Er nahm [[2367]] an der [[Schlacht von Wolf 359]] gegen die [[Borg]] an Bord der [[USS Saratoga|USS ''Saratoga'']] als [[erster Offizier]] im Rang eines [[Lieutenant Commander]] teil. Dabei wurde die ''Saratoga'' zerstört, der [[Vulkanier|vulkanische]] [[Captain]] [[Storil]] getötet. Sisko leitete die Evakuierung der Überlebenden durch [[Rettungskapsel]]n, musste aber seine Frau [[Jennifer Sisko|Jennifer]] tot zurücklassen. Er konnte den Tod seiner Frau jahrelang nicht überwinden. Daraus erklärt sich auch sein anfänglicher Hass auf Captain [[Jean-Luc Picard]]. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I}})