Wenig später trifft Bashir Dax in der [[Holosuite]], wo sie mit einer Konzentrationsübung, einer Art bunten Sphäre, beschäftigt ist. Als er versucht, die Kontrolle über das Spiel zu übernehmen, platzt die Sphäre sofort, denn er ist eher an Dax als an der Übung interessiert. Auf seine Annäherungsversuche reagiert sie jedoch ausweichend. Zu dieser Zeit wird der Bajoraner [[Ibudan]] tot in der [[Holosuite]] aufgefunden. Bashir leitet die medizinische Untersuchung in dem Fall und Odo beginnt mit den Ermittlungen. Mit der Zeit führen die [[Indiz]]ien auf Odo und dieser wird [[Verdacht|verdächtigt]] Ibudan [[Mord|ermordet]] zu haben. Bashir sammelt inzwischen [[Gen|Gen-Proben]] vom Tatort und untersucht diese. Bashir und Dax forschen gemeinsam und mit der Zeit entwickelt sich aus den Proben eine [[Zelle (Biologie)|Zellkultur]], die zu wachsen beginnt. Schließlich erkennt Bashir, dass sich aus dieser Zellkultur ein [[Klon]] von Ibudan entwickelt. Es stellt sich dadurch heraus, dass Ibudan in Wirklichkeit gar nicht ermordet worden ist, sondern das sein [[Ibudan (Klon 1)|Klon]] getötet wurde. Später kann Odo den echten Ibudan für den Mord an seinem Klon verhaften. Ibudan wollte diesen Mord Odo in die Schuhe schieben, um sich an Odo zu rächen, da ihn Odo vor Jahren verhaften ließ. Zu dieser Zeit ist reagiert Bashir ziemlich [[Eifersucht|eifersüchtig]] auf Sisko in Bezug auf Dax, da Bashir Gefühle für Dax hat. Bashir denkt, Sisko und Dax könnten eine Beziehung beginnen, aber nach einem Gespräch mit diesem erfährt Bashir, dass Sisko kein Interesse an Dax hat und die beide nur Freunde sind. ({{DS9|Unter Verdacht}})

Bashir bleibt mit auf der Station, um diese gegen den Kreis zu verteidigen. Kira und Dax versuchen währenddessen den Beweis nach Bajor zu bringen, welcher Beweist, dass der Kreis von den Cardassianern mit Waffen beliefert wird. Einige Zeit später übernimmt eine militärische Einheit der Bajoraner die Station. Die Bajoraner such die Station ab, da diese vermuten das einige Offiziere der Sternenflotte sich noch versteckt halten. Während die Offiziere warten verpflegt O'Brien seine Kameraden mit [[Kampfration]]en, doch Bashir und die anderen sind nicht besonders begeistert davon. Bashir erwähnt, dass O'Brien sich mit diesem Essen keine Freunde macht. Als sich eine Gruppe bajoranische Soldaten in einen Frachtraum begibt, nimmt Bashir mit seiner Gruppe diese Gefangen. Die Sternenflottenoffiziere sorgen weiterhin für genügend Ablenkung und es gelingt ihnen genügend Zeit zu verschaffen, so dass Kira und Dax den Beweis überbringen können. Als die Bajoraner sehen, dass die Cardassianer hinter all dem stecken, wird der [[Putsch]] des Kreises beendet und die Föderationsangehörigen kehren nach Deep Space 9 zurück. Trotz des Siegs wird Li von [[Colonel]] [[Day Kannu]] erschossen. Bashir kann nichts für ihn tun und er stirbt. ({{DS9|Die Belagerung}})

Hudson erklärt Sisko, dass die Föderation die Kolonisten aufgegeben hat und das die Cardassianer Waffen in die Entmilitarisierte Zone schmuggeln. Sisko versucht Hudson zu überzeugen zur Sternenflotte zurückzukehren, doch Hudson setzt Sisko, Kira und Bashir außer Gefecht. Die drei Offiziere kehren darauf auf die Station zurück. Inzwischen verhaftet Odo Quark, da er festgestellt hat, dass Quark Waffen an den Maquis verkauft. Sisko und Odo verhören darauf Quark und Quark verrät seine Geschäftspartner beim Maquis. Wenig später spürt Sisko die Maquis-Basis auf, wo Dukat gefangen gehalten wird. Sisko, Bashir und Odo gelingt es Dukat aus der Gewalt des Maquis zu befreien und einige Anhänger des Maquis zu verhaften. Später ist Sisko gezwungen eine Waffenlieferung des Maquis zu stoppen und es kommt zu einem Kampf im [[Weltraum]]. Mit O'Brien befindet sich Bashir auf der [[USS Mekong|USS ''Mekong'']] und er greift die Maquis-Schiffe anund können eins der Schiffe außer Gefecht setzen. Sisko muss bei diesem Kampf wieder gegen seinen Freund Hudson kämpfenund lässt diesen schließlich entkommen. Zwar kann der Maquis aufgehalten werden, aber Sisko weiß das , dass die Lage in der Entmilitarisierte Entmilitarisierten Zone angespannt bleiben wird. ({{DS9|Der Maquis, Teil II}})

Nach dem Angriff auf die ''Odyssey'' ist sich die Föderation der Gefahr durch das Dominion bewusst. Auf Deep Space 9 bereiten sich die Offiziere auf eine [[Invasion]] des Dominions vor. Es finden in dieser Zeit Simulationen statt, um sich auf den Angriff des Dominions vorzubereiten. Allerdings verlaufen die Simulationen schlecht für die Station, da die Jem'Hadar bei einem Angriff auf die Station überlegen sind. Deswegen bekommt Commander Sisko für Deep Space 9 die [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'' (NX-74205)]] zugeteilt. Sisko hat den Auftrag Kontakt mit den [[Gründer]]n des Dominions aufzunehmen. Die ''Defiant'' ist für diese Mission mit einer [[Romulaner|romulanischen]] [[Tarnvorrichtung]] ausgestattet. Bashir begleitet Sisko mit in den Gamma-Quadranten, allerdings muss dieser vorher noch die Krankenstation an Bord der ''Defiant'' aufrüsten. Bei der Mission wird die ''Defiant'' von den [[Jem'Hadar]] angegriffen und schwer beschädigt. Bei den Kampf übernimmt Bashir die [[Conn]], aber schließlich wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar übernommen und nur Kira und Odo können entkommen. Auf der Brücke kämpft Bashir gegen die Jem'Hadar, doch dieser wird beim Kampf überwältigtund außer Gefecht gesetzt. Die ''Defiant'' wird darauf zur [[Heimatwelt der Gründer]] gebracht. ({{DS9|Die Suche, Teil I}})