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→Akt IV: Der Kampf ums Überleben
Als Khan und Kirk Admiral Marcus auf dessen Brücke erreichen, [[Verrat|verrät]] Khan Kirk, attackiert ihn und tötet Marcus. Dann fordert er von Spock die Herausgabe seiner 72 Männer und Frauen, da er sonst Kirk töten will. Spock geht zum Schein auf diese Forderung ein, indem er die 72 Torpedos zu Khan beamen lässt und diese später sprengt. Kirk und Carol Marcus werden von Kahn auf die ''Enterprise'' gebeamt, da "kein Schiff ohne seinen Captain untergehen solle". Kahn nimmt das Schiff unter schwerem Beschuss und beginnt auf die Erde abzustürzen. Spock ordnet die [[Evakuierung]] an, doch [[Hikaru Sulu (Neue Zeitlinie)|Sulu]] und andere [[Offizier]]e weigern sich, das Schiff zu verlassen. Scotty gelingt es nicht die Hauptenergie wiederherzustellen, damit ist das Schiff praktisch tot. Doch Kirk sieht noch einen Weg: er begibt sich in den stark verstrahlten Maschinenkern des Schiffes um ihn wieder zum Laufen zu bringen. Er hat Erfolg: der Antrieb kann wieder gestartet werden und die ''Enterprise'' kann sich aus dem Orbit befreien. Doch der Preis ist hoch: Kirk wurde zu stark verstrahlt und stirbt kurz darauf. Spock ist traurig und fassungslos - er will sich dafür an Khan rächen.
Als dessen Schiff durch die Explosion der 72 Torpedos so stark beschädigt wird, dass es abstürtztabstürzt, versucht Khan das Schiff mit den letzten Energiereserven in das Hauptquartier der Sternenflotte zu lenken. Khan selbst überlebt den Absturz und versucht unterzutauchen. Doch Spock ist ihm dicht auf den Fersen, fest entschlossen Khan zur Strecke zu bringen. Auf der ''Enterprise'' beobachtet McCoy wie ein toter [[Tribble]] durch eine [[Bluttransfusion]] von Khans Blut wieder zu leben beginnt. Da erkennt er die Chance auch Kirk wieder zum Leben zu erwecken. Deswegen folgt Uhura Spock nach, um ihn davon zu überzeugen, dass man um Kirk zu retten, Khan lebend braucht. Schlussendlich gelingt es beiden Khan zu fassen und mit dessen Blut Kirk wiederzubeleben.
Khan wird wieder eingefroren und zusammen mit seiner Mannschaft die Spock vor der Übergabe aus den Torpedos entfernt hatte, weggesperrt. Auf der [[Trauerfeier]] [[Zitat|zitiert]] Kirk seinen Mentor Pike und meint dass er seine Worte nun verstanden hätte. Dr. Carol Marcus wird offiziel ein Teil der Besatzung und die ''Enterprise'' bricht zu ihrer großen und lang erwarteten [[Fünf-Jahres-Mission]] auf.
