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Inmitten des Weltraumes: Ein kleiner unscheinbarer Frachter hält ungewöhnlicherweise mitten im Nirgendwo seine Position. Nichts erscheint verdächtig, bis auf den Umstand, dass sich das kleine Schiff nicht bewegt. An Bord befindet sich zum einen Gruppe von Söldnern, aus auf das schnelle Geschäft, und zum anderen eine klingonische Agentin Namens , namens Valkris. Der Captain des Schiffes wirkt mit voranschreitender Zeit deutlich nervös. Immer wieder drängt er darauf, seine "geheime" kostbare Fracht nun endlich los und für seine Mühen entsprechend entlohnt zu werden, wie es vereinbart war. Doch das endlos erscheinende Warten will auch nun kein Ende nehmen. Stets muss er sich nur beschwichtigende Reden und Versprechen der zwielichtigen Klingonin anhören, welche seine Stimmung auch nicht gerade heben. Tatsächlich ist es mehr als ungewöhnlich, dass man an einem georderten Treffpunkt so lange warten muss, bis jemand bezüglich der Übergabe erscheint.

Auch die Sensoren des Schiffes scheinen zu allem Überfluss nicht mehr voll funktionsfähig zu sein. Wie man es auch dreht und wendet, so registrieren sie mehr als ungewöhnliche Werte. Ist da draußen nun etwas oder nicht, und wenn ja, was? Im selben Augenblick enttarnt sich nach einer kurzen Grußbotschaft von Valkris ein klingonischer Bird of Prey unmittelbar über dem Schiff und nimmt sofort Kontakt auf. Es gibt sich ein klingonischer Commander Namens , namens [[Kruge]] , zu erkennen , welcher umgehend die Übertragung der als „geheime Fracht“ eingestuften Dateien in Valkris Besitz fordert. Dabei entpuppen sich die Dateien als die von Admiral Kirk selbst aufgezeichneten „Genesis Daten“ welche Valkris im Rahmen ihrer geheimen Mission an sich gebracht hat. Als die Übertragung beendet ist, verabschiedet sich die Agentin mit der unbedachten Anmerkung, dass [[Kruge]] die Daten äußerst interessant finden werde. Kruge, nun wissend, dass Valkris die Genesis Daten gesehen haben muss, sieht in Valkris nun ein Sicherheitsrisiko und verabschiedet sich mit den Worten: <q>Wir werden dein Andenken in Ehren halten Valkris, in Ehren!</q> Im selben Moment nimmt der Bird of Prey wieder Fahrt auf, wendet und zerstört auf Befehl des Commanders das Frachtschiff und lässt entgegen jeglicher Order Kurs auf die Neutrale Zone setzten. Sein Ziel: Genesis! Seine Mission: Das Geheimnis dieses an sich friedlichen, zivilen Föderationsprojektes, seiner eigenen Auslegung nach allerdings eine „absolute Waffe“ gegen das klingonische Reich, an sich zu bringen, um es postwendend gegen den Sternenbund selbst einsetzen zu können und dem Imperium somit den Weg zum Sieg über die Föderation zu bereiten.

James Kirk wirkt deutlich niedergeschlagen. Ebenso wie der Rest seiner Crew hat er diesmal für alles mehr als teuer bezahlt. Zwar ist es ihm gelungen, seinen bisher gefährlichsten Gegner doch noch in die Knie zu zwingen, doch war der Preis dafür ungleich höher. Sein Schiff wurde schwer beschädigt, viele gute Sternenflottenoffiziere verloren ihr Leben, und jedes Mal , wenn er seinen Blick auf die Wissenschaftsstation der Brücke richtet, wäre es, als würde er in ein großes, dunkles Loch fallen. Der Tod seines Freundes macht ihm schwer zu schaffen. Doch nicht nur ihm, die Stimmung auf dem Schiff ist nach den aufreibenden Ereignissen sehr gedrückt. Nach dem Kampf im [[Mutara-Nebel]], befindet sich die [[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'']] nur mehr vier Stunden von der [[Erde]] entfernt, um dort erneut umgerüstet zu werden, ehe das Schiff planmäßig zur nächsten Mission aufbricht. Im selben Rahmen können auch gleich sämtliche Systeme, welche durch die Schlacht mit Kahn entweder zerstört oder schwer beschädigt wurden, ersetzt werden. Allerdings hat Kirk den Umständen entsprechend einmal mehr nicht mit Scottys Genie gerechnet. Der Chefingenieur hat es doch tatsächlichgeschafft, geschafft die [[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'']] wieder einsatztauglich zu trimmen, sieht man von einigen wenigen Reperaturen Reparaturen mal ab. <q>Wunderbar, jetzt wo wir fast zu Hause sind , haben sie die Sache im Griff!</q> Doch Scotty kostet das nur ein Lächeln. Auf die Frage Kirks, wie lange denn die Umrüstung nun wirklich dauern wird, antwortet ihm der Ingenieur mit acht Wochen, allerdings mit der Option, dass er es für Kirk in zwei Wochen schaffen würde! <q>Mr. Scott, veranschlagen sie ihre Reparaturzeiten übrigens immer vier mal so lange wie notwendig?</q> Doch Scotty reagiert lediglich mit einem Schmunzeln, ehe er zugeben muss, er würde ja sonst seinen Ruf verlieren, echte Wunder vollbringen zu können.

Unmittelbar vor Erreichen des [[Raumdock der Erde|Raumdocks der Erde]] empfängt man eine Lebensformanzeige aus Spocks ehemaligem Quartier. Im Grunde nichts Ungewöhnliches, würde der Admiral nicht dessen Versiegelung befohlen haben. [[Pavel Chekov]] bestätigt dies. Persönlich hat er Kirks Anweisung Folge geleistet und den Raum versiegelt, und dennoch ist irgendetwas dort unten los. Um Gewissheit zu haben, lässt James das Deck abriegeln, die Sicherheit alarmieren und macht sich selbst auf den Weg, um nach dem Rechten zu sehen. Und siehe da. Am Quartier angekommen scheint es tatsächlich so, als hätte sich jemand an der Versiegelung zu schaffen gemacht und um ins Innere des Raumes eingedrungeneinzudringen. Vorsichtig betritt Kirk den Raum. Da es dunkel ist , fällt es ihm allerdings schwer, etwas Genaueres zu erkennen. Und doch kann er etwas, oder jemanden erkennen. Als er sich dem nähert, bleibt ihm beinahe das Herz stehen. Unerwartet erkennt er Dr. McCoy, welcher offensichtlich geistig verwirrt für ihn völligen Unsinn daherredet. Erst nach einigen Minuten scheint sich „Pille“ im Klaren zu sein, wo er sich befindet. Weitere Minuten später kann ihm James verdeutlichen, dass man soeben im Begriff ist, das Schiff zu docken. Man ist wieder Zuhause, auf der Erde. Doch irgendwie scheint McCoy abwesend, das Wesentliche nicht begreifend.

Nachdem man McCoy schließlich auf die Krankenstation verfrachtet hat, um seinen wunderlichen Zustand zu ergründen, wird der Rest der Crew von Flottenadmiral Morrow empfangen. Der Oberbefehlshaber der Sternenflotte höchstpersönlich zollt der Crew der Enterprise auf Grund ihrer Tapferkeit im Kampf Respekt und empfiehlt allesamt für die höchste Auszeichnung der Flotte. Außerdem sollen alle Anwesenden einen ausgedehnten Landurlaub erhalten, ehe sie ihren neuen Posten zugeteilt werden. Mr. Scott hingegen wird umgehend zum Captain befördert und auf die neue [[USS Excelsior|USS ''Excelsior'']] versetzt. Den Prototypen einer neuen Schiffsklasse, welche als ein Nachfolger der Constitution Klasse konzipiert ist und sogar über Transwarpantrieb verfügen soll. Als dieser dankend, mit der Begründung, lieber die Umrüstung der Enterprise zu überwachen, ablehnt, ereilt die Crew der nächste Schicksalsschlag. Das Schiff soll altersbedingt ausgemustert werden. Kirk kann es kaum glauben. Das Schiff, welches er so lange kommandiert hat, das Schiff, welches für so lange Zeit sein Zuhause war, mit dem er so viel erlebt hat, soll einfach so verschrottet werden! Doch gegen einen stehenden Entschluss des Sternenflottenkommandos kommt selbst ein Admiral Kirk nicht an. Außerdem erfährt man, dass sich Genesis in ihrer Abwesenheit zu einer interstellaren Kontroverse entwickelt hat und von der Föderation kurzerhand zum Sperrgebiet erhoben wurde. Offensichtlich hat die Schaffung des Planeten interstellar für mehr Aufregung gesorgt als zunächst angenommen. Vor allem die Klingonen sehen in diesem Projekt keinen friedlichen Nutzen und entrüsten sich immer wieder aufs Neue lautstark über das von der Föderation kontrollierte Projekt.