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Nach einem holprigen Rückflug nach Spocks Schätzungen fallen die Kontrollen des Schiffes aus und muss nahe der [[Golden Gate Bridge]] notwassern. Die Crew entkommt durch die Ausstiegsluke, aber Scotty, Dr. Taylor und die Wale sind noch im Frachtraum gefangen. Kirk gelingt es zunächst die beiden Menschen zu befreien. Danach taucht er hinunter zum Schalter für die Notsprengung und befreit auch die Wale. Nach kurzer Zeit stellen sich die beiden senkrecht nach unten ins Wasser und beginnen mit der Walsonde zu kommunizieren. Diese nimmt nun ebenfalls eine senkrechte Position ein, deaktiviert sich schließlich und dreht ab. Die Wolkendecke über der Erde bildet sich zurück und die Raumbasis erlangt ihre Energie wieder. Die Erde ist gerettet.
[[Bild:Ncc-1701-a.jpg|thumb|Das erste Mal sieht die Crew ihr neues Schiff.]]Kirk und seine Crew müssen sich jedoch noch vor Gericht verantworten. Zu den Vorwürfen gehören Verschwörung, Angriff auf Föderationsangehörige, Diebstahl der [[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'']], Zerstörung derselben, Sabotage der [[USS Excelsior|USS ''Excelsior'']] und Befehlsverweigerung. Durch die kürzlichen Ereignisse werden jedoch alle Punkte bis auf den letzten Fallen gelassen. Dieser gilt nur für Admiral Kirk, der daraufhin zum [[Captain]] degradiert und dem wieder ein Raumschiff zugewiesen wird. Dr. Taylor geht auf ein Forschungsschiff, Spock versöhnt sich mit Sarek, bevor dieser nach Vulkan zurückkehrt. Spock gibt ihm als Botschaft für seine Mutter noch mit, dass er sich wohl fühle.
Am Ende wartet noch eine Überraschung auf die Freunde: Ihr neues Schiff ist die [[USS Enterprise (NCC-1701-A)|USS ''Enterprise''-A]].
