'' auf einen Kometen mit einer eigenartigen Flugbahn. Es stellt sich heraus, dass dieser ein Gefägnis der [[Q-Kontinuum|Q]] für [[Quinn]] ist. Nachdem sie erkennt, das es ein Q ist, gibt sie Roten Alarm. Quinn versetzt sich und den Captain jedoch augenblicklich ins Kasino. Dort hält er eine Ansprache, in der er bekundet Selbstmord begehen zu wollen. Als er es versucht, verschwinden alle Männer des Schiffes. Torres meldet sich bei Janeway, die sie daraufhin auf die Brücke beordert. Quinn kann unterdessen die Männer nicht zurückholen. Augenblicke später, teleportiert er sich und Janewy auf die Brücke. Quinn verabschidet sich und will gerade verschwinden, als [[Q (Individuum)|Q]] erscheint. Dieser lässt die Männer wieder erscheinen und will Quinn ins Gefängnis zurückbringen. Daraufhin versucht Quinn das Schiff im Urknall und in einem Weihnachtsbaum zu verstecken. Janeway über dieses Versteckspiel nicht erfreut. Daher setzt sie eine Anhörung an, um über den Asylantrag von Quinn zu entscheiden. Sie hört sich die Argumente beider Seiten an. In einer Verhandlungspause versucht Janeway Q zu überzeugen, Quinn wieder in das Kontinuum aufzunehmen. Q muss das jedoch ablehnen, da Quinn eine Gefahr für sich und Andere ist. Eines seiner Kunststücke hat nämlich den Hundertjährigen Krieg zwischen den Vulkaniern und Romulanern ausgelöst. Er bietet Janeway die Heimkehr zur Erde an, wenn sie im Sinne des Kontinuums entscheidet. Der Captain lehnt diesen Bestechungsversuch jedoch ab. Um einen Eindruck vom Leben im Kontinuum zu erlangen, besuchen sie dieses. Janeway gewinnt zunächst den Eindruck, dass die Q hier nicht unglücklich sind. Jedoch verdeutlicht ihr Quinn, dass die Unsterblichkeit eine Krankheit ist, da alles gesagt wurde. Daraufhin schließt Janeway die Beweisaufnahme und kündigt ihre Entscheidung für den nächsten Tag an. In der Nacht wird sie von Q in ihrem Quartier aufgesucht, der nochmals versucht ihre Meinung zu ändern. Einen Bestechungsversuch Qs lehnt sie ab und wirft ihn hinaus. Am nächsten Tag fällt sie ihre Entscheidung und gewährt Quinn Asyl. Sie beschwört Quinn, das neue Leben auszuprobieren. Er soll gut darüber nachdenken, bevor er sein neues Leben aufgibt. Jedoch nimmt Quinn kurz darauf ein tödliches Gift, dass Q ihm besorgt hat. ({{VOY|Todessehnsucht}})
Als die ''Voyager'' ein vidiianisches Schiff mit einer schwer kranken Frau entdeckt, lässt sie eine Rettungsmission einleiten. Während der Doktor die Frau behandelt, bespricht sie mit Chakotay, wie sie die Frau sicher ihrem Volk übergeben können. Außerdem kommt das Verhalten von Tom Paris in letzter Zeit zur Sprache. Chakotay bittet um ihren Rat, da Tom Paris ihr persönliches Besserungsprojekt gewesen sei. Sie lässt ihm in dieser Angelegenheit jedoch freie Hand. Nachdem Paris erneut zu spät zum Dienst erscheint und Chakotay ihn in sein Quartier schickt, attackiert er diesen. Janeway lässt Paris daraufhin von Tuvok in die Arrestzelle bringen. ({{VOY|Lebensanzeichen}})
[[Datei:Janeway und Tuvok erzählen Neelix eine Geschichte warum Paris das Schiff verlässt.jpg|thumb|left|Janeway und Tuvok erzählen Neelix, dass Pairs nicht der wahre Verräter ist.]]
Nachdem Neelix erfahren hat, dass Tom Paris das Schiff verlassen will und den Captain dazu interviewt, ruft sie Tuvok hinzu, um zu besprechen, was sie an Informationen herausgeben können. Nach Rücksprache sagt sie Neelix, dass Tom Paris das Schiff verlassen wird. Bei der ersten Lagebesprechung nach Toms Abschied, fragt sie Torres, ob ihr bewusst ist, dass die Kerntemperatur erhöht ist. Torres bejaht dies und informiert den Captain, dass sie daran arbeiten die magnetischen Konstriktoren neu auszurichten. Der Warpantrieb wird durch diesen Vorfall beschädigt und so lässt Janeway den Planeten [[Hemikek IV]] anfliegen, um Reparaturen durchführen zu können. Nachdem Neelix einem Verräter auf der ''Voyager'' auf die Spur kommt, bespricht Janeway diese Entedeckung mit ihm, Tuvok und Chakotay. Sie offenbart, dass Paris' Verhalten in den letzten Wochen nur gespielt war, um seine Entscheidung das Schiff zu verlassen plausibel erschienen zu lassen. Sie entschuldigt sich bei Chakotay dafür, dass sie ihn nicht eingeweiht hat, weil sie dachten der Täter wäre ein Maquis. Paris kann unterdessen fliehen und auf der Voyager entdeckt man, dass Michael Jonas der Verräter ist. Janeway schickt daraufhin ein Sicherheitsteam zum Maschinenraum. Jedoch kann dieses erst eingreifen, als Neelix Jonas bereits getötet hat. ({{VOY|Der Verräter}})
[[Datei:Zweimal Janeway.jpg|thumb|left|Janeway trifft auf sich selbst.]]
Während Samantha Wildman in den Wehen liegt, wartet sie mit den anderen Führungsoffizieren auf der Brücke. Janeway meint dabei, dass sie sich nicht sicher ist, ob sie das Kind beglückwünschen oder sich bei ihm entschuldigen soll. Dabei wird ein vidiianisches Sternensystem entdeckt. Um unerkannt an diesen vorbeizukommen, lässt Janeway Kurs auf eine Plasmaströmung nehmen. Dort wird das Schiff jedoch schwer beschädigt. Janeway gelingt es Notmaßnahmen zu ergreifen, ehe sie die Brücke evakuieren muss. Anschließend findet eine Besprechung statt, bei der sie Torres anweist, eine Kommunikationsmöglichkeit mit dem anderen Schiff zu finden. Dies gelingt ihnen und sie informieren sie. Der Captain des beschädigten Schiffes, will ihr Schiff opfern, um die andere ''Voyager ''zu retten. Dieses Paradoxon bespricht sie später mit Tuvok. ({{VOY|Die Verdoppelung}})
[[Datei:Treffen auf der Oberfläche des Crysata-Mondes.jpg|thumb|left|Janeway erfährt, dass der Lebenszyklus der Drayaner umgekehrt abläuft.]]
Bald darauf nimmt die ''Voyager'' Kontakt mit den Führern von [[Drayan II]] auf. Mit Chakotay empfängt sie die Gesandte [[Alcia]] und ihren Begleiter und zeigt ihnen das Schiff. Die Drayaner müssen jedoch ihren Besuch vorzeitig abbrechen, da eines ihrer Schiffe vermisst wird. Die ''Voyager'' wird zum Verlassen des Planeten aufgefordert und leistet dem Folge. Jedoch kehrt eines ihrer Shuttle nicht zurück und muss gesucht werden. Bei dieser Mission treffen sie auf ein drayanisches Raumschiff mit Alcia. Diese warnt sie den Planeten zu betreten. Daher versuchen sie Tuvok mit den Sensoren zu orten, was zunächst misslingt. Jedoch kann Tuvok Kontakt mit der ''Voyager'' aufnehmen. Daraufhin kontaktiert sie Alcia und bietet eine gemeinsame Rettungsoperation an. Alcia weist es zurück, da der Mond heilig ist. Janeway begibt sich daraufhin mit Paris in einem Shuttle zur Oberfläche. Dort treffen sie auf Tuvok, Tressa und Alcia. Diese klärt sie auf, dass ihr Alterungsprozess anders verläuft und sie hier in Gestalt von Kindern sterben. Sie beschließen, einen Neuanfang in ihren Beziehungen zu versuchen. ({{VOY|Unschuld}})
[[Datei:Janeway erreicht die Freilassung ihrer Leute.jpg|thumb|left|Janeway erreicht die Freilassung ihrer Leute.]]
Nach der Ankunft bei der [[Heimatwelt der Kohl|Kohl-Heimatwelt]], ruft sie alle Führungsoffiziere auf die Brücke. Sie lässt den Planeten scannen. Kurz darauf empfängt man eine automatische Nachricht, in der sie der [[Kohl]] [[Viorsa]] informiert, dass es Überlebende in Stasiskapseln gibt, die nicht gestört werden wollen. Da die Aufwachzeit bereits überschritten ist, beschließt Captain Janeway die Kapseln an Bord zu beamen und näher zu untersuchen. Gemeinsam mit Kim und Kes untersucht sie die Stasiskapseln. Sie erkennen, dass die Stasiskapseln mit einem Computerprogramm verbunden sind, dass den Verstand der Insassen wach und aktiv hält. Man beschließt die Insassen aufzuwecken, indem mithilfe der beiden leeren Kapseln zwei Offiziere in die Simulation hineingehen und dort das kapselinterne Abbruchprogramm initiieren. Dies scheitert jedoch und Janeway versucht mit ihren Leuten herauszufinden, weshalb das so ist. Der Versuch sie zu befreien, scheitert, da der Rückrufbefehl von innen aufgehoben wird. Einige Zeit später, erwacht Torres und überbringt dem Captain die Forderungen des [[Der Clown|Clowns]], der die Kontrolle über die Simulation übernommen hat. Janeway bespricht daraufhin die Situation mit den Führungsoffizieren. Man entschließt sich die Geiseln zu befreien. Dazu muss jedoch der Clown abgelenkt werden, weshalb Janeway die Frage stellt, wie man mit einer Emotion verhandelt. Sie meint, man müsse einen Schwachpunkt finden, um die Angst zu überlisten. Der Doktor überbringt dem Clown den Vorschlag, ein simuliertes Gehirn zu erhalten. Die ablehnende Reaktion des Clowns überbringt der Doktor dem Captain. Jedoch überbringt er auch Viosas versteckten Hinweis, wie man den Clown besiegen kann. Dieser Versuch scheitert jedoch und Viosa wird vom Clown hingerichtet. Sie bespricht die Situation mit dem Doktor. Sie fragt, was für die Angst der Höhepunkt sein könnte. Daraufhin bietet sie sich selbst als Geisel an. Sie wird im Austausch für die anderen in die Simulation gebracht. Jedoch wird nur ein Bild des Captains projiziert, was sie ihm nach der Befreiung der Geiseln offenbart. Sie offenbart ihm, dass er besiegt wurde. ({{VOY|Das Ultimatum}})
[[Datei:Tuvix an der taktischen Konsole.jpg|thumb|left|Janeway ist von Tuvix' Herangehensweise begeistert.]]
Nachdem Tuvok und Neelix bei einem Transporterunfall vereinigt werden, spricht sie mit der neuen Lebensform, die sich [[Tuvix]] nennt. Er möchte den Dienst schnellstmöglich wieder aufnehmen. Da der Doktor keine Einwände hat, lässt sie ihn am Briefing der Führungsoffiziere teilnehmen. Bei dieser Besprechung, kann zumindest geklärt werden, wie Tuvix entstehen konnte. Später sucht Kes das Gespräch mit ihr. Sie meint, dass sie nicht bereit ist Neelix aufzugeben. Nachdem es dem Doktor und Harry nach mehreren Wochen gelingt, ein Verfahren zu entwickeln, um die DNA-Stränge der beiden Lebensformen zu trennen, spricht sie mit Tuvix. Sie will ihn wieder trennen. Da Tuvix dies ablehnt, diskutiert sie mit ihm. Er spricht auch mit Kes, aber sie kann sich beim Captain nicht für ihn einsetzen, auch wenn Tuvix es nicht verdient hat zu sterben. Letztlich entscheidet sie sich, die beiden wieder zu trennen. Sie selbst bedient die Transporterkontrollen bei diesem Vorgang, da der Doktor es nicht mit seinen ethischen Subroutinen vereinbaren kann. ({{VOY|Tuvix}})
[[Datei:Janeway und Chakotay nähern sich an.jpg|thumb|left|Janeway und Chakotay kommen sich näher.]]
Nachdem Captain Janeway und Chakotay auf [[Neue Erde|einem Planeten]] mit einer tödlichen Krankheit infiziert werden, welche auf dem Planeten jedoch nicht zum Ausbruch kommt, müssen die beiden zurückgelassen werden, da es dem Doktor, trotz 17-tägiger Arbeit nicht möglich ist ein Heilmittel zu finden. Er sieht nur die Möglichkeit, mit den Vidiianern in Kontakt zu treten. Dies lehnen Janeway und Chakotay jedoch als zu riskant ab. Sie überträgt daher Tuvok das Kommando über das Schiff und befiehlt ihm Richtung Alpha-Quadrant zu fliegen. In einer letzten Ansprache verabschiedet sie sich von der Besatzung. Auf dem Planeten stellt sie Insektenfallen auf und versucht das Insekt zu fangen, dass sie infiziert hat. Am Abend nimmt sie zur Entspannung ein Bad. Dabei entdeckt sie einen Primaten im Wald, der sie beobachtet. Chakotay weist sie darauf hin, dass sie jeden Tag zwölf Stunden lang an einem Heilmittel arbeitet und meint, dass es aussichtslos ist. Janeway entgegnet ihm, dass sie weitersuchen muss. Sie trifft erneut auf [[Neue-Erde-Primat|den Primaten]], der einen heranziehenden Sturm wittert und sie warnt. Janeway eilt zum Haus zurück und wird von Chakotay zurückgebracht. Durch den Sturm wird ihre wissenschaftliche Ausrüstung zerstört und sie akzeptiert allmählich, dass sie für immer auf diesem Planeten bleiben müssen. Allmählich kommen sie und Chakotay sich näher. Sie pflanzt [[talaxianische Tomate]]n an und hofft, dass diese nicht von einem Sturm zerstört werden. Chakotay zeigt ihr bei dieser Gelegenheit seine Pläne für ein [[Schiff|Boot]], mit dem sie den Fluss hinabfahren könnten. In diesem Moment meldet sich Tuvok über den Kommunikator und meldet, dass sie ein Heilmittel haben und in 30 Stunden eintreffen werden. Daher packen sie ihre Ausrüstung zusammen und werden zurückgebeamt. Sie stellt Tuvok wegen der Befehlsverweigerung zur Rede und meint, dass seine Reaktion beinahe emotional war. Anschließend checkt sie die Systeme und das Schiff fliegt wieder in Richtung Erde. ({{VOY|Entscheidungen}})
[[Datei:Kathryn Janeway und B'Elanna Torres sehen der Voyager nach.jpg|thumb|left|Janeway und Torres sehen der ''Voyager'' nach.]]
Nachdem man einen Notruf von Seska auffängt, in dem sie Chakotay um Hilfe bittet, da Culluh sie versoßen habe, als er sah, dass das Baby nicht von ihm ist. Janeway diskutiert mit Chakotay, ob sie auf den Notruf reagieren sollen oder nicht. Chakotay soll darüber nachdenken und ihr seine Entscheidung mitteilen. Als er sich dazu entschließt das Kind und Seksa zu befreien, plant Janeway mit den Führungsoffizieren eine Befreiungsaktion. Kurz darauf werden sie von einem kleinen Nahkampfschiff der Kazon angegriffen, dass geringe Schäden an den sekundären Kommandoprozessoren verursacht. Diese Angriffe setzen sich in den nächsten Tagen fort. Auch spricht sie mit Lon Suder über dessen Bitte, Experimente durchführen zu können. Diese möchte sie zunächst überdenken, worauf Suder ungeduldig reagiert. Kurze Zeit später wird die ''Voyager'' von den Kazon angegriffen. Janeway versucht sich den Weg freizukämpfen. Dies ist auch relativ erfolgreich, bis Tierna ein Selbstmordattentat verübt und einen Ausfall der sekundären Kommandoprozessoren fühlt. Nachdem das Schiff von den Kazon geentert wird, will sie die Selbstzerstörung einleiten. Dies ist jedoch nicht möglich, da die sekundären Kommandoprozessoren beschädigt sind. Daraufhin werden sie von den Nistrim gefangen genommen. Sie fragt Maje Culluh, was nun passieren soll. Daraufhin schlägt dieser sie zu Boden und meint, dass sie als Frau ihm nichts zu sagen habe. Anschließend wird sie mit der Besatzung auf dem[[ Hanon-Planet]]en ausgesetzt. Dort organisiert sie zunächst Suchtrupps, während die ''Voyager'' den Planeten verlässt. ({{VOY|Der Kampf ums Dasein, Teil I}})
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[[Datei:Kim, Torres und Janeway planen die Befreiung von Kes.jpg|thumb|left|Janeway, Torres und Kim planen die Befreiung von Kes.]]
Auf der Planetenoberfläche leitet sie ein Team, das eine Höhle untersucht. Dieses wählt sie als Lagerplatz aus. Bei der anschließenden Untersuchung der Höhle wird Hogan von einem Reptil gefressen. Als Neelix ihr meldet, dass keines der Suchteams eine Pflanze mit einem Nährwert entdecken konnte, weist sie die Besatzung an jeden Stein umzudrehen und notfalls Würmer zu essen. Da es niemandem gelingt ein Feuer zu entfachen, kommt Chakotay auf die Idee Haare als Feueranzünder zu verwenden. Daher lässt sich Janeway einige ihrer Haare abschneiden. So gelingt es ein Lagerfeuer zu entzünden. Jedoch wird kurz darauf Kes von Einheimischen entführt. Daher schickt sie Tuvok mit einem Rettungsteam los, um Kes zu befreien. Dieses wird jedoch von den Einheimischen in einer Höhle eingeschlossen. Daher führen Torres, Ayala und ein Besatzungsmitglied ein Ablenkungsmanöver durch, damit Janeway und die anderen den Höhleneingang freiräumen können. Nachdem ein Vulkan ausbricht, treffen sie wieder auf die Eingeborenen. Nachdem Chakotay eine von ihnen von einem von Lava umgebenen Felsen gerettet hat, zeigen diese ihnen einen Weg. So kann sich die Besatzung in Sicherheit bringen. Nachdem die Talaxianer das Schiff mit Tom Paris zurückerobert haben, wird sie mit den anderen Offizieren empfangen. ({{VOY|Der Kampf ums Dasein, Teil II}})
[[Datei:Tuvok schenkt Sulu vulkanischen Tee ein.jpg|thumb|left|Janeway beobachtet Tuvoks Erinnerungen an die ''Excelsior''.]]
Kurz darauf entdeckt man ein großes Vorkommen an [[Sirillium]]. Daraufhin will Janeway Frachtraum 2 in eine Raffinerie umbauen. Daher weist sie Neelix an, seine Vorräte von dort zu entfernen. Wenig später hat Tuvok gesundheitliche Beschwerden. Um die Ursache herauszufinden, lässt sie Kim die Sensorenlogbücher überprüfen. Als Tuvok einen erneuten Anfall erleidet, spricht Janeway mit dem Doktor. Tuvoks Symptome werden scheinbar durch eine unterdrückte [[Erinnerung]] ausgelöst, die ins Bewusstsein zurückgeholt werden muss. Dazu ist eine Geisteverschmelzung mit einem Familienmitglied erforderlich. Da Janeway für Tuvok auf der ''Voyager'' einem Familienmitglied am nächsten kommt, entschließen sie sich die Geistesverschmelzung durchzuführen. Sie fungiert dabei als Tuvoks [[Pyllora]], seine Führerin. Sie fungiert nur als Beobachterin im Bewusstsein. Durch die Geistesverschmelzung erlebt sie Tuvoks Dienst auf der [[USS Excelsior|USS ''Excelsior'']]. Sie versucht herauszufinden, wo die Verbindung zwischen dem Schiff und dem Mädchen ist. Als das Schiff den Azure-Nebel erreicht, wird die Verbindung durch einen Anfall Tuvoks unterbrochen. Bevor sie fortfahren können, muss der Doktor zunächst Tuvok behandeln. Inzwischen studiert sie die Logbücher der ''Excelsior''. Sie findet jedoch keine Informationen, da Sulu sie nicht verzeichnet hat. Bei der nächsten Verschmelzung erfährt sie mehr über Tuvoks Gründe die Sternenflotte zu verlassen und wieder zurückzukehren. Durch die Geistesverschmelzung erlebt sie einen Kampf der USS'' Excelsior'' mit einem klingonischen Schiff. Sie erfährt, dass der Tod [[Dmitri Valtane]]s der entscheidende Punkt ist. Bei einer erneuten Verschmelzung zieht sie die Kleidung von Janice Rand an, um unerkannt auf der Brücke bleiben zu können. Als Valtane stirbt, geht das Virus offenbar auf Tuvok über. Es gelingt dem Doktor das Virus zu identifizieren und zu vernichten. Dadurch erwachen die beiden auch aus der Geistesverschmelzung. Anschließend spricht sie mit Tuvok über die alten Zeiten. ({{VOY|Tuvoks Flashback}})
[[Datei:Janeway und Tuvok befreien Kim und Paris.jpg|thumb|left|Janeway und Tuvok befreien Kim und Paris.]]
Als Tom Paris und Harry Kim auf [[Akritiri]] nach einem Bombenanschlag vermisst werden, lässt sie Tuvok nach ihnen Scannen. Dies bleibt jedoch erfolglos. Kurz darauf wird die Voyager von Botschafter [[Liria]] kontaktiert. Dieser informiert den Captain darüber, dass sie vermuten, dass der Sprengstoff für den Anschlag von der ''Voyager'' stammt. Daher lässt er zwei Raumschiffe die ''Voyager'' abfangen und erklärt sie für beschlagnahmt. Janeway lässt daraufhin die ''Voyager'' in eine sichere Position fliegen. Um die Unschuld von Harry und Tom zu beweisen, macht man sich auf die Suche nach der Quelle des [[Paralithium]]s, welches für den Anschlag verwendet wurde. So trifft man auf ein Raumschiff mit zwei jungen Akritirianern. Da diese die Kommunikation einfach abbrechen und die Sensoren Anzeichen von Paralithium anzeigen, lässt Janeway die beiden Insassen an Bord beamen. In ihrem Bereitschaftsraum befragt sie [[Vel]] und [[Piri]]. Nachdem sie droht, beide an die Akiritianer auszuliefern, bittet Vel Janeway Piri freizulassen. Sie nimmt jedoch Kontakt mit den Akritirianern auf und will mit ihnen verhandeln. Der Botschafter informiert sie darüber, dass die Urteile unaufhebbar sind und beendet die Kommunikation. Sie spricht erneut mit Vel und überzeugt ihn, sie zum Gefängnis zu bringen. Sie selbst dringt mit Tuvok über die Rutsche in das Gefängnis ein und befreit Harry und Tom. ({{VOY|Das Hochsicherheitsgefängnis}})
Bei einem Talenteabend spielt Janeway den "sterbenden Schwan". Chakotay ist davon begeistert und lobt ihre Darbietung am nächsten Tag. Sie schlägt daraufhin vor, dass er auch teilnimmt, wovon Chakotay nicht begeistert ist. Die beiden fliegen mit einem Shuttle zu einer Außenmission und müssen auf einem Planeten notlanden. Dabei wird Janeway schwer verletzt und halluziniert. Sie denkt zunächst, dass sie von Vidiianern angegriffen werden. Später ist sie auf der ''Voyager'' und es gibt keine Spur von den Vidiianern. Anschließend erkrankt sie an der Fresszelle und wird vom Doktor behandelt. Dieser leistet Sterbehilfe und sie findet sich mit Chakotay im Shuttle wieder. Anschließend ist sie auf dem Planeten sieht wie Chakotay erfolglos versucht ihren Körper auf dem Planeten wiederzubeleben. Sie folgt ihnen auf das Schiff. Dort begegnet sie [[Janeway (Fremde Präsenz)|einer Person]], die die Gestalt ihres Vaters angenommen hat. Dieser versucht sie zu überzeugen, dass sie tot ist. Ihr eigenes Bewusstsein sei nicht bereit ihren [[Tod]] zu akzeptieren. Jedoch hat Janeway erhebliche Zweifel. Auch nachdem sie ihre eigene Trauerfeier erlebt, ist sie noch nicht überzeugt. Sie entschließt sich dort zu bleiben. Als sie kurzzeitig wiederbelebt werden kann, erkennt sie, dass sie sterbend auf dem Planeten liegt und dies eine [[Halluzination]] ist. Sie erkennt, dass die Person nicht ihr Vater ist, sondern ein fremdes Wesen, dass sie in seine [[Matrix]] locken will. Janeway weigert sich ihm in seine Matrix zu folgen. Daraufhin verschwindet die fremde Präsenz wieder und Janeway kommt wieder zu sich. Nach ihrer Rückkehr auf das Schiff berichtet sie Chakotay von ihren Erlebnissen und begibt sich mit ihm auf das Holodeck um ihre Rettung mit einer [[Flasche]] [[Champagner]] zu feiern. ({{VOY|Der Wille}})
[[Datei:Janeway und Chakotay entdecken einen toten Borg.jpg|thumb|left|Janeway und Chakotay entdecken einen toten Borg.]]
Als Vorik das [[Pon Farr]] durchlebt, stellt er eine telepathische Verbindung mit B'Elanna Torres her. Dadurch erlebt sie ebenfalls ein Pon Farr, während sie auf einer Außenmission ist. Nachdem der Doktor Vorik scheinbar mit einer Holodecktherapie erfolgreich behandelt hat, erkundigt sich Janeway, ob diese Therapie auch Torres helfen kann, was er bejaht. Das Außenteam wird unterdessen von den [[Sakari]] gefangen genommen, die sie für Invasoren halten. Nach Verhandlungen wird das Außenteam freigelassen und Janeway erklärt sich bereit, die Ruinen auf der Oberfläche zu entfernen. Bei diesen Arbeiten entdeckt man einen skelettierten Borg, worüber Janeway von Chakotay informiert wird. ({{VOY|Pon'Farr}})
[[Datei:Janeway fragt sich, wie lange die Kooperative nicht von ihrer Macht korrumpiert wird.jpg|thumb|Janeway fragt sich, wie lange die Kooperative nicht von ihrer Macht korrumpiert wird.]]
Nachdem das Schiff auf einen driftenden [[Borg-Kubus]] trifft, lässt Janeway diesen untersuchen, da dies eine einmalige Gelegenheit ist, etwas über die Borg-Technologie zu erfahren. Als Chakotays Shuttle überfällig ist, suchen sie diesen. Nachdem er Kontakt mit dem Schiff aufnimmt, treffen sie auf die Kooperative. Eine kleine Gruppe ehemaliger Borg will kooperativ zusammenarbeiten und dafür das kollektive Bewusstsein wiederherstellen. Doch Janeway steht diesem Vorhaben skeptisch gegenüber. Angesichts der Gefahr, dass das Kollektiv hierher gelockt wird, muss sie das Vorhaben ablehnen. Nachdem die Kooperative Chakotay dazu bringt, zum Kubus zu fliegen, um das kollektive Bewusstsein auf dem Planeten wiederherzustellen, lässt sie einen Abfangkurs setzen. Dies können sie nicht verhindern. Als der Kubus die ''Voyager'' angreift, wird er von der [[Kooperative]] zerstört. Anschließend spricht sie mit Chakotay. Sie haben sie ziehen lassen, den Kubus zerstört und Chakotay freigelassen. Dies spricht laut Janeway für sie. Jedoch gibt Chakotay zu bedenken, dass sie nicht zögerten ihm ihren Willen aufzuzwingen und fragt, wie lange sie ihre Ideale angesichts einer solchen Macht bewahren können. ({{VOY|Die Kooperative}})
[[Datei:Janeway berät Kes bei ihrer Entscheidung.jpg|thumb|left|Janeway berät Kes bei ihrer Entscheidung.]]Als sie den [[Mikhal-Traveler]]n begegnen, unterhält sich Janeway mit [[Nakahn]] in einer Bar. Dieser berichtet ihr, wie er einmal mit seinem Schiff auf einem Mond landete, der sich angeblich als riesige Lebensform herausstellte. Sie werden von Kes und [[Zahir]] unterbrochen, woraufhin die beiden Männer aneinander geraten. Nach diesem Vorfall spricht Kes mit Janeway darüber das [[Sylleranisches Riff|sylleranische Riff]] mit Zahir zu erforschen. Sie versichert Janeway, dass sie zeitnah zurückkehren wird. Der Captain überlässt daher Kes die Entscheidung. Nachdem Zahir angegriffen und dabei verletzt wird, unterstützt Tuvok die Ermittlungen. Wenig später informiert er Janeway über seine Ergebnisse. Als sie sich auf die Krankenstation begeben, entdecken sie die bewusstlose B'Elanna Torres. Sie aktiviert das MHN und lässt ihn behandeln. Nachdem der [[Neuer Meister|Neue Meister]], welcher die Kontrolle über den Doktor übernommen hat, mit Kes das Schiff verlassen hat, lässt sie die beiden rufen. Als niemand antwortet, lässt sie den Doktor lokalisieren und veranlasst die Mikhal-Traveler die Region abzuriegeln, in die der Doktor geflohen ist. Er kann schließlich von Tuvok gestellt werden, stürzt sich aber mit Kes in einen Abgrund, kann allerdings hochgebeamt werden. ({{VOY|Charakterelemente}})
[[Datei:Janeway befiehlt die Zerstörung eines Asteroiden.jpg|thumb|Janeway befiehlt die Zerstörung eines Asteroiden.]]
Bald darauf unterstützt die ''Voyager ''die [[Nezu]] dabei, einen [[Asteroid]]en zu zerstören, der auf ihre Heimatwelt zufliegt. Jedoch gelingt es nicht den Asteroiden zu vaporisieren. Stattdessen zerbricht er in einzelne Teile. Wenig später wird das Schiff von Dr. [[Vatm]] kontaktiert, der etwas wichtiges entdeckt hat. Da die Verbindung zu ihm abbricht, schickt Janeway ein Außenteam, bestehend aus Tuvok, Paris und Neelix herunter. Unterdessen nähert sich ein weiterer Asteroid dem Planeten. Dieser entpuppt sich allerdings als fremdes Raumschiff. Nachdem die ''Voyager'' im Kampf zunächst beschädigt wird, kann Tuvok mithilfe einer Datenvorrichtung, welche er und Neelix auf dem Planeten entdeckt haben, die Waffen an die Schildmodulation der [[Etanianer]] anpassen und so das Schiff zum Rückzug zwingen. ({{VOY|Die Asteroiden}})
[[Datei:Janeway befragt Kim, weil er eigenmächtig das Feuer eröffnet hat.jpg|thumb|left|Janeway befragt Kim, weil er eigenmächtig das Feuer eröffnet hat.]]Beim Erstkontakt mit den [[Nasari]], eröffnet Harry Kim das Feuer auf deren Raumschiff. Sie suspendiert ihn umgehend vom Dienst. Aufgrund der Schäden, die die Voyager im darauffolgenden Kampf erleidet, lässt sie einen Fluchtkurs setzen. Jedoch fällt der Antrieb der ''Voyager'' aus. Das Schiff kann letztlich entkommen und sie suspendiert Kim vom Dienst. Einige Stunden später zeigen sich physiologische Veränderungen bei Kim, die der Doktor vorerst nicht erklären kann. Am nächsten Tag meldet er sich in Janeways Raum und übernimmt die volle Verantwortung für den Vorfall. Janeway informiert ihn jedoch darüber, dass die Nasari tatsächlich ihre Waffen aktiviert hatten. Kurz darauf werden sie von Tuvok auf die Brücke gerufen, weil sich drei weitere Nasari-Schiffe nähern. Sie lässt daraufhin, aufgrund eines Instinkts von Kim, Kurs auf [[Taresia]] setzen. Ein [[taresianisches Raumschiff]] kommt ihnen zu Hilfe und vertreibt die Nasari. Mit Kim, Tuvok und Paris beamt sie auf Taresia und nimmt Kontakt mit den [[Taresianer]]n auf. Sie werden darüber informiert, dass die Taresianer ihre DNA in Frauen anderer Spezies einpflanzen und von anderen Müttern ausgetragen werden. Kim entschließt sich vorerst auf dem Planeten zu bleiben. Janeway will inzwischen mit den Nasari verhandeln. Auf dem Schiff, wird sie vom Doktor informiert, dass die Taresianer offenbar die Wahrheit erzählen. Bei den Verhandlungen mit den Nasari, erfährt sie, dass niemand der nach Taresia nach Hause kommt, zurückkehrt. Er kündigt an sie anzugreifen, wenn ein Taresianer an Bord ist. Daraufhin kehren sie nach Taresia zurück und müssen feststellen, dass der Planet mit einem Polarongitter umgeben ist. Ihre Kommunikation wird blockiert. Es gelingt ihnen das Gitter der Taresianer zu durchdringen und Kim an Bord zu beamen. Da es zu einem Kampf zwischen Taresianern und Nasari kommt, kann die ''Voyager ''entkommen. ({{VOY|Die neue Identität}}){{Alternative Zeitlinie|In einer [[Alternative Zeitlinie|alternativen Zeitlinie]] stirbt sie, während des [[Jahr der Hölle|Jahres der Hölle]] bei einem Angriff der [[Krenim]]. ({{VOY|Temporale Sprünge}})}}Als man Kontakt mit einer [[Raumstation]] der [[Vostigye]] aufnehmen will, muss man feststellen, dass diese zerstört wurde. Die Untersuchung ergibt, dass dies durch einen Astralwirbel geschehen ist, der auch die ''Voyager'' bedroht. Dabei wird Tom Paris durch einen Astralwirbel gezogen. Janeway und Torres entwickeln einen Plan, wie Paris zurückkehren kann. Dieser wird erfolgreich durchgeführt. ({{VOY|Das wirkliche Leben}})
Als man Kontakt mit einer [[Raumstation]] der [[Vostigye]] aufnehmen will, muss man feststellen, dass diese zerstört wurde. Die Untersuchung ergibt, dass dies durch einen Astralwirbel geschehen ist, der auch die ''Voyager'' bedroht. Dabei wird Tom Paris durch einen Astralwirbel gezogen. Janeway und Torres entwickeln einen Plan, wie Paris zurückkehren kann. Dieser wird erfolgreich durchgeführt. ({{VOY|Das wirkliche Leben}})
[[Datei:Janeway wird von den Voth verhört.jpg|thumb|Janeway wird von den Voth verhört.]]
Nachdem auf dem Schiff zwei [[Voth]]-Wissenschaftler entdeckt werden, die sich getarnt auf dem Schiff eingeschleust haben, lässt sie diese mit einem Kraftfeld einschließen und befragt sie. Daraufhin beamt sich Forra Gegen mit Chakotay weg. Janeway befragt den anderen und dieser versetzt sich in einen [[Winterschlaf]]. Wenig später informiert der Doktor den Captain, dass die DNA des Fremden, mit der von Spezies von der Erde identisch ist. Die ''Voyager'' wird von den Voth geentert und unter Kontrolle gebracht. Während sie von einem Voth befragt wird, sabotiert Paris das Schiff. Unterdessen werden Chakotay und Forra Gegen verhört. Als Gegen seinen Lehren unter Drohungen abschwört, wird die ''Voyager'' freigelassen und darf ihre Reise fortsetzen. ({{VOY|Herkunft aus der Ferne}})
[[Datei:Janeway überzeugt Jarleth ihnen zu helfen.jpg|thumb|left|Janeway überzeugt Jarleth ihnen zu helfen.]]
Kurze Zeit später, erscheint ein [[Nyrianer]] auf der ''Voyager'', der zunächst angibt, nicht zu wissen, wie er an Bord gelangte. Janeway befragt ihn und will ihm helfen in seine Heimat zurückzukehren. Man erkennt, dass er gegen Kes ausgetauscht wurde. Immer mehr Besatzungsmitglieder verschwinden. Janeway lässt die Nyrianer in den Frachträumen und Shuttlerampen internieren. Nachdem sie selbst transportiert wird, erkennt sie, dass die Nyrianer die ''Voyager'' übernehmen wollen. Im Internierungslager bespricht sie die Lage mit Tuvok. Als ein anderer Gefangener Jarlath aus einem anderen Habitat erscheint, verhandelt sie mit ihm. Sie suchen nach weiteren Portalen zu anderen Habitaten. Zusammen mit Torres und Paris gelangt er so in einen Kontrollraum, welcher Portale zu verschiedenen Habitaten enthält. Mithilfe des Übersetzungsalgorithmus der ''Voyager'' kann Janeway auf die Informationen zugreifen. Als sie einen Plan des Komplexes sucht, stößt sie auf SIcherheitscodes, die Tuvok überwinden kann. Sie erkennen, dass sie auf einem Schiff sind. Beim Versuch auf die Daten zuzugreifen, lösen sie einen Alarm aus. Sie gelangen in einen Tunnel und findden das Computersystem. Janeway versucht darauf zuzugreifen. Nachdem es ihnen gelingt, entdecken sie Paris und Torres im [[Argala]]-Habitat. Sie erkennen, dass die dortige Umgebung langfristig tödlich für Paris und Torres ist. Sie kann sie zurück ins Habitat der Föderation beamen und so retten. Anschließend beamt sie die Nyrianer in das Argala-Habitat und verlangt ihre Kapitulation. Angesichts der Umweltbedingungen kapitulieren die Nyrianer und die ehemaligen Gefangenen werden von ihren Völkern nach Hause geholt. ({{VOY|Translokalisation}})
[[Datei:Janeway sabotiert Seskas Hologramm.jpg|thumb|Janeway sabotiert Seskas Hologramm.]]
Als das Holoprogramm [[Rebellion Alpha]] unter der Mannschaft sehr beliebt wird, welches eine Rebellion des Maquis auf der ''Voyager'' zum Inhalt hat, spricht Janeway dies bei einem Treffen der Führungsoffiziere an. Dort offenbart sich Tuvok als Autor und empfiehlt, das Programm zu löschen, was Janeway jedoch als nicht notwendig erachtet. Durch eine von Seska verursachte Fehlfunktion geraten Tuvok und Paris in Lebensgefahr. Janeway versucht ebenfalls, das Programm umzuschreiben, um den beiden zu helfen. So lässt sie den beiden einen [[Plasmalöscher]] zukommen. Die Versuche des Programms, ihre Rettungsversuche zu kompensieren, umgeht Janeway, indem sie eine Fehlfunktion in das Phasergewehr programmiert, mit dem Seska Paris und Tuvok erschießen will. Dadurch stirbt sie und die Simulation wird beendet. Anschließend stößt Janeway im Kasino mit den Führungsoffizieren auf die erfolgreiche Rettung von Tuvok und Paris an. ({{VOY|Rebellion Alpha}})
[[Datei:Captain Janeway und Leonardo da Vinci.jpg|thumb|left|Janeway holt sich Ratschläge von Leonardo da Vinci.]]In ihrer Freizeit spielt sie ein Holoprogramm mit [[Leonardo da Vinci (Hologramm)|Leonardo da Vinci]]. Sie überzeugt ihn, in seiner Werkstatt arbeiten zu dürfen. Sogleich kann sie ihm auch bei seiner Maschine helfen. Sie wird jedoch von Chakotay und Torres in den Maschinenraum gerufen. Torres und Chakotay informieren sie, dass die Borg eine ihrer Langstreckensonden assimiliert haben. Bei der anschließenden Besprechung der FÜhrungsoffizierie, informiert sie diese, das sie eine Zone entdeckt haben, die frei von Borgaktivität ist, die [[Nordwest-Passage]]. Man bereitet sich vor. Als man auf eine Borg-Armada trifft, ignoriert diese die ''Voyager''. Daraufhin lässt Janeway Kim die Armada mit den Sensoren überwachen. Sie liest unterdessen alle Aufzeichnungen aller Sternenflottencaptains, die auf die Borg getroffen sind. Bald darauf wird sie von Tuvok auf die Brücke gerufen. Die Warpsignaturen der Borg-Schiffe haben geendet. Als man dort eintrifft, entdeckt man ein Trümmerfeld der Borg. Ein Außenteam untersucht ein Wrack. Dabei werden sie jedoch von einem Mitglied von Spezies 8472 angegriffen. Dessen Schiff beschießt anschließend auch die ''Voyager'', welche jedoch entkommen kann. Durch Kes' telepathische Fähigkeiten erfährt sie von den Absichten von Spezies 8472. Sie spricht anschließend mit Chakotay. Sie ist überzeugt, eine Alternative finden zu können. Daher sucht sie in der Nacht das Holodeck auf. Dort berichtet Leonardo da Vinci, dass er manchmal die Welt um sich herum versinkt. Anschließend möchte er wissen, wieso sie zu ihm gekommen ist. Sie berichtet von ihrer Lage und der fehlenden Lösung. Seinen Vorschlag zu beten, lehnt sie ab. Allerdings bringt sie eine Relexion von Kerzenlicht an der Wand dazu, über eine Absprache mit den Borg nachzudenken. Die Führungsoffiziere stimmen dem weitestgehend zu und machen sich an die Vorbereitungen. Nachdem die anderen gegangen sind, spricht Chakotay mit ihr. Er hält dieses Vorhaben für einen Fehler. Sie nehmen dennoch Kontakt mit den Borg auf. Janeway verhandelt mit den Borg. Sie erreicht, dass sie gemeinsam eine Waffe entwickeln können. Ihre Verhandlungen werden jedoch unterbrochen, als Schiffe von Spezies 8472 angreifen und einen Planeten der Borg zerstören. Der Kubus nimmt daraufhin die ''Voyager'' mit dem Traktorstrahl ins Schlepp und flieht. ({{VOY|Skorpion, Teil I}})
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[[Datei:Kampf zwischen Janeway und Chakotay.jpg|thumb|Janeway und Chakotay streiten über das weitere Vorgehen.]]
Janeway informiert daraufhin Chakotay über Subraumfunk, dass sie eine Vereinbarung mit den Borg getroffen hat. Sie wird auf dem Kubus zusammen mit den Borg an einer Waffe gegen Spezies 8472 arbeiten, während beide Schiffe in Richtung Alpha-Quadrant fliegen. Tuvok beamt auf den Kubus, um mit Janeway an einer Waffe zu arbeiten. Sie spricht mit Seven of Nine und erfährt, dass sie menschlich war. Chakotay informiert sie kurz darauf, dass die Fremden versuchen in Kes' Gehirn einzudringen. Als ein Schiff von Spezies 8472 die ''Voyager'' angreift, opfern die Borg ihren Kubus um dieses zu zerstören. Janeway wird dabei durch eine Energieentladung schwer verletzt. In letzter Sekunde werden Janeway, Tuvok und einige Borg auf die ''Voyager'' gebeamt. Dort wird sie vom Doktor behandelt und Chakotay übernimmt vorübergehend das Kommando. Als sie wieder zu sich kommt, diskutiert sie mit Chakotay über ihr Verhalten gegenüber Spezies 8472. Sie werden von Seven of Nine zu einem Angriff im [[Fluider Raum|fluiden Raum]] der Fremden überredet. Als Verhandlungen über Kes' Telepathie scheitern, vernichtet die ''Voyager'' mehrere Schiffe. Daraufhin zieht sich Spezies 8472 in den fluiden Raum zurück und die Borg versuchen anschließend das Schiff zu assimilieren. Sie werden durch eine Luke in den Weltraum geblasen und die letzte Borg, die sich festhalten konnte, [[Seven of Nine]], gefangen genommen. Sie spricht sich anschließend mit Chakotay aus. ({{VOY|Skorpion, Teil II}})
[[Datei:Janeway spricht mit Seven in der Arrestzelle.jpg|thumb|left|Janeway spricht mit Seven in der Arrestzelle.]]Sie entschließt sich Seven of Nine in einen Menschen zurückzuverwandeln. Dabei stößt sie zunächst auf Widerstand seitens Sevens. Unterdessen entfernt Torres alle Borg-Technologie aus dem Schiff. Janeway gewährt ihr dazu, den Zugriff auf das gesamte Personal mit dem technischen Dienstgrad 3 oder höher. Unterdessen hat sie in der Föderationsdatenbank die Akte von Annika Hansen und ihren Eltern gefunden. Als der Doktor sie informiert, dass sie eine Entscheidung treffen müssen, ob sie die Borg-Technologie entgegen Sevens Willen entfernen oder sie zu den Borg zurückschicken, da sie sonst stirbt, entscheidet sie für Seven, dass der Doktor weitermachen soll. Da sich auch Kes' telepathische Fähigkeiten verstärken, sorgt sie sich auch um die Ocampa. Nachdem der Doktor Seven of Nine aufweckt, spricht sie mit der Drohne über ihre Zweifel darüber ein Individuum zu werden. Sie appelliert an sie, ihnen bei der Entfernung der Borg-Technologie von ihrem Schiff zu helfen. Dem kommt Seven nach, da sie so eine Möglichkeit sieht, das Schiff verlassen zu können. Ihr Vorhaben wird jedoch von Kes vereitelt. Wenig später spricht Tuvok mit dem Captain über Kes' neue Fähigkeiten. Anschließend spricht sie mit Seven of Nine in der Arrestzelle. Allmählich beginnt Seven ihre Menschlichkeit zu akzeptieren. Unterdessen entwickeln sich Kes' mentale Fähigkeiten weiter. Als sie einen Tisch im Kasino auf molekularer Ebene destabilisiert, meldet Kim dies dem Captain. Janeway begibt sich mit Tuvok dorthin und wird Zeuge, wie Kes sich scheinbar dematerialisiert. Die neue Situation bespricht sie mit Tuvok und dem Doktor. Inzwischen läuft Seven absichtlich in das Kraftfeld. Daraufhin spricht Janeway mit ihr. Sie berichtet, dass sie allein ist. Janeway meint, dass sie bei ihrer eigenen Art ist, den Menschen. Sie versucht sie mithilfe von Holobildern von der jungen Annika Hanson zu erreichen. Jedoch beteuert Seven zu den Borg zurückkehren zu wollen. Allerdings findet sie allmählich zu ihrer Menschlichkeit zurück. Kes bespricht mit Janeway die neue Situation. Janeway appelliert an sie, dass sie ihre Entscheidung gut überdenken soll. Die Ocampa beteuert, dass sie das getan hat. Da sie sich allmählich dematerialisiert, lässt sie Chakotay und Tuvok ein Shuttle startklar machen. Sie selbst führt Kes zur Shuttlerampe. Durch die destabilisierten Moleküle in Kes' Körper gibt es mehrere Explosionen in den Gängen. Nachdem Kes das Schiff verlassen hat, schleudert sie die ''Voyager'' 9500 Lichtjahre weit. Janeway resümiert, dass sie nun 10 Jahre näher an der Heimat sind. ({{VOY|Die Gabe}})
[[Datei:Seven hilft den Caatati.jpg|thumb|Seven hilft den Caatati.]]
Wenig später weist sie Seven of Nine an, Lt. Torres bei der Installation einer Transwarpleitung im Maschinenraum zu helfen. Der Captain wird Augenblicke später von Tuvok auf die Brücke gerufen, da man auf ein beschädigtes Schiff der [[Caatati]] getroffen ist. Dessen Captain [[Rahmin]] bittet um Medizin, Nahrung und [[Thorium]]-Isotope. Diese Hilfe wird von Janeway gewährt. Beim Versuch die Transwarpleitung zu aktivieren, kommt es zu einer Fehlfunktion und der Warpkern muss abgeworfen werden. Während Paris und Torres versuchen den Kern zu bergen, befragt sie Seven of Nine über den Unfall. Sie glaubt ihr, dass sie den Unfall nicht herbeigeführt hat. Als eine Armada von Caatati-Schiffen die Übergabe von Vorräten und von Seven of Nine verlangt, lehnt Janeway das Ultimatum ab. Sie führt jedoch Sevens Vorschlag aus, den Caatati die Thorium-Replikationstechnologie, wieder zugänglich zu machen. Auf diese Weise kann der Konflikt beigelegt werden und die Caatati lassen die ''Voyager'' ziehen. Anschließend lässt sie Kurs auf die Koordinaten von Tom Paris und B'Elanna Torres setzen und die beiden an Bord beamen. ({{VOY|Tag der Ehre}})
Nachdem Chakotays Shuttle von den [[Vori]] abgeschossen und dieser gefangen genommen wird, nimmt sie gemeinsam mit den [[Kradin]] die Suche nach ihm auf. Nachdem sie Chakotay lokalisiert haben, schickt sie Tuvok auf eine Außenmission mit den Kradin. Sie empfängt den Kradin-Botschafter und dessen Begleiter. Nachdem Chakotay befreit werden kann, berichtet sie diesem mit dem Doktor, was tatsächlich geschehen ist. ({{VOY|Nemesis}})
Wenig später befördert sie Tuvok zum Lieutenant-Commander und feiert dies mit der Besatzung im Kasino. Bald darauf empfängt man einen Notruf von einem Isomorphen und hilft diesem daraufhin. Torres findet jedoch heraus, dass dieser die Crew des Schiffs ermordet hat und schafft es ihn zu deaktivieren, als er versucht auch sie zu töten. ({{VOY|Der Isomorph}})
[[Datei:Janeway erhält vom Doktor ein Hypospray, um Seven zu betäuben.jpg|thumb|left|Janeway erhält vom Doktor ein Hypospray, um Seven zu betäuben.]]
Janeway versucht in ihrer Freizeit Seven of Nine für kreative und künstlerische Tätigkeiten zu motivieren. Dazu spielt sie mit ihr das da-Vinci-Holoprogramm durch und lässt sie einen Tonkopf modellieren. Seven wird von einem Modell Angst eingejagt. Eine Untersuchung des Doktors ergibt, dass dies wohl durch ihre menschliche Physiologie ausgelöst wird, die versucht sich gegen die Borg-Technologie durchzusetzen. Gleichzeitig verhandelt Janeway mit den [[B'omar]] über eine Passage durch ihren Raum. Die Verhandlungen werden unterbrochen, als Tuvok den Captain auf die Brücke ruft, da Seven of Nine Neelix angegriffen hat. Anschließend entwendet Seven ein Shuttle und fliegt in den B'omarraum. Daher bittet Janeway um die Genehmigung in den Raum fliegen zu dürfen, um Seven aufzugreifen. Als diese das Ersuchen ablehnen, lässt sie Sevens Frachtraum gründlich untersuchen. Sie informiert sich persönlich über den Stand der Untersuchung. Im Gespräch mit Chakotay äußert sie, dass sie nicht glaubt, dass sie ins Kollektiv zurückkehren möchte. Wenig später informiert sie der Doktor, dass sich ein Teil der Borgtechnologie in Sevens Körper reaktiviert hat. Daraufhin plant man eine Rettungsaktion. Gleichzeitig autorisiert sie Tuvok und Paris jedoch auch die notwendige Gewalt anzuwenden, falls sie Seven nicht anders stoppen können. Sie selbst versucht Sevens Schritte und Aktionen der letzten Tage zu rekonstruieren, um besser zu verstehen, was passiert ist. Als sie Sevens Beschreibung eines Raben liest, erkennt sie, dass Seven ihr Schiff sucht. Umgehend begibt sie sich auf die Brücke und lässt Chakotay nach dem Schiff scannen. Als sie die [[USS Raven|USS ''Raven'']] erreichen, wird das Wrack von drei B'omarschiffen beschossen. Daraufhin lässt sie die Schiffe kampfunfähig schießen, um Tuvok und Seven of Nine retten zu können. Anschließend verlassen sie den B'omarraum. Über das Erlebte spricht sie mit Seven of Nine. ({{VOY|Der schwarze Vogel}})
[[Datei:Janeway Versuchsobjekt.jpg|thumb|An Janeway werden Experimente durchgeführt.]]
Wenig später wird sie vom Doktor wegen Verspannungen behandelt. Sie knöpft sich außerdem Torres und Paris vor, und befiehlt ihnen ihre Beziehung in der Öffentlichkeit diskreter zu führen. Der Doktor und Seven of Nine finden heraus, dass ihre Kopfschmerzen durch Experimente der [[Srivani]] verursacht werden. Nachdem Seven of Nine [[Alzen]] enttarnen kann, befragt Janeway diese. Da sämtliche Gegenmaßnahmen scheitern und ein Besatzungsmitglied getötet wird, übernimmt sie selbst das Steuer und fliegt die ''Voyager'' zwischen zwei Pulsaren eines binären Systems hindurch. So zwingt sie die Srivani zur Flucht und rettet die Crew der ''Voyager''. ({{VOY|Verwerfliche Experimente}})
[[Datei:Tuvok und Janeway stellen Ermittlungen an.jpg|thumb|left|Tuvok und Janeway stellen Ermittlungen an.]]
Auf der Heimatwelt der [[Mari]] verhandeln Janeway und B'Elanna Torres, um Vorräte und eine [[Resonatorspule]] zu erhalten. Um Kontakte mit Händlern knüpfen zu können, besuchen sie auch einen Marktplatz. Dort wird Torres von einem Mann angerempelt, was sie dazu bringt zu fluchen. Als bald darauf zwei Mari sich prügeln, befragt die Chefermittlerin [[Nimira|Nemira]] auch das Außenteam der ''Voyager''. Janeway stimmt den Befragungen zu. Nachdem Torres verhaftet wird, vertritt sie deren Interessen gegenüber Nimira. Um Torres vor einer engramatischen Reinigung zu bewahren, sucht Janeway mit Tuvok nach einer Möglichkeit Torres zu retten. Dazu analysieren sie auch die Zeugenaussagen. Sie findet neue Beweise über Mr. Frane und bespricht dies mit Tuvok und Nemira. Nachdem Tuvok bei Nachforschungen auf dem Planeten entführt wird, nimmt sie erneut Kontakt mit Nemira auf. Sie präsentiert mit Tuvok ihre Ermittlungsergebnisse. Daraufhin wird Torres freigelassen und vom Doktor behandelt. Janeway spricht anschließend mit Seven of Nine, die die Außenmissionen als Risiko für ihre weitere Reise ansieht, da sie an einem Tag beinahe ihre Chefingenieurin und ihren Sicherheitschef verloren hätte. Janeway entgegnet, dass sie auf diese Weise Wissen sammeln und daher an dieser Prozedur festhalten werden. ({{VOY|Gewalttätige Gedanken}})
[[Datei:Leonardo.jpg|thumb|Janeway und Leonardo fliegen wie die Vögel.]]
Auf dem Holodeck testet sie mit dem Hologramm Leonardo da Vincis einen Flugapparat. Jedoch stürzen sie mit diesem in den Arno. Kurz darauf wird Janeway auf die Brücke gerufen und deaktiviert daher nicht das Programm. Der Grund dafür ist ein Angriff fremder Schiffe, die mithilfe eines Transporters Technologie von der ''Voyager ''stehlen. Um ihre Technologie zurückzuerhalten, begibt sich Janeway mit einem Außenteam auf einen nahen Planeten, von dem Energiesignaturen ihrer Ausrüstung geortet wurden. Dort trifft sie das da-Vinci-Hologramm wieder, welches dank des mobilen Emitters des Doktors sich auf dem Planeten frei bewegen kann. Dieser berichtet ihr von seinem neuen Patron [[Tau]] und zeigt ihr sein Atelier. Daraufhin verhandelt sie mit Tau über den Kauf des Hauptcomputers. Gleichzeitig plant sie mit Leonardo da Vinci die Rückkehr auf die ''Voyager''. Dabei wird sie jedoch von Tau enttarnt. Das Hologramm schlägt diesen daraufhin nieder und wird von Janeway überzeugt auf die ''Voyager'' zurückzubeamen. Gemeinsam fliehen sie aus Taus Unterschlupf. Zwar kann der Hauptcomputer aufs Schiff gebeamt werden, jedoch verbleiben Janeway und das Leonardo-da-Vinci-Hologramm auf dem Planeten. Gemeinsam fliehen sie daraufhin aus dem Komplex und entkommen ihren Verfolgern mithilfe eines Flugapparats mit dessen Hilfe sie davongleiten. ({{VOY|Apropos Fliegen}})
Nachdem Neelix bei einer Außenmission getötet wird, begibt sie sich auf die Krankenstation. Als Seven of Nine eintrifft und vorschlägt ihn mithilfe von Borgtechnologie wiederzubeleben, stimmt sie dem Vorhaben zu. Anschließend leistet sie Neelix Gesellschaft und bringt ihn in sein Quartier. ({{VOY|Leben nach dem Tod}})
[[Datei:Crew wird gefangen genommen.jpg|thumb|left|Die Crew wird in ihren Träumen gefangen genommen.]]
Kurz darauf hat die gesamte Crew seltsame Alpträume und auch Janeway ist davon betroffen. In ihrem Alptraum sieht Janeway gestorbene Besatzungsmitglieder im Kasino sitzen. Plötzlich erscheint ein Fremder und Janeway erwacht aus ihrem Traum. Als sie die Brücke betritt, muss sie feststellen, dass Paris, Kim und weitere Besatzungsmitglieder ihren Dienst nicht angetreten haben. Sie erkennen, dass sie vom gleichen Außerirdischen geträumt haben. Daraufhin begibt sie sich mit Tuvok zu Kims Quartier. Da Kim nicht aufgeweckt werden kann, beraten die Führungsoffiziere, was zu tun ist. Chakotay nimmt durch einen Traum Kontakt mit dem Fremden auf, der sie auffordert ihren Raum zu verlassen. Wenig später wird die ''Voyager'' von einem fremden Raumschiff angegriffen und Janeway leitet die Verteidigungsmaßnahmen. Jedoch wird das Schiff geentert und die Offiziere interniert. Beim Ausbruchversuch, versucht sie die inszenierte Ablenkung zu schlichten, während Chakotay und Torres versuchen die Kontrolle zurückzuerlangen. Nachdem Chakotay erkennt, dass er schläft und sich aufweckt, berät sie mit den anderen Führungsoffizieren. Ihr Fluchtversuch scheitert, als ein Kernbruch ihnen zeigt, dass sie noch träumen. Letztlich kann Chakotay sie befreien. ({{VOY|Wache Momente}})
