Als die Voyager auf einen Planeten mit einer Prä-Warp-Zivilisation trifft und dort die Energiesignatur eines Replikators aus dem Alpha-Quadranten registriert, geht er mit Tom Paris auf eine Außenmission um dies aufzuklären. Auf dem Planeten entdecken sie, dass zwei [[Ferengi]], [[Arridor]] und [[Kol]], sich als Götter ausgeben und die Bewohner ihrem Willen unterwerfen. Da die Föderation Gastgeber der Konferenz war, versucht man die beiden Ferengi von dem Planeten zu entfernen. Er tauscht seine Stiefel bei einem Barden gegen die Rezitation der letzten Strophe des Liedes ein und erfährt so, dass die Weisen den Planeten verlassen werden. Dies versuchen sie zu nutzen, um die Ferengi vom Planeten entfernen zu können. Neelix und die Ferengi werden dabei jedoch auf einen Scheiterhaufen gestellt und sollen geopfert werden. In dieser Not verraten die Ferengi den Standort des Dämpfungsfeldgenerators, sodass Chakotay und Paris diesen deaktivieren können. Nachdem die Ferengi entkommen sind und ihr Shuttle entwenden, versucht er den Traktorstrahl einsatzbereit zu machen. Jedoch kann er nicht verhindern, dass die Ferengi in das Wurmloch fliegen und es dabei destabilisieren, sodass die ''Voyager'' ihnen nicht folgen kann. ({{VOY|Das Wurmloch}})

Als Kes durch ein Kraftfeld in einem [[Schrein]] der [[Nechani]] verletzt wird, will Janeway ihr helfen, indem sie ein Ritual durchläuft. Chakotay fragt sie daraufhin, was sie sich davon erwartet, da sie nie ein [[Religion|religiöser]] Mensch war. Sie berichtet, dass alle Rituale einen mentalen oder Ausdauertest beinhalten. Während Janeway das Ritual durchläuft ist Chakotay auf der Krankenstation und wird vom Doktor fortlaufend über Janeways physischen Zustand informiert. Er erwägt zeitweise Janeway hochzubeamen, jedoch meinen Tuvok und der Doktor, dass keine Gefahr besteht. Nachdem Janeway zurückgekehrt ist, kehrt er auf die Brücke zurück. Nachdem Janeway ihn kontaktiert, lässt er den Doktor Kes zum beamen vorbereiten. Anschließend beamt er mit ihr und Neelix herunter. Er und Neelix äußern ihre Bedenken, jedoch bringt Janeway Kes in das Kraftfeld, woraufhin sie geheilt wird. ({{VOY|Das Ritual}})

Als die von [[Tieran]]s Geist besetzte Kes [[~/Person/VOY/3x10/10|einen Botschafter]] der [[Ilari]] erschießt, schickt er Tuvok in den Transporterraum. Kurz darauf wird er von Kim informiert, dass ein Shuttle gestohlen wird. Er lässt dieses mit einem Traktorstrahl erfassen, jedoch kann es trotzdem entkommen. Er lässt einen Verfolgungskurs setzen, jedoch kann Paris das Shuttle nicht lokalisieren. Daraufhin wird eine Konferenz der Führungsoffiziere mit [[Demmas]], dem ältesten Sohn des [[Autarch]]en abgehalten. Als Tieran sie ruft und ihnen offenbart, dass er ihren Plan vorhergesehen hat, fragt Chakotay, weshalb er sie warnt. Bei einer Befreiungsaktion kann er mit Demmas, Janeway und Neelix in die Regierungshalle eindringen. Kes kann von Tierans Geist befreit und seine Anhänger können überwältigt werden. ({{VOY|Der Kriegsherr}})

Kurz darauf beobachtet man eine [[Supernova]]. Als der [[Stern]] explodiert applaudieren alle Offiziere auf der Brücke. Er wird bald darauf von Janeway informiert, dass Q in ihrem Quartier erschienen war und vermutlich wiederkommt. Er spricht nochmals mit Janeway und erfährt, dass er anfragte, ob er sich mit ihr paaren darf. Wenig später gerät das Schiff jedoch in die Schockwellen mehrerer Supernovä. Chakotay ruft den Captain daher auf die Brücke. Das Schiff gerät in die Schockwelle von drei Supernovä. Dabei wird Chakotay, wie auch andere Besatzungsmitglieder, leicht verletzt. Er befragt Q, weshalb es zu diesen Supernovas kommt. Sie berichtet, dass der Bürgerkrieg diese auslöst und auch ihre Kräfte beeinträchtigt. Chakotay schlägt vor, dass sie sich gegenseitig helfen. Sie fliegen in eine Supernova um ins Kontinuum zu gelangen. Dort befreien Chakotay, Tuvok und Paris mit den Nordstaaten-Q Q und Janeway. Nachdem ein Waffenstillstand ausgehandelt wurde, vereinigen sich Q und [[Q (weiblich)|Q]] und der Bürgerkrieg endet. Die Offiziere werden wieder auf die ''Voyager'' versetzt.({{VOY|Die "Q"-Krise}})