Nachdem ein Shuttle mit Paris, Torres, Seven of Nine und dem Doktor in einem [[protostellarer Nebel|protostellaren Nebel]] in Not gerät, lässt Captain Janeway die Insassen herausbeamen. Chakotay begibt sich in den Transporterraum und empfängt die Geretteten. Als er am nächsten Morgen das Kommando auf der Brücke von Harry Kim übernimmt, meldet Seven of Nine, dass ihr Abstandstranceiver durch eine Borg-Präsenz aktiviert wurde. Nachdem im Wissenschaftslabor Energie umgeleitet wird, gibt er Roten Alarm, ruft Captain Janeway auf die Brücke und schickt Tuvok mit einem Sicherheitsteam dorthin. Man stellt fest, dass sich dort eine Borg-Drohne, [[Erster (Borg)|Erster]], entwickelt hat. Nachdem dieser unabsichtlich ein Abstandssignal an die Borg gesendet hat, schicken diese ein Schiff und Chakotay schickt die Besatzung auf die Gefechtsstationen. ({{VOY|Die Drohne}})

Nachdem eine Sonde in der [[Atmosphäre]] eines [[Gasriese]]n stecken bleibt, besprechen die Führungsoffiziere, wie man diese bergen kann. Als Torres lapidar meint, dass man sie nicht herausbeamen kann, erkundigt er sich nach den genauen Gründen dafür. Zunächst lässt er sich davon beruhigen. Unterdessen beginnt man mit der Bergungsaktion, und er analysiert die Atmosphäre. Inzwischen ist auch ein Malon-Frachter, unter dem Kommando von [[Vrelk]], eingetroffen, der ebenfalls die Sonde bergen soll. Später schlägt er vor die Schilde zu verstärken, falls Vrelk noch mehr Antimaterieabfall ablässt. Nachdem Torres nicht über das Kommunikationssystem antwortet, begibt er sich auf das Holodeck und veranlasst, dass sie auf die Krankenstation gebracht wird. Wenig später spricht er mit Janeway und Paris über Torres' Verletzungen. Sie wussten nichts von ihren Verletzungen. Daher stellen sie Nachforschungen in Torres' Holodeckprogrammen an. Aufgrund des Ergebnisses sucht Chakotay Torres auf und stellt sie zur Rede. Chakotay drängt sie dazu, sich mit ihm eines der Programme anzusehen. Er fragt sie, ob sie Selbstmord begehen will, was sie verneint. Sie berichtet, dass sie überhaupt keine Gefühle mehr hat. Chakotay meint, dass sie sich öffnen soll, worauf sie erwidert, dass sie jede Familie, die sie je hatte, verloren hat. Chakotay entgegnet, dass sie ihre Familie auf der ''Voyager'' nicht verlieren wird, da niemand auf der ''Voyager'' zulassen wird, dass sie sich auf dem Holodeck das Genick bricht. Nachdem sich Torres ihm öffnet, wird er auf die Brücke gerufen, da die Malon angreifen. Janeway befiehlt daher den Start des [[Delta-Flyer]]s und Chakotay soll mitfliegen. Auf dem Weg zur Shuttlerampe, wird er von Torres abgefangen, die die Mission übernehmen will. Dies gestattet er. Nach dem erfolgreichen Abschluss der Mission, scannt er das Malonshuttle und stellt fest, dass sie offenbar große Probleme haben, die Atmosphäre zu verlassen. Anschließend spricht er mit Torres und lobt sie für ihre Arbeit. ({{VOY|Extreme Risiken}})