Chakotay verlässt die Sternenflotte und schließt sich dem [[Maquis]] an, weil er den Platz seines Vaters einnehmen will, der kurz zuvor im Kampf gegen die [[Cardassianer]] bei der Verteidigung von [[Dorvan V]] stirbt. Durch seine exzellente Führungsstärke steigt er dort rasch auf und erhält bald das [[Kommando]] über die [[SS Val Jean|SS ''Val Jean'']], einen [[Maquis-Raider]], und [[Liste von Crewmitgliedern der Val Jean|deren Besatzung]]. ({{VOY|Der Fürsorger, Teil I|Tattoo}})

Zusammen mit seiner [[Crew]] wird er dann [[2371]] von dem [[Fürsorger]] in den [[Delta-Quadrant]]en verschleppt. ({{VOY|Der Fürsorger, Teil I}})