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[[Datei:Paris ziehlt auf sich selbst.jpg|thumb|left|Paris spielt das Holoprogramm Rebellion Alpha.]]
Wenig später entdeckt Torres im Computerspeicher ein Holoprogramm namens [[Rebellion Alpha]]. Sie weiß nicht wer dieses Programm geschrieben hat, dennoch testet sie das Programm. In diesem Programm meutern die Maquismitglieder und Chakotay übernimmt das Kommando über die ''Voyager''. Torres ist von diesem Programm begeistert, plötzlich kommt Paris hinzu und sieht was sie spielt. Torres empfiehlt auch Paris dieses Programm durch zu spielen und er ist ebenfalls begeistert davon. Mit der Zeit wird dieses Programm sehr beliebt bei der Crew. Als Paris das Programm weiter durchspielt, bricht dieses plötzlich ab. Da das Programm an der spannendsten Stelle endet, versuchen Paris und Torres heraus zu finden wer das Programm geschrieben hat. Später stellt sich heraus, dass Tuvok dieses Programm gestaltet hat. Tuvok hat dieses Programm als Trainingsprogramm für den Fall einer Maquismeuterei gestaltet und als Janeway Tuvok bittet, die Hologeschichte zu beenden, willigt Tuvok ein. Paris beteiligt sich an der Fortsetzung, doch als beide das Programm aktivieren, erscheint das [[Seska (Hologramm)|Hologramm von Seska ]] und erklärt sie habe nun die Kontrolle über das Programm übernommen. Die holographische Seska erklärt, dass die echte Seska das Programm umgeschrieben hat, kurz bevor sie die ''Voyager'' verlassen hat. Tuvok und Paris befinden sich nun in Lebensgefahr, da sie nicht aus dem Holodeck entkommen können und der Transporter deaktiviert worden ist. Seska jagt nun Paris und Tuvok durch das holographische Schiff und will die beiden töten. Kurz darauf wir Paris von Seska angeschossen und beide fliehen wieder. Inzwischen bemerkt die reale Crew, dass sich Paris und Tuvok in Gefahr befinden und versuchen das Programm um zu schreiben. Doch die beiden werden schließlich von Seska gefangen genommen und diese will die beiden hinrichten. Durch eine Ablenkung von Seska gelangt Tuvok an ein Phasergewehr, doch Seska aktiviert die Selbstzerstörung. Durch die Selbstzerstörung wird das Hologitter überladen und diese würde auch Tuvok und Paris töten. Tuvok gibt darauf Seska das Gewehr zurück und sie feuert auf die beiden. Doch die Waffe ist durch eine Manipulation von Tuvok überladen und tötet Seska. Darauf endet das Programm und Paris und Tuvok sind wieder frei. ({{VOY|Rebellion Alpha}})
[[Datei:Paris unterstützt den Doktor.jpg|thumb|Paris unterstützt den Doktor bei der Operation von Kim.]]
Ende 2373 erreicht die ''Voyager'' den [[Borg-Raum]]. Doch es gibt in diesem Territorium ein Gebiet, in dem sich keine Borg befinden, und die Crew tauft diese Region [[Nordwest-Passage]]. Doch als die ''Voyager'' zu der Nordwest-Passage fliegt nähern sich 15 Borg-Kuben, doch diese fliegen an der ''Voyager'' vorbei. Wenig später bricht das Signal der Kuben ab und Paris fliegt auf Befehl von Janeway dort hin. Die ''Voyager'' findet nur noch Trümmer der Kuben vor und ein fremdes Schiff dockt an einem der Trümmer an. Ein Außenteam beamt in den Kubus, als plötzlich Fähnrich Kim von einem der Fremden, die die Borg als [[Spezies 8472]] bezeichnen, angegriffen wird. Kim wird schwer verletzt und die fremde DNS von Spezies 8472 scheint Kim von innen her aufzufressen. Währenddessen hat Kes Visionen, die von Spezies 8472 stammt, und sie warnt Janeway vor dieser Gefahr. Als die ''Voyager'' die Nordwest-Passage erreicht, entdeckt die Crew, dass diese Region von Spezies 8472 besiedelt ist. Damit die ''Voyager'' auch diese Region durchfliegen kann und die Borg Spezies 8472 besiegen kann, schlägt Janeway eine Allianz zwischen den Borg und der ''Voyager'' vor. Die Borg gehen auf die Allianz ein, als Spezies 8472 die ''Voyager'' und die Borg angreifen. ({{VOY|Skorpion, Teil I}})
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[[Datei:Paris verliert die Kontrolle über das Steuer.jpg|thumb|left|Paris verliert die Kontrolle über das Steuer des Schiffes.]]