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Chakotay befiehlt Torres daraufhin Janeway zurückzubeamen. Dies wird jedoch von den Borg unterbunden und Janeway befiehlt über Subraumkommunikation, dass sie eine Übereinkunft mit den Borg getroffen hat. Auf Chakotays Befehl passt sie die Schildmodulation der Voyager der des Kubus an um Janeway und Tuvok, der rübergebeamt ist, zurückholen zu können. Nachdem die ''Voyager'' von einem Schiff von Spezies 8472 angegriffen wird, fallen die Schilde aus. Daraufhin opfert sich das Borgschiff, um die ''Voyager'' zu retten. Kurz vor der Zerstörung des Kubus beamen sich einige Drohnen mit Chakotay und Tuvok auf die ''Voyager''. Nachdem der Plan, eine wirksame Waffe gegen Sepzies 8472 zu bauen, erfolgreich abgeschlossen wurde, wollen die Borg die ''Voyager'' assimilieren. Daraufhin öffnet man die Hangartore, und die meisten Borg sterben. Jedoch kann sich eine Borg, Seven of Nine, festhalten. Daher bereitet sie mit Chakotay eine telepathische Verbindung zu Seven vor. An einem bestimmten Punkt, versetzt man Seven of Nine einen Stromstoß, der zur Unterbrechung ihrer Verbindung zum Hive-Bewusstsein führt. ({{VOY|Skorpion, Teil II}})
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Obwohl sie sich mit der Zeit besser in die Gesellschaft an Bord einfügt, hat sie nur wenige [[Freund]]schaften unter den Besatzungsmitgliedern. Die meisten Freunde hat sie unter den Maquis-Kameraden. Nachdem sie erfährt, dass der Maquis von den verbündeten Streitkräften der Cardassianer und des [[Dominion]]s ausgelöscht worden sind, fällt sie in eine schlimme [[Depression]]. Eine Folge davon ist, dass sie auf dem Holodeck simulierte Kämpfe ohne Sicherheitseinrichtung bestreitet. Nachdem sie bei einer Simulation so schwer verletzt wird, dass sie das Bewusstsein verliert, erkennen ihre Freunde ihre Situation. Mit Hilfe von Chakotay kann sie die Depression überwinden. ({{VOY|Extreme Risiken}})
