Während eines Besuches auf der [[Mine (Bergbau)|Bergbaukolonie]] [[Paraagan II]] kommt es zu einem katastrophalen Unfall, bei dem 3.600 [[Paraaganer]] getötet werden. Nach dieser Tragödie ist die Mission der ''Enterprise'' beendet und die Vulkanier empfehlen der Sternenflotte, erst in den nächsten zehn bis zwanzig Jahren eine neue Forschungsmission zu starten, da sie den Start der ''Enterprise'' als zu früh empfunden haben und dieser Unfall auf Paraagan II bestätigt schließlich ihre Meinung. T'Pol und Phlox sollen darauf vom vulkanischen Raumschiff [[D'Kyr|''D'Kyr'']] abgeholt werden. Phlox findet sich damit ab die ''Enterprise'' wieder verlassen zu müssen und ist bereits am packen seiner Sachen. Später gelingt es Archer mit Hilfe von [[Daniels (Crewman)|Daniels]] zu beweisen, dass die Suliban die Katastrophe auf Paraagan II verantwortlich sind. Nach diesen Ereignissen befiehlt der [[Befehlshaber der Cabal|Auftraggeber]] Siliks, Captain Archer gefangen zu nehmen. Auf den Weg zur ''D'Kyr'' wird die ''Enterprise'' von mehreren Zellenschiffen der Suliban umzingelt. Silik fordert darauf, dass der Captain auf sein Schiff kommen soll und droht andernfalls mit der Vernichtung der ''Enterprise''. Archer willigt ein und begibt sich zu Silik, doch dieser verschwindet und die Suliban drohen die ''Enterprise'' zu vernichten. ({{ENT|Die Schockwelle, Teil I}})
Nachdem T'Pol gelingt es im letzten Moment, die Suliban vom Verschwinden Archers zu überzeugen. Aber um dies zu beweisen, ist sie gezwungen, die Suliban an Bord der der ''Enterprise'' zu lassen. Diese übernehmen das Schiff geentert und übernommen habensperren die gesamte Crew in ihre Quartiere ein. Kurz darauf gelingt es Archer, wird Doktor Phlox wie alle anderen Crewmitglieder welcher in sein Quartier gesperrtder Zukunft festsitzt mit T'Pol Kontakt aufzunehmen. Dort Er berichtet ihr, dass er sich im [[31. Jahrhundert]] befindet und dadurch die Geschichte geändert worden ist. Da es Archer nicht aus eigener Kraft zurück ins [[22. Jahrhundert]] schafft, benötigt er die Hilfe der ''Enterprise''. Anhand Archers und T'Pols Plan bereitet er Phlox zwei Hyposprays vor, die er Ensign Sato mitgibt. Am Ende ist er zusammen Damit werden einige Suliban außer Gefecht gesettzt. Schließlich gelingt es der Crew, die Suliban abzulenken und das Schiff kann entkommen. Kurz darauf trifft sich die ''Enterprise'' mit der ''D'Kyr'' und Archer nimmt Kontakt zur Sternenflotte auf. Es gelingt ihm, die Sternenflotte von der Unschuld der ''Enterprise'' zu überzeugen. Die Vulkanier wollen immer noch den anderen Führungsoffizieren auf Abbruch der Brücke zugegenMission, aber es gelingt Archer, nicht zuletzt durch T'Pols Hilfe, als sie davon zu überzeugen, dass die Enterprise [[Admiral]] [[Maximilian Forrest|Forrest]] Menschen erst am Anfang stehen und [[Soval]] kontaktiertin der Lage sind, zu lernen. ({{ENT|Die Schockwelle, Teil II}})
Die Während der Erforschung [[~/Planet/ENT/2x03/1|eines Planeten]] gerät die ''Enterprise'' läuft auf in ein [[Minenfeld]] und durch eine romulanische MineExplosion wird die ''Enterprise'' schwer beschädigt. Dabei werden 17 Crewmitglieder verletzt und müssen von Phlox auf der Krankenstation behandelt werden. Sato erleidet eine Gehirnerschütterung und wird daher von Phlox muss auch auf die Krankenstation gebracht werden. Inzwischen heftet sich eine der [[Mine (Sprengkörper)|Mine]]n an die [[Außenhülle|Hülle]] und droht dort zu detonieren. Reed übernimmt daraufhin das Entschärfen der Mine auf der Krankenstation behaltenSchiffshülle. Als man einen Ruf von einem Wenig später erscheint ein [[Romulanischer Bird-of-Prey (22. Jahrhundert)|romulanischen Schiff]] empfängt, und schickt eine Übertragung. Doch der Übersetzer kann die Sprache nicht überstzen. Sato will sie auf die Brücke um zu helfen, doch Phlox verweigert dies. Als Kompromiss lässt er ihr einige PADDs mit der Nachricht auf die Krankenstation bringen. Nachdem man auf eine weitere Mine läuft und sich diese an der Hülle anheftetSato übersetzt die Nachricht, versucht dass die ''Enterprise'' das System verlassen soll. Unterdessen wird Reed diese zu beim entschärfen. Dabei wird er durch eine Landestütze an der Außenhülle festgenagelt und sein Bein durchbohrtMine verletzt. Nachdem er von Archer befreit werden kanndie Enterprise das System verlassen hat, begibt sich behandelt Phlox mit T'Pol und Tucker in die Shuttlerampe und behandelt dort Reeds Verletzung. ({{ENT|Das Minenfeld}})
Die Behandlung Da die Reparatur der Schäden an der ''Enterprise'' mehrere Monate dauert, sendet Archer einen Notruf. Zur selben Zeit behandelt Phlox noch immer die Wunden von Reeds Verletzungen zieht sich noch eine Weile hin und er Reed. Er benutzt dazu auch [[Regulanischer Blutwurm|regulanische Blutwürmer]]. Als Reed davon genug hat und meint, dass er den letzten Wurm noch nicht gefunden habe, antwortet Phlox einmal, dass dieser irgendwann von ganz allein herauskommen werde und im Scherz, dass er einem Patienten nicht schaden, aber ihm unbeschränkt Schmerzen zufügen dürfe. Bald darauf erhalten sie Ein [[Tellarit|tellaritischer]] Frachter schickt der ''Enterprise'' die Koordinaten einer [[Automatische automatische Reparaturstation|automatischen Reparaturstation]] und nehmen Kurs darauf, damit dort die Schäden beseitigt werden können. Dort wird die ''Enterprise'' repariert. Allerdings wird Travis Mayweather scheinbar getötet, als er den Hangar betritt, während dieser rekonstruiert wird. Daraufhin macht Phlox eine Autopsie an ihm. Dabei stellt er allerdings fest, dass der Tote nicht Travis, sondern eine Kopie ist. Nachdem Archer und T'Pol den echten Mayweather befreit haben, übernimmt er diesen mit Billy an der Luftschleuse und behandelt ihn. ({{ENT|Todesstation}})
Nach einer Außenmission auf der [[Heimatwelt]] der [[Kreetassaner]] infiziert sich [[Porthos]] mit einem Krankheitserreger und muss daraufhin von Phlox behandelt werden. Archer zieht daraufhin auf der Krankenstation ein, um in der Nähe seines Hundes zu sein. ({{ENT|Eine Nacht Krankenstation}})