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[[Datei:Verad_Sisko_Erinnerungen.jpg|thumb|left|Austausch von Erinnerungen]]
Die Station muss einige Zeit darauf wieder evakuiert werden, doch dieses Mal ist es ein [[Plasmasturm]], der dieses erzwingt. Sisko und eine Rumpfcrew bleibt auf der Station. Ein kleines Schiff wird von ihnen gerettet, doch anstelle sich zu bedanken nehmen sie alle als Geiseln. Der Trill [[Verad]] hat dies geplant um den Symbionten Dax zu erpressen. Als die [[Operation|Übertragung des Symbionten]] durch Dr. Bashir vollzogen ist, versucht Sisko ihn davon zu überzeugen, den Symbionten an die sterbende Dax zurückzugeben. Sie tauschen alte Erinnerungen aus. Als sie auf die Zeit von Jadzia kommen, appelliert Sisko an die Ehre von Verat Dax, doch er kommt nicht an ihn heran. Zuvor hat er bereits versucht, [[Mareel]], die Freundin von Verat, zu überzeugen ihm zu helfen. Sie [[Liebe|liebt]] ihn und wird immer zu ihm stehen, teilt sie Sisko mit. Später bemerkt sie aber, dass er sich verändert hat und er nicht auf sie warten wird, sondern alleine verschwinden wird. Sisko macht ihr klar, dass sie ihn retten muss, damit Verat wieder so ist, wie sie ihn liebt. Da die Verbindung noch nicht vollkommen ist, wird Verat und auch Jadzia überleben können. Es kommt zu einer Konfrontation der beiden und Sisko schießt auf Verat. Der Symbiont wird zurück an Jadzia gegeben. ({{DS9|Der Symbiont}})
[[Datei:Sisko_befragt_Rugal.jpg|thumb|Sisko befragt Rugal]]
Einige Zeit später bittet Odo Sisko um ein Shuttle für eine Mission mit Dr. [[Mora Pol]] im Gamma-Quadranten. Diese glaubt, Spuren für die Herkunft von Odo gefunden zu haben. Sisko genehmigt die Mission. Als sie zurück kommen, haben sie eine unbekannte Lebensform dabei, die im Labor untersucht wird. In der Nacht bricht diese Lebensform allerding aus dem Labor aus. Sisko lässt sie durch alle seine Leute suchen und sie werden fündig. Das Problem scheint erledigt zu sein.
{{:Logbuch/DS9/2x12/1}}
Doch bald kommt es zu seltsamen Vorfällen auf der Station z.B. wird der Doktor durch einen Tentakel angegriffen und , auch Dr. Mora wird angegriffen. Es wird herausgefunden, dass es Odo ist, der durch einen Unfall bei der Mission in ein bösartiges Wesen verwandelt worden ist. Das ganze Team, unter der Leitung von Sisko, riegelt das Promenadendeck ab und sie fangen ihn in einem Kraftfeld ein. Durch eine Behandlung wird Odo geheilt.
({{DS9|Metamorphosen}})
Alexus macht Sisko als vorgesetzten Offizier verantwortlich und sperrt ihn in eine kleine Kiste, die als [[Strafe|Strafraum]] dient. Sisko hat sich zuvor schon über diese Bestrafungsform aufgeregt. Als er nach am nächsten Tag daraus befreit wird, setzt ihn Alexus weiter unter Druck. Er erhält nur Wasser, wenn er die Uniform auszieht und einer von ihnen wird. Sisko entscheidet sich in die Kiste zurück zu gehen. Mit Müh und Not schafft er alleine den Weg dorthin und lässt sich auch vom Chief nicht helfen. O’Brien setzt nun alles daran, die Quelle des [[Duonetisches Feld|duonetischen Feldes]] zu finden, das sie hindert, den Planeten zu verlassen. Er findet es, schaltet es aus, befreit Sisko und informiert alle, dass Alexus sie seit Jahren hier festhält. Alexus versucht ihnen aufzuzeigen was sie hier gewonnen haben. Sisko fragt nach den vielen Toten, die für ihre Theorien gestorben sind und ist der Meinung, dass sie sich dafür verantworten muss. Alexus sieht dies ein. Anschließend bietet er allen Bewohnern des Planetenan, sie mitzunehmen. Doch alle entscheiden sich zu blieben. Nur Alixus und ihr Sohn Vinod gehen fort. ({{DS9|Das Paradiesexperiment}})
[[Datei:Sisko_und_Garak.jpg|thumb|Garak verlangt die Auslieferung]]
Commander Sisko rettet drei Cardassianeraus einem schwer beschädigten Schiff, das plötzlich vor der Station erscheint. Es sind [[Natima Lang]], [[Hogue]] und [[Rekelen]] Es stellt sich heraus, dass sie von der eigenen Regierung verfolgt werden, da sie zum Untergrund gehören. Sisko lässt ihr Schiff reparieren und bietet ihnen Schutz. Plötzlich taucht Garak auf der OPS auf und verlangt, dass die drei ausgeliefert werden. Sisko ist dazu nicht bereit. Trotzdem lässt er die drei später verhaften, da die provisorische bajoranische Regierung eine Auslieferung verlangt. Doch Quark gelingt eine Befreiung der drei und sie entkommen den Cardassianernihren Landsleuten. ({{DS9|Profit und Verlust}}) {{Clear}}
[[Datei:Sisko_ist_von_Dax_enttäuscht.jpg|thumb|left|Frostiger Empfang]]
Wenig später muss sich Sisko mit klingonischen Riten beschäftigen. Jadzia Dax beschließt die [[Blutrache]], die Curzon Dax geschworen hat, anzunehmen und den [[Albino (Individuum)|Albino]] zu töten. Er geht zu ihr und macht ihr klar, dass sie keinen Urlaub erhalten wird. Er möchte, dass sie sich klar wird, dass sie die Gesetze der Föderation bricht. Trotzdem verlässt sie die Station und bricht auf. Bei ihrer Rückkehr ist die Stimmung angespannt. Sisko begrüßt sie nicht und verschwindet still in seinem Büro. ({{DS9|Der Blutschwur}})
[[Datei:Suche_nach_der_Explosionsursache.jpg|thumb|Ursachensuche]]
Der Frachter [[Bok'Nor]] nimmt auf Deep Space Nine eine Ladung an Bord. Alles geschieht ohne offensichtliche Zwischenfälle. Kurz nach seinem Start explodiert der Frachter völlig unerwartet und schnell. Sisko die Ursache untersuchen. Bald wird klar, dass hier eine Bombe im Spiel ist. [[Calvin Hudson]], der neue Beauftragte für die Föderation in der entmilitarisierten Zone und Siskos Freund arbeiten hier zusammen. Sie machen sich Sorgen, weil die Cardassianer so ruhig sind, das ist sonst nicht ihre Art. Doch plötzlich taucht in seinem Quartier Gul Dukat auf. Er unterhält sich mit ihm über die Bog Nor und gibt an ihm inoffiziell helfen zu wollen die Wahrheit über die Explosion herauszufinden. [[Datei:Dukat_warnt_die_cardassianischen_Shuttle.jpg|thumb|left|Dukat und Sisko auf der Suche nach der Wahrheit]]
Er, Gul Dukat, weiß bereits, dass sie Föderation Schuld hat und will Sisko davon überzeugen. Sisko fliegt mit ihm in die Zone. Dort beobachten sie den Angriff von zwei Föderationsschiffen auf zwei cardassianische Schiffe. Danach gehen die zwei auf eine Versammlung der Siedler in der Gegend. Hier entsteht ein Streit zwischen Cardassianern und Siedlern der Föderation. Sie haben nämlich den Schuldigen für den Anschlag gefunden, dieser hat gestanden und hat, laut der Cardassianer, nun Selbstmord begangen. Auch Kel Hudson ist anwesend und er spricht anschließend noch mit Sisko. Hudson stellt die Situation der Siedler da und ist verzweifelt, weil es vermehrt zu übergriffen kommt. Sisko macht sich anschließend mit Dukat wieder auf den Weg. Zurück auf der Station teilt ihm O’Brien mit, dass es sich um einen [[Implosionssprengsatz]] handelte, dies weiß Sisko aber bereits. Kurz darauf kommt es zu einem lautstarken Streit mit Kira, die für eine Aufrüstung der Siedler ist, da sie weiß was es bedeutet mit den Cardassianern zu leben. In der Nacht kommt es zur Entführung von Gul Dukat und Sisko beginnt mit der Rettungsmission. Der Maquis bekennt sich zu der Entführung. Auf der Suche stellt sich heraus dass Kel Hudson zum Maquis gehört.
[[Datei:Sisko_und_Hudson_unterhalten_sich.jpg|thumb|Ernste Unterhaltung]]
Er will ihm nicht verraten, wo Gul Dukat ist. Sisko wirbt für eine Zusammenarbeit, aber Hudson blockiert. Er betäubt ihn und verschwindet. Zurück auf der Station kommt es zur Auseinandersetzung mit Admirak [[Alynna Nechayev|Nechayev]]. Im Gespräch mit Quark kommt auf, dass er Waffen an den Maquis geliefert hat. Wenig später kommt Legat [[Parn]] auf Station und beschuldigt Dukat des Waffenschmuggels. Sisko glaubt ihm nicht, aber es wird ihm klar, dass das [[Cardassianisches Zentralkommando|Zentralkommando]] Waffen schmuggelt. Obwohl sie Dukat nicht zurück wollen macht sich Sisko auf zu einer Rettungsmission und kann ihn befreien. Er lässt Hudson ausrichten, dass er immer noch seine Uniform hat und sie das Problem gemeinsam lösen könnten. Dukat ist erstaunt über die Rettung durch die Föderation und ihm wird bewusst, dass man es nicht für nötig befunden hat ihn über die Waffenlieferung zu informieren. Er will Sisko helfen diese Lieferungen zu beweisen. Zusammen finden sie den Frachter der die Waffen schmuggelt. Sisko versucht auf [[Volan III]] den Maquis zur Vernunft zu bringen. Der Versuch misslingt. Der Maquis will ein Waffenlager angreifen und Sisko will dies verhindern. Mit Worten ist leider nichts zu machen, es kommt zu einem Kampf. Sisko gewinnt, lässt Hudson aber entkommen. ({{DS9| Der Maquis, Teil I |Der Maquis, Teil II}})
[[Datei:Winn_will_Verhältnis_zu_Sisko_verbessern.jpg|thumb|left|Winn will ihr Verhältnis zu Sisko verbessern]]
Sisko wird eines Tages überraschend von Vedek Winn besucht. Er ist überrascht. Sie besucht ihn, weil das [[Volk]] der Meinung ist, dass ihre Beziehung zum Abgesandten nicht gut ist. Winn stellt klar, dass dies nicht so ist. Sisko sieht dies aber genauso wie das Volk, denn ihr letzer Besuch war alles andere als harmonisch. Sisko will wissen, wie sie nun zur Föderation steht und sie meint, dass Bajor beitreten will, wenn es der Wille der Propheten ist. Winn schlägt vor, vor der Vedekversammlung gemeinsam zu sprechen. Da aber die Kaiwahl bevorsteht, will Sisko erst nächste Woche vor die Versammlung treten. Winn ist etwas enttäuscht, denn sie hat gehofft ihn für seinen Wahlkampf einzuspannen. Ohne sich ihre Enttäuschung anmerken zu lassen geht Winn. Sie gewinnt die Wahl nur, weil Vedek [[Bareil Antos]] nicht antritt. ({{DS9|Die Wahl des Kai}})
[[Datei:Boone_kommt_in_den_Gerichtssaal.jpg|thumb|Sisko bringt Boone mit]]
Chief O’Brien geht in Urlaub, er gibt letzte Instruktionen. Sisko kommt aus seinem Büro und schickt den Chief von der OPS, denn er ist schon total genervt von ihm. Auf der Reise wird Miles von den Cardassianern festgenommen. Sisko setzt alle Hebel in Bewegung um den Chief zu befreien. Die Nachforschungen auf der Station beginnen er darf jedoch nicht nach Cardassia. Sisko kann Miles jedoch nur freibekommen, weil er kurz davor ist den cardassianischen Spion [[Raymond Boone]] zu enttarnen und diese Tatsache sehr peinlich für das Zentralkommando wäre. ({{DS9|Das Tribunal}})
[[Datei:Ankunft_im_Gamma-Quadrant.jpg|thumb|Ankunft auf dem Planeten]]
Commander Benjamin Siskos [[Erstkontakt|erster Kontakt]] mit dem [[Dominion]] findet [[2370]] statt. Zu dem Zeitpunkt machen er und sein [[Familie|Sohn]] Jake einen [[Forschung]]sausflug in den [[Gamma-Quadrant]]en. Sehr zum Leidwesen von Sisko nimmt Jake seinen [[Freund]] [[Nog]] und dessen Onkel Quark mit. Auf einem [[Planet]]en landen sie und erkunden die [[Natur]]. Am [[Nacht|nächtlichen]] [[Himmel (Planet)|Himmel]] machen machen die Vier an einem Lagerfeuer sich halbwegs das Leben schwer, weil Quark und Sisko nicht immer einer Meinung sind und Sisko es Quark verbietet, die [[Bildschirm|Stationsmonitore]] für [[Werbung|Marketingzwecke]] zu missbrauchen. Plötzlich taucht eine unbekannte Frau auf, die Sisko [[Offensive|angreift]].
[[Datei:Gefangen_in_der_Sicherheitsbarriere.jpg|thumb|left|Gefangene des Dominion]]
Als Sisko zu sich kommt, erscheinen durch eine mysteriöse [[Transporter]]methode [[Reptil#Humanoide Reptilien|reptilienartige Krieger]], die die Frau, Quark und Sisko [[Gefangenschaft|gefangen]] nehmen. In der Gefangenschaft gibt sich die Unbekannte zu erkennen, sie ist eine Vorta und die Krieger nennt man die [[Jem'Hadar]].
Inzwischen sind Jake und Nog im Runabout und versuchen vergeblich, es zu steuern, um Hilfe für die Rettung seines Vaters und Nogs ''Lieblingsonkel'' zu bekommen. Die Vorta-Frau kann mithilfe einer [[Energie]]entladung ihres [[Körper]]s das [[Kraftfeld]] deaktivieren und mit Quark und Sisko auf der [[Höhle]] entkommen. Beim Verlassen der Höhle stürzt sich ein Jem'Hadar-Krieger auf Sisko, der aber unerwarteten Feuerschutz von Quark bekommt. Auf Deep Space 9 plant der Captain der [[USS Odyssey|USS ''Odyssey'']] mit den Führungsoffizieren der [[Operations Center|OPS]] eine Befreiungsaktion. Das Runabout von [[Miles O'Brien|O'Brien]] schafft es, das von Jake und Nog zu finden und beamt Sisko, Quark und die Vorta-Frau hoch.
Die ''Odyssey'' nimmt den Kampf mit den unbekannten [[Jem'Hadar-Angriffsjäger]]n auf und muss schwere Schäden einstecken, bis ein [[Kamikaze|Kamikaze-Angriff]] eines gegnerischen [[Raumschiff|Schiffs]] die ''Odyssey'' vollständig zerstört.
[[Datei:Eris_verlässt_Deep_Space_9.jpg|thumb|left|Eris verlässt Deep Space 9 nach einer Drohung]]
Zurück auf Deep Space 9 findet Sisko durch Quarks [[Tipp]] heraus, dass die Vorta-Frau eine Spionin des Dominion ist und den [[Alpha-Quadrant]]en infiltrieren sollte. Sie warnt die [[Liste von Crewmitgliedern von Deep Space 9|DS9-Crew]], sie solle sich von [[Dominion-Raum|ihrem Reich]] fernhalten, sonst würde das Dominion jedes Schiff zerstören. Sisko sieht dies als Drohung. ({{DS9|Der Plan des Dominion}})