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Auf den Planet [[Mantilles]] fliegt eine unbekannte [[kosmische Wolke]] zu. Diese Wolke droht den Planet zu vernichten. Um den Planet zu retten fliegt die ''Enterprise'' in die Wolke hinein um herraus zufinden was die Wolke ist. Als man herrausfindet, dass die Wolke eine intelligente Lebensform ist, nimmt Spock mit der Wolke telephatisch Kontakt auf. Er kann das Wesen überzeugen, den Angriff auf den Planet abzubrechen. ({{TAS|Die gefährliche Wolke}})

Einige Wochen später hat die ''Enterprise'' hat den Auftrag, zwei [[NCC-G1465|Roboter-Getreideschiffen]] Geleitschutz zu geben. Bei dem Flug trifft die Besatzung wieder auf dem Tribblehändeler [[Cyrano Jones]]. Dieser hat den Klingonen einen [[Glommer]] gestohlen. Die Klingonen verfolgen Jones und greifen auch die ''Enterprise'' und die Getreideschiffe mit ihrer neuen [[Stasiswaffe]] an. Als Kirk den Glommer den Klingonen übergibt, brechen sie den Angriff ab. ({{TAS|Mehr Trouble mit Tribbles}})

Kurz darauf fliegt die ''Enterprise'' in das Zentrum unserer Galaxie um nach neu erschaffener Materie zu forschen. Plötzlich wird das Schiff unaufhörlich von einer geheimnisvollen Wirbelenergie angezogen. Als die ''Enterprise'' ins "Auge" des Wirbels gelangt, herrscht "Windstille" und ein fremdes Wesen namens [[Lucien]] taucht plötzlich auf. Er lädt die Crew auf den Planeten [[Megas-Tu]] ein. Aber einige [[Megasier]] trauen den Menschen nicht, da sie aus ihr Verhalten aus der Vergangenheit kennen. Es kommt zu einen Prozess gegen die Menschen, aber Kirk kann den Megasier beweisen, dass die Menschen sich inwischen geändert haben. ({{TAS|Das Geheimnis von Megas-Tu}})

Zusammen mit der [[IKS Klothos|IKS ''Klothos'']] verschindet die ''Enterprise'' im [[Delta-Dreieck]]. Um zurück in den Normalen Raum zu gelangen müssen die Menschen und Klingonen zusammen arbeiten und ihre Antriebe vereinen. Die Klingonen gehen scheinbar darauf ein und verstecken heimlich an Bord der ''Enterprise'' Sprengstoff. Mit vereinter Kraft können beide Schiffe aus dem Delta-Dreieck entkommen. Kirk und Scott können kurz darauf den Sprengstoff lokalisieren und beamen den Sprengstoff im letzten Moment ins All. ({{TAS|Die Zeitfalle}})

==== 2270 ====

Anfang [[2270]] wird das [[Frachter|Frachtschiff]] [[USS Huron|USS ''Huron'']] von den [[Orioner]]n angegriffen und geplündert. Wenig später gelingt es der ''Enterprise'', dass verantwortliche [[Piraterie|Piratenschiff]] festzusetzen. Dieser Vorfall markiert die Tatsache, dass die Orioner ihren neutralen Status nun aufgegeben haben. ({{TAS|Die Piraten von Orion}})

==== 2273 ====

Nachdem ein unbekanntes [[V'Ger|Objekt]] Kurs auf die Erde nimmt, erhält der zum Admiral beförderte Kirk das Kommando über die vollständig modernisierte ''Enterprise''. Als jedoch der noch nicht getestete Warpantrieb einsatzunfähig wird, kann erst der später eintreffende Spock den Warpantrieb reparieren.

Nach der erfolgreichen Antwort setzt die ''Enterprise'' den Kurs ins Zentrum der Wolke fort. Nach einigen Momenten stößt sie auf ein gigantisches Schiff, von dem eine [[Sonde]] auf die [[Brücke]] geschickt wird, die, als ihr der Zugriff auf die Datenbanken des Schiffs verwehrt wird, Lieutenant [[Ilia]] zuerst scannt und dann dematerialisiert. Nachdem die ''Enterprise'' mit einem [[Traktorstrahl]] in das gigantische Schiff gezogen worden ist, erscheint eine mechanische Kopie von Ilia, die sich als weitere Sonde herausstellt. Von der Sonde erfährt die Besatzung schließlich, dass es sich bei dem Objekt um [[V'Ger]] handelt und dass die Sonde an Bord geschickt wurde, um zu erforschen, warum die ''Enterprise'' von ''Kohlenstoffeinheiten'' infiziert ist.

Um mehr über V'Ger zu erfahren, beschafft sich Spock einen [[Raumanzug]] und versucht, mit V'Ger eine [[Gedankenverschmelzung]] durchzuführen, wodurch er erfährt, dass V'Ger eigentlich noch ein Kind ist, dessen treibende Frage "Ist da sonst gar nichts mehr?" ist - und dass er auf der Suche nach seinem Schöpfer ist.

Kirk gibt nun vor, dass er V'Gers Schöpfer kennt, stellt aber gleichzeitig die Bedingung, dass diese Information nur an V'Ger selbst übergeben werden kann. V'Ger erklärt sich einverstanden und zieht die ''Enterprise'' weiter in sich hinein. Im Innern erschafft er eine für Menschen atembare Atmosphäre und einen [[Korridor]] zur zentralen Einheit. Während die Enterprise sich dem Zentrum nähert, befiehlt Kirk das Schiff durch Sternenflottenorder 2005 auf die Selbstzerstörung vorzubereiten. Sollten die Verhandlungen Fehlschlagen, wäre es somit möglich, durch die Antimaterieexplosion der Enterprise auch V'ger zu zerstören und damit die Erde zu retten.

Im Zentrum findet das [[Außenteam]] eine alte Raumsonde der [[NASA]] namens [[Voyager VI]] vor, die einst auf einer [[Maschinenwelt]] landete. Da Teile der Namensplakette korrodiert waren, erbaute das "Maschinenvolk" ein gigantisches Raumschiff und schickte es zurück, um ihren Erbauer wiederzufinden und den Auftrag zu vollenden, indem sie ihm ihre gesammelten Daten übermittelt.

==== 2285 ====

Im Jahr [[2285]] untersucht die [[USS Reliant|USS ''Reliant'']] den [[Planet]]en [[Ceti Alpha VI]], um zu überprüfen, ob er als Testmöglichkeit für das [[Genesisprojekt]] in Frage kommt. Nachdem sich Captain [[Clark Terrell|Terrell]] und sein [[Erster Offizier]] [[Pavel Chekov|Chekov]] hinunterbeamen, glauben sie derweil, auf Ceti Alpha VI zu sein. Jedoch treffen beide überraschenderweise [[Khan Noonien Singh]] und seine Gefolgsleute an, der sie daraufhin gefangen nimmt.

Khan erwartet jedoch schon die ''Enterprise'' und fängt sie noch vor Regula 1 ab. Während des darauffolgenden Gefechts gelingt es Khan, Kirks Schiff schwer zu beschädigen, muss sich allerdings kurz darauf zurückziehen, als Kirk den [[Prefix-Code]] gegen die ''Reliant'' einsetzt.

Khan hingegen war zuvor auf Regula 1 und hatte alle Anwesenden gefoltert, um die Daten des Projektes zu erhalten. Doktor Marcus und ihr Sohn [[David Marcus|David]] konnten sich jedoch mit dem [[Genesis-Projektil]] auf dem [[Planetoid]]en [[Regula]] in Sicherheit bringen. Als Kirk beide später findet, darunter auch Captain Terrell und Chekov, gelingt es Khan durch die beiden das Genesis-Projektil auf die ''Reliant'' zu beamen.

==== Zerstörung ====

Nach ihrer offiziellen Außerdienststellung im Jahr [[2285]] wird das Schiff von Kirk, McCoy, Sulu, Scotty und [[Pavel Chekov|Chekov]] aus dem [[Raumdock]] von [[Sternenbasis 1]] entführt, um mit ihr zum [[Planet]]en [[Genesis (Planet)|Genesis]] zu fliegen.

Entsprechend der Außerdienststellung wurde bereits ein Teil der Systeme demontiert. Als man dann im [[Orbit]] um Genesis nicht auf die erwartete [[USS Grissom (NCC-638)|USS ''Grissom'']] trifft, sondern auf einen [[Tarnvorrichtung|getarnten]] [[B'rel-Typ|klingonischen Bird of Prey]], sind die wenigen [[Offizier]]e an Bord sowie der [[Automatisierungscomputer]] der Lage nicht gewachsen.

Da der Automatisierungscomputer während des darauffolgenden Gefechts zerstört wird, sind daraufhin die [[Militärtechnologie|Verteidigungssysteme]] der ''Enterprise'' nicht mehr funktionsfähig. Da Kirk mit seinen wenigen [[Führungsoffizier]]en nicht in der Lage ist, das schwer beschädigte Schiff zu halten, beschließt er das Schiff zu zerstören, indem er die Selbstzerstörung aktiviert und somit gleichzeitig auch einen Großteil der gegnerischen Besatzung töten kann, die sich zuvor als Entertrupp an Bord des Sternenflottenschiffes beamt. Kirks Strategie geht schließlich auf und es gelingt ihnen sogar, das klingonische Schiff zu kapern, um damit Spocks wiederbelebten Körper nach [[Vulkan]] zu bringen. ({{Film|3}})