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Wenig später untersucht Tucker die Waffe der Xindi-Reptilianer, die diese bei der Enterung zurückließen. Dabei zieht Tucker Phlox zurate, da die Waffe eine biologische Komponente enthält. Phlox beginnt darauf diese zu untersuchen. Nach einigen Tests teilt Phlox ihm mit, dass die Xindi-Technologie durch einen Dauerbeschuss mit [[Deltastrahlung]] getötet werden kann. Allerdings ist die Strahlendosis für Humanoiden in der näheren Umgebung ebenfalls tödlich. Weiterhin rät er von einer Bestrahlung mit [[Omicronstrahlung]] ab, da dies zu einer Vermehrung führt. Tucker bedankt sich dann für diese Erkenntnisse, auf denen er aufbauen kann. Später ist Phlox mit anwesend, als Commander Tucker versucht die Waffe zu testen. Dabei löst Tucker jedoch eine [[Selbstzerstörung]] aus und rennt in den Transporterraum, wo er die Waffe in den Weltraum beamt, ehe sie explodiert. ({{ENT|Die Ladung}})

Nach einem [[Kino]]abend begleitet der Captain T'Pol zu ihrem Quartier. Plötzlich wird die ''Enterprise'' von einer Anomalie getroffen. Archer kann sie in Sicherheit bringen, wird aber von der Anomalie erfasst. Archer wacht kurz darauf in der Krankenstation auf, wo Phlox ihm erklärt, dass ihm nichts passiert ist. ({{ENT|Dämmerung}})

Kurz darauf entdeckt die Crew einen Planeten, welcher von Menschen bewohnt wird. Diese sind im [[19. Jahrhundert]] von einer Rasse namens [[Skagaraner]]n entführt worden und wurden als Sklaven gehalten. Mittlerweile haben sie jedoch die Kontrolle über den Planeten übernommen und unterdrücken die verbleibenden Skagaraner. Die gesellschaftlichen Gegebenheiten jedoch sind vergleichbar mit Zuständen im [[Wilder Westen|wilden Westen]]. Als Archer mit der auf einem Planeten angeschossenen [[Bethany]] zurückgebeamt wird, entfernt Phlox das [[Projektil]] und sagt Archer, dass ihre Verletzungen erheblich waren. Er versteht allerdings einiges in ihrer Physiologie nicht. Sie ist ein Viertel skageranisch. Nachdem Archer mit einem Außenteam den Planeten erkundet hat, nimmt er offiziellen Kontakt mit diesen Menschen auf, da Archer meint das diese Menschen ein Recht haben zu erfahren woher sie stammen. Archer will sich auch für den Schutz der nun unterdrückten Skagaraner einsetzen. Archer verspricht Sheriff [[MacReady]], dass die Menschen den Siedlern helfen werden. ({{ENT|Faustrecht}})

Während Tucker am [[Antrieb]] arbeitet, kommt es zu einer Überladung. Er wird dabei schwer verletzt und fällt ins [[Koma]]. Da sich der Zustand von Tucker verschlechtert, will Phlox mit Hilfe einer [[Lyssarrianische Wüstenlarve|lyssarrianischen Wüstenlarve]] einen [[Klon]] erschaffen, um das geschädigte [[Gehirn|Hirngewebe]] zu ersetzen. Er hat jedoch Bedenken, da dieses Verfahren von der [[Lyssarianische Klausur|lyssarianischen Klausur]] untersagt wurde. Obwohl dies eine fragwürdige Behandlung ist, stimmt Archer den Plan von Phlox zu. Phlox beginnt darauf micht der Züchtung des Klons und er kümmert sich um diesen. Dieser bekommt den Namen [[Sim]] und entwickelt sich in kürzester Zeit von einem [[Baby|Säugling]] zu einem Erwachsenen. Inzwischen erkennt Phlox, dass Sim die Operation, welche Tucker retten soll, nicht überleben wird. Daraufhin informiert Phlox Archer. Anschließend teilen sie dies Sim mit, der Phlox daraufhin nach dem [[Velandranischer Zirkel|velandranischen Zirkel]] fragt. Dieser weiß, dass dieser Zirkel illegale Experimente an Symbionten durchführen und behauptete, einen Weg gefunden zu haben, den rapiden Alterungsprozess zu verlangsamen. Jedoch wurden diese Erkenntnisse nie bestätigt. Jedoch benötigt Phlox für die Synthetisierung des Enzyms zu lange. Da so eine Transplantation nicht mehr möglich wäre, entscheidet sich Archer, die Operation durchzuführen und Tucker zu retten, da er zu wichtig für die Mission sei. Bevor Phlox die Operation durchführt, bedankt sich Sim bei Phlox, dass er ein so guter Vater für ihn gewesen ist. Nach Sims Tod veranstaltet Archer eine [[Gedenkfeier]] für ihn. ({{ENT|Ebenbild}})

Einige Zeit später kommt eine Gruppe fanatischer [[Pilger]] auf die ''Enterprise''. Phlox kümmert sich darauf um die Verletzten, aber diese lassen sich nicht von ihn untersuchen. Wenig später wird er von [[Indava]] aufgesucht, die ihn sprechen möchte. Er bietet ihr [[Janaran-Tee]] an, den sie gern annimmt. Sie spricht mit ihm über einen möglichen Abbruch ihrer [[Schwangerschaft]]. Inzwischen macht der Anführer der Gruppe, [[D'Jamat]] Archer und seine Crew für die [[Entweihung]] der heiligen Sphären verantwortlich. Die [[Triannoner]] drohen dem Captain, sich mit Hilfe eines [[Sprengstoff]]s, welcher sich in ihrem [[Körper]] befindet, zu töten und das Schiff zu zerstören. Als Beweis für seine Worte sprengt sich einer seiner Gefolgsmänner in die Luft und reißt ein Crewmitglied der ''Enterprise'' mit in den Tod. D'Jamat sperrt darauf alle Crewmitglieder in ihr Quartier. Allerdings weigert sich Phlox, die Krankenstation zu verlassen, ehe er nicht drei durch einen [[Selbstmord]]attentäter verletzte Crewmitglieder behandelt hat. Ein Mann stößt ihm zwar sein Gewehr in den Rücken, allerdings darf Phlox die Behandlung unter Bewachung fortsetzen. D'Jamat zur selben Zeit zur Strafe für die Entweihung der Sphäre ein Crewmitglied hinzurichten. Archer wählt sich darauf selbst als Crewmitglied, welches hingerichtet werden soll und übergibt T'Pol das Kommando über die ''Enterprise''. Mit einem Trick wird vorgetäuscht, dass Archer einem [[Transporter]]unfall zum Opfer fällt, aber in Wirklichkeit wird er nur an einen anderen Ort des Schiffes gebeamt. Archer nimmt darauf heimlich Kontakt mit Phlox auf und schickt diesen gesammelte Daten über die Triannoner. Phlox kann so ein Gegenmittel erschaffen, dass die Sprengstoffe unschädlich macht. Mit Hilfe seiner Fledermaus, kann Phlox auch seine Wache überwältigen. Kurz darauf kann das Schiff zurück erobert werden. ({{ENT|Das auserwählte Reich}})

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