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Ein neuer Fähnrich kommt auf die Station, die [[Elaysianer]] [[Melora Pazlar]]. Das sie von einem Planeten mit niedriger Schwerkraft kommt tut sie sich schwer mit der normalen Schwerkraft auf der Station. Sie wird als Kartographin arbeiten. Schon von Anfang an äußert sie den Wunsch alleine zu arbeiten. Sisko berät sich mit Dax und Bashir darüber als Melora dazukommt. Sie ist verärgert darüber, dass man über sie spricht. Sisko macht ihr klar, dass er immer mit seinen Führungsoffizieren über Mannschaftsangelegenheiten spricht und nicht nur wegen ihrer Schwierigkeiten. Sie verteidigt ihre Sicht des alleine Arbeitens, doch Sisko erteilt den Befehl, dass Dax mitkommt. ({{DS9|Das Melora-Problem}})
Der [[Großer Nagus|Große Nagus]] [[Zek]] kommt zum zweiten Mal auf die Station um Geschäfte mit den [[Dosi]] aus dem Gamma-Quadranten zu machen. Sisko macht die Auflagen, dass die Bajoraner das angebotene [[Brizeen-Nitrat]] kostenlos bekommen. ({{DS9|Profit oder Partner}})
[[Datei:Fenna.jpg|thumb|Die rätselhafte Frau]]
Eines Tages fühlt sich Commander Sisko nicht gut. Es wird ihm klar, dass es bereits vier Jahr her ist, seit seine Frau Jennifer bei [[Wolf 359]] getötet wurde. Auf Jake geht es nicht gut, er hat Alpträume und gibt zu, dass er seine Mutter vermisst. In dieser melancholischen Stimmung geht er durch das ruhige Promenadendeck. Eine Frau spricht ihn an, als er gerade die Sterne beobachtet. Sie stellt sich als [[Fenna]] vor. Sie unterhalten sich sehr gut. Sisko lädt sie ein die Station zu besichtigen, doch plötzlich ist sie verschwunden. Am nächsten Abend hält er sich wieder auf dem Promenadendeck auf und hoffe der Frau wieder zu begegnen, die ihn so fasziniert hat. Sie taucht auch wieder auf, doch als er sie nach ihrer Herkunft fragt läuft sie schnell davon. Am Abend sind er und sein Führungsstab bei dem Wissenschaftler [[Gideon Seyetik]] auf ein Abendessen eingeladen. Dort sieht er Fenna wieder. Sie wird ihm als dessen Ehefrau [[Nidell]] vorgestellt und scheint ihn nicht zu kennen. Auch als er sie alleine danach fragt, kennt sie ihn nicht.
Da der Wissenschaftler auf eine wichtige Mission geht, begleitet ihn Sisko um herauszufinden was los ist. Nachdem Sisko wieder in seinem Quartier ist, taucht Fenna auf und als er sie nach Nidell fragt, weiß sie auch nichts von ihr! Er nimmt Fenna mit zu Lidell. Diese ist bewusstlos und liegt im Sterben. Ihr Mann ist verzweifelt und er erkennt Fenna, die eine [[Psychoprojektion]] seiner Frau ist. Nidell ist nicht mehr glücklich mit ihm, doch ihre Rasse bindet sich auf Dauer an einen Partner und kennt keine Trennung. Sisko versucht Fenna zu überzeugen zurück zu Lidell zu gehen, doch diese will sich nicht von ihm trennen. Als Sisko noch mit ihr spricht, wird er auf die Brücke gerufen. Der Wissenschaftler hat sich in das automatische Shuttel gesetzt mit dem er eine Sonne wieder beleben wollte. Es opfert sein Leben damit seine Frau leben kann. Er bittet Sisko noch seine letzen Aufzeichnungen dem [[Daystrom-Institut]] zukommen zu lassen und das letzte Kapitel zu vollenden. Sisko verspricht es. Als der Wissenschaftler tot ist, löst sich Fenna auf. Zurück auf der Station verabschiedet sich Sisko von Nidell, die sich nicht an die Erlebnisse und Gefühle von Fenna erinnern kann. Diese geht zurück in ihre Heimat. Sisko blickt ihr sehnsüchtig hinterher. ({{DS9|Rätselhafte Fenna}})
Die [[Skrreea]] sind eine Spezies aus dem Gamma-Quadranten. Eines Tages taucht ganz plötzlich ein Schiff bei der Station auf. Es ist beschädigt. Sisko lässt es an die Station ziehen und beamt die Reisenden an Bord. Die [[Übersetzungsmatrix]] hat Probleme mit der Sprache. Die Srreeaner fassen schnell Vertrauen zu Kira und lassen Sisko links liegen. Auf der Suche nach [[Kentanna]] - ihrem verheißenen Paradies - kommen Millionen des Volkes durch das Wurmloch. Sisko bemüht sich eine neu Heimat für sie zu finden. Schließlich wird ein Planet gefunden - [[Draylon II]] - wird zur neuen Heimat. ({{DS9|Auge des Universums}})
[[Datei:Quark_beschwert_sich_bei_Sisko_wegen_Mazur.jpg|thumb|Qurak beschwert sich über Martus]]
Eines Tages eröffnet der [[El-Aurianer]] [[Martus Mazur]] ein Glückspiellokal auf Deep Space Nine. Quark beschwert sich darüber bei Sisko, doch dieser sieht nicht ein, sich darum zu kümmern. Der Vertrag auf den sich Quark beruft, ist laut Sisko nichts wert, da es sich nur um eine Absprache mit den Cardassianern handelt.
Genau zu dieser Zeit häufen sich kleine Unfälle auf der Station. Computer auf der OPS fallen einfach aus, Personen laufen gegen geschlossene Türen. Anfangs ist die Ursache total unklar. Es werden Neutrinoanomalien gefunden. Gemeinsam mit Kira und Dax sucht er die Quelle dieser Anomalie auf der Station, die die Gesetze der Wahrscheinlichtkeit ändern. Es ist das Lokal von Martus. Die Geräte werden von Sisko und Dax zerstört. ({{DS9|Rivalen}})
Einige Zeit später bittet Odo Sisko um ein Shuttle für eine Mission mit Dr. [[Mora Pol]] im Gamma-Quadranten. Diese glaubt spüren für die Herkunft von Odo gefunden zu haben. Sisko genehmigt die Mission. Als sie zurückkommen haben sie eine unbekannte Lebensform dabei, die im Labor untersucht wird. In der Nacht bricht diese Lebensform allerding aus dem Labor aus. Sisko lässt sie durch alle seine Leute suchen und sie werden fündig. Das Problem scheint erledigt zu sein.
{{:Logbuch/DS9/2x12/1}}
Doch bald kommt es zu seltsamen Vorfällen auf der Station z.B. wird der Doktor durch eine Tentakel angegriffen und auch Dr. Mora wird angegriffen. Es wird herausgefunden, dass es Odo ist, der durch einen Unfall bei der Mission in ein bösartiges Wesen verwandelt worden ist. Das ganze Team, unter der Leitung von Sisko, riegelt das Promenadendeck ab und sie fangen ihn in einem Kraftfeld ein. Durch eine Behandlung wird Odo geheilt.
({{DS9|Metamorphosen}})
[[Datei:Sisko_überbringt_Keiko_Nachricht_von_Miles_Tod.jpg|thumb|left|Überbringung der Todesnachricht]]
Sisko erhält die Nachricht, dass Miles O’Brien und Julian Bashir bei einem Unfall ums Leben gekommen sind. Der Chief hat eine Sicherheitsvorrichtung ausgelöst während sie den [[T'Lani]] und den [[Kelleruner]] halfen [[Harvester]], eine Massenvernichtungswaffe zu vernichten. Sisko muss den schweren Gang zu Keiko wagen und es ihr mitteilen. Er zeigt ihr die Aufnahmen des Unfalls. Später kommt Keiko zu ihm und ist felsenfest davon überzeugt, dass die Aufnahme gefälscht ist, da ihr Mann niemals Kaffee am Nachmittag trinkt. Sisko will Nachforschungen anstellen. Sie fliegen zu dem Schiff auf dem der Unfall passiert ist. Durch die Aufzeichnungen auf Ganges, die noch vor Ort ist, stellt Dax fest, dass es 4 Minuten nach dem Tod, noch einen Ruf an die Ganges gab. Damit steht fest, dass mindestens einer der beiden noch am Leben sein muss. Aus irgendeinem Grund versuchen die beiden Völker sie zu täuschen. Sie finden heraus, dass die beiden sich auf einem Planeten in der Nähe befinden. Sisko kann sie im letzen Moment heraufholen, bevor sie erschossen werden. Doch die beiden Parteien geben nicht auf. Über eine List – man tauscht das Shuttle gelingt die Flucht. ({{DS9|Das Harvester-Desaster}})
({{DS9|O'Briens Identität}})
({{DS9|Das Paradiesexperiment}})
({{DS9|Die Illusion}})
({{DS9|Der Trill-Kandidat}})
[[Datei:Sisko_und_Garak.jpg|thumb|Garak verlangt die Auslieferung]]
Commander Sisko rettet drei Cardassianer. Es sind [[Natima Lang]], [[Hogue]] und [[Rekelen]] Es stellt sich heraus, dass sie von der eigenen Regierung verfolgt werden, da sie zum Untergrund gehören. Sisko lässt ihr Schiff reparieren und bietet ihnen Schutz. Da plötzlich taucht Garak auf der OPS auf und verlangt, dass die drei ausgeliefert werden. Sisko ist dazu nicht bereit. Trotzdem lässt er die drei später verhaften, da die provisorische bajoranische Regierung eine Auslieferung verlangt. Doch Quark gelingt eine Befreiung der drei und sie entkommen den Cardassianern. ({{DS9|Profit und Verlust}})
[[Datei:Sisko_ist_von_Dax_enttäuscht.jpg|thumb|left|Frostiger Empfang]]
Wenig später muss sich Sisko mit klingonischen Riten beschäftigen. Jadzia Dax beschließt die [[Blutrache]], die Curzon Dax geschworen hat, anzunehmen und den [[Albino]]klingonen zu töten. Er geht zu ihr und macht ihr klar, dass sie keinen Urlaub erhalten wird. Er möchte, dass sie sich klar wird, dass sie die Gesetze der Föderation bricht. Trotzdem verlässt sie die Station und bricht auf. Bei ihrer Rückkehr ist die Stimmung angespannt. Sisko begrüßt sich nicht und verschwindet still in seinem Büro. ({{DS9|Der Blutschwur}})
({{DS9|Der Maquis, Teil I}})
({{DS9|Der Maquis, Teil II}})
({{DS9|Das Implantat}})
({{DS9|Die andere Seite}})
({{DS9|Die Wahl des Kai}})
({{DS9|Das Tribunal}})