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Chakotay befiehlt Torres daraufhin Janeway zurückzubeamen. Dies wird jedoch von den Borg unterbunden und Janeway befiehlt über Subraumkommunikation, dass sie eine Übereinkunft mit den Borg getroffen hat. Auf Chakotays Befehl passt sie die Schildmodulation der Voyager der des Kubus an um Janeway und Tuvok, der rübergebeamt ist, zurückholen zu können. Nachdem die ''Voyager'' von einem Schiff von Spezies 8472 angegriffen wird, fallen die Schilde aus. Daraufhin opfert sich das Borgschiff, um die ''Voyager'' zu retten. Kurz vor der Zerstörung des Kubus beamen sich einige Drohnen mit Chakotay und Tuvok auf die ''Voyager''. Nachdem der Plan, eine wirksame Waffe gegen Sepzies 8472 zu bauen, erfolgreich abgeschlossen wurde, wollen die Borg die ''Voyager'' assimilieren. Daraufhin öffnet man die Hangartore, und die meisten Borg sterben. Jedoch kann sich eine Borg, Seven of Nine, festhalten. Daher bereitet sie mit Chakotay eine telepathische Verbindung zu Seven vor. An einem bestimmten Punkt, versetzt man Seven of Nine einen Stromstoß, der zur Unterbrechung ihrer Verbindung zum Hive-Bewusstsein führt. ({{VOY|Skorpion, Teil II}})
Zusammen mit Harry Kim und ihren Ingenieuren entfernt sie anschließend die Borg-Technologie von der ''Voyager''. Dabei stoßen sie allerdings auf erhebliche Probleme, die durch [[autonomer Regenerationssequenzer|autonome Regenerationssequenzer]] verursacht werden. Durch die Hilfe [[Seven of Nine]]s können sie diese entfernen. Nachdem Kes das Schiff verlassen hat, ortet sie einen rapiden Anstieg der Reaktionsrate und meldet dies der Brücke. ({{VOY|Die Gabe}})
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