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Auf dem Weg zurück zur Erde wird die ''Enterprise'' von einem riesigen Schiff der [[Sternenflotte]] überrascht. Dieses Schiff ist der ''Enterprise'' in jeder Hinsicht überlegen und es wurde nur zu einem Zweck gebaut: [[Krieg]]. Das Kommando hat Admiral Marcus der die sofortige Freigabe von Khan fordert, da er sonst die ''Enterprise'' vernichten wird. Kirk befiehlt auf Warp zu gehen um zu flüchten. Doch dem fremden Schiff gelingt es die Enterprise im Warp zu überholen und mit seinen Waffen zu stoppen. Da die völlige Zerstörung der Enterprise droht, offenbart Kirk Marcus, dass seine Tochter an Bord ist, mit der Hoffnung, dass dieser wegen ihr das Feuer nicht eröffnet. Als sich Kirk dann bereit erklärt, Khan zu übergeben um seine Mannschaft zu retten, beamt Marcus seine Tochter zu sich an Bord und befiehlt auf die [[Brücke]] der ''Enterprise'' zu feuern. Kirk, der erkennt, dass sie keine Chance haben, wendet sich an seine Crew und entschuldigt sich dafür, dass er sie nicht beschützen kann. Doch Scotty ist es gelungen beim Jupiter sich an Bord von Marcus Schiff zu schmuggeln und dessen Waffen zu sabotieren. Jetzt sieht Kirk doch noch eine Chance zu überleben. Er verbündet sich mit Khan, der sich selbst als Opfer von Marcus sieht. Beide versuchen im [[Raumanzug]] von der ''Enterprise'' durch den leeren Raum unbemerkt auf das andere Schiff zu gelangen. Spock der Khan zutieft misstraut, nimmt Kontakt nach [[Neu Vulkan]] auf, um sein [[Spock|zukünftiges Ich]] zu befragen. Dieser eröffnet ihm, dass Khan über die Maßen gefährlich ist und dass er selbst seiner Zeit nur durch ein großes Opfer gestoppt werden konnte.

Als Khan und Kirk Admiral Marcus auf dessen Brücke erreichen, [[Verrat|verrät]] Khan Kirk, attackiert ihn und tötet Marcus. Dann fordert er von Spock die Herausgabe seiner 72 Männer und Frauen, da er sonst Kirk töten will. Spock geht zum Schein auf diese Forderung ein, indem er die 72 Torpedos zu Khan beamen lässt und diese später sprengt. Kirk und Carol Marcus gelingt die [[Flucht]] werden von Kahn auf die ''Enterprise''gebeamt, da "kein Schiff ohne seinen Captain untergehen solle". Doch Kahn nimmt das Schiff gerät unter schwerem Beschuss und beginnt auf die Erde abzustürzen. Spock ordnet die [[Evakuierung]] an, doch [[Hikaru Sulu (Neue Zeitlinie)|Sulu]] und andere [[Offizier]]e weigern sich, das Schiff zu verlassen. Scotty gelingt es nicht die Hauptenergie wiederherzustellen, damit ist das Schiff praktisch tot. Doch Kirk sieht noch einen Weg: er begibt sich in den stark verstrahlten Maschinenkern des Schiffes um ihn wieder zum Laufen zu bringen. Er hat Erfolg: der Antrieb kann wieder gestartet werden und die ''Enterprise'' kann sich aus dem Orbit befreien. Doch der Preis ist hoch: Kirk wurde zu stark verstrahlt und stirbt kurz darauf. Spock ist traurig und fassungslos - er will sich dafür an Khan rächen.